转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 137 / 149 下载 TSV

上一页 137 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr03G003070 Chr03 NC_080389.1:47697452-47697461promoter 内 2970-2979 bp + 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 47695414-47696430(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr02G000651 Chr02 NC_080388.1:9843586-9843595promoter 内 2907-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 9842430-9842501(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr03G001488 Chr03 NC_080389.1:17951298-17951307promoter 内 2857-2866 bp + 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 17948018-17950163(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACGTCGGTG
SmilChr04G002300 Chr04 NC_080390.1:37246209-37246218promoter 内 2787-2796 bp + 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37247423-37251776(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTG
SmilChr02G000650 Chr02 NC_080388.1:9843586-9843595promoter 内 2639-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 9840881-9842233(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr01G001868 Chr01 NC_080387.1:33676878-33676887promoter 内 2636-2645 bp - 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 33678243-33680006(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACGTCGGTG
SmilChr01G004881 Chr01 NC_080387.1:66888011-66888020promoter 内 2609-2618 bp + 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 66889403-66893203(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr01G004222 Chr01 NC_080387.1:60584971-60584980promoter 内 2574-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 60582237-60583553(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr02G003599 Chr02 NC_080388.1:57179440-57179449promoter 内 2557-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 57174378-57178005(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr01G001912 Chr01 NC_080387.1:34265375-34265384promoter 内 2462-2471 bp - 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 34266914-34268749(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACGTCGGTG
SmilChr04G001872 Chr04 NC_080390.1:30540426-30540435promoter 内 2449-2458 bp + 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 30541978-30544066(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr01G000837 Chr01 NC_080387.1:18088578-18088587promoter 内 2367-2376 bp - 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18083466-18086953(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr04G004009 Chr04 NC_080390.1:55413789-55413798promoter 内 2278-2287 bp + 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55415512-55416658(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr01G002599 Chr01 NC_080387.1:44160006-44160015promoter 内 2246-2255 bp + 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 44154876-44158260(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr03G000534 Chr03 NC_080389.1:5768076-5768085promoter 内 2173-2182 bp - 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5769904-5771013(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACGTCGGTG
SmilChr03G000229 Chr03 NC_080389.1:2723413-2723422promoter 内 2138-2147 bp + 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2725276-2727534(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTG
SmilChr02G005288 Chr02 NC_080388.1:73892914-73892923promoter 内 2092-2101 bp - 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 73894823-73898453(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACGTCGGTG
SmilChr02G003595 Chr02 NC_080388.1:57155557-57155566promoter 内 2005-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 57149153-57153570(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr05G000811 Chr05 NC_080391.1:6336602-6336611promoter 内 1980-1989 bp + 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6334518-6334590(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr04G002816 Chr04 NC_080390.1:44201684-44201693promoter 内 1912-1921 bp - 2080 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 44203773-44205946(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr04G001668 Chr04 NC_080390.1:27649657-27649666promoter 内 1900-1909 bp - 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 27651758-27653644(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr04G001704 Chr04 NC_080390.1:28171221-28171230promoter 内 1882-1891 bp - 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 28173340-28173861(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr03G002738 Chr03 NC_080389.1:43525416-43525425promoter 内 1821-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 43519917-43523245(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr03G000228 Chr03 NC_080389.1:2723413-2723422promoter 内 1807-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2719788-2721228(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACGTCGGTG
SmilChr03G000346 Chr03 NC_080389.1:3899380-3899389promoter 内 1785-1794 bp - 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3901596-3902226(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACGTCGGTG
SmilChr05G002907 Chr05 NC_080391.1:34939437-34939446promoter 内 1737-1746 bp - 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 34934978-34937182(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr04G004105 Chr04 NC_080390.1:56011315-56011324promoter 内 1678-1687 bp + 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56013638-56016249(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTG
SmilChr01G005026 Chr01 NC_080387.1:68229170-68229179promoter 内 1663-1672 bp - 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 68217077-68226841(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr06G001799 Chr06 NC_080392.1:21106943-21106952promoter 内 1610-1619 bp - 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 21102185-21104561(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTG
SmilChr01G001124 Chr01 NC_080387.1:22847929-22847938promoter 内 1585-1594 bp + 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 22850345-22851537(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTG
SmilChr04G004008 Chr04 NC_080390.1:55413789-55413798promoter 内 1417-1426 bp + 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55409280-55411214(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr01G001169 Chr01 NC_080387.1:23728630-23728639promoter 内 1402-1411 bp + 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 23731229-23732890(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTG
SmilChr05G003165 Chr05 NC_080391.1:40431031-40431040promoter 内 1346-1355 bp - 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 40425987-40428385(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr03G004600 Chr03 NC_080389.1:63796417-63796426promoter 内 1327-1336 bp + 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 63791313-63793752(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr03G000145 Chr03 NC_080389.1:1584290-1584299promoter 内 1246-1255 bp + 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1587045-1589941(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTG
SmilChr04G000454 Chr04 NC_080390.1:4815853-4815862promoter 内 1224-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4818630-4819599(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr01G004025 Chr01 NC_080387.1:58660352-58660361promoter 内 1218-1227 bp + 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 58656647-58657578(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACGTCGGTG
SmilChr02G005429 Chr02 NC_080388.1:74735918-74735927promoter 内 1207-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 74729962-74733133(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr01G000985 Chr01 NC_080387.1:20872336-20872345promoter 内 1164-1173 bp - 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 20868374-20869508(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTG
SmilChr03G001690 Chr03 NC_080389.1:22418527-22418536promoter 内 1160-1169 bp + 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 22415028-22415695(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACGTCGGTG
SmilChr01G001287 Chr01 NC_080387.1:25652534-25652543promoter 内 1159-1168 bp - 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 25655376-25656574(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACGTCGGTG
SmilChr06G000135 Chr06 NC_080392.1:949646-949655promoter 内 1137-1146 bp - 2855 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 952510-954550(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACGTCGGTG
SmilChr01G002944 Chr01 NC_080387.1:48223578-48223587promoter 内 1030-1039 bp - 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 48218939-48220616(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr05G003364 Chr05 NC_080391.1:44484814-44484823promoter 内 950-959 bp + 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 44481446-44481772(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr02G003538 Chr02 NC_080388.1:56527762-56527771promoter 内 879-888 bp - 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56520817-56524649(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr02G003596 Chr02 NC_080388.1:57155557-57155566promoter 内 816-825 bp - 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 57151576-57152381(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA
SmilChr02G001219 Chr02 NC_080388.1:22387984-22387993promoter 内 802-811 bp + 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 22384036-22384794(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr04G000634 Chr04 NC_080390.1:7208588-7208597promoter 内 785-794 bp + 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7202489-7205381(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr05G000046 Chr05 NC_080391.1:224624-224633promoter 内 752-761 bp + 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 220170-221384(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGAGTCGGTG
SmilChr04G000709 Chr04 NC_080390.1:8267606-8267615promoter 内 703-712 bp + 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8270904-8278229(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCA