转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004392; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022653-RA_Salv SmilChr05G004392 WRKY XP_057811204.1 MP00506 AAAAGTCAACGAC

可能结合的靶基因

9818 个结合位点 7173 个候选靶基因 第 137 / 144 下载 TSV

上一页 137 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004045 Chr01 NC_080387.1:58877555-58877567promoter 内 3786-3798 bp + 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58877770-58889743(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACAAGTCAATGAT
SmilChr02G002527 Chr02 NC_080388.1:43975386-43975398promoter 内 3769-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43975618-43981979(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGAAGTCAATGGA
SmilChr01G004328 Chr01 NC_080387.1:61427322-61427334promoter 内 3709-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61427614-61432136(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATAAGTCAAAAGC
SmilChr02G000422 Chr02 NC_080388.1:5412290-5412302promoter 内 3707-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5410858-5412008(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTGGGTCAACGAA
SmilChr01G003731 Chr01 NC_080387.1:55606813-55606825promoter 内 3640-3652 bp + 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55603656-55606464(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACTTTGACTTGA
SmilChr01G004115 Chr01 NC_080387.1:59683210-59683222promoter 内 3632-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59683579-59684819(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCCATTGACTTCA
SmilChr01G005681 Chr01 NC_080387.1:73078957-73078969promoter 内 3623-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73074860-73078591(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CTAAGTCAACTAG
SmilChr03G000841 Chr03 NC_080389.1:9607665-9607677promoter 内 3623-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9608043-9612518(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TATGTTGACTACT
SmilChr01G003261 Chr01 NC_080387.1:51310240-51310252promoter 内 3615-3627 bp + 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51310626-51319042(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGAAGTCAATGGA
SmilChr02G000758 Chr02 NC_080388.1:12353397-12353409promoter 内 3603-3615 bp + 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12353795-12361407(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGAAGTCAATGGA
SmilChr04G000438 Chr04 NC_080390.1:4630155-4630167promoter 内 3597-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4630559-4635547(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCATTTGACTTTG
SmilChr02G000367 Chr02 NC_080388.1:4679215-4679227promoter 内 3594-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4679622-4684080(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACTAGTCAACCAT
SmilChr04G001093 Chr04 NC_080390.1:15639311-15639323promoter 内 3560-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15639752-15647311(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTTGTTGACTTAA
SmilChr02G000946 Chr02 NC_080388.1:16481228-16481240promoter 内 3553-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16481676-16483898(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACTTTGACTTGA
SmilChr01G000830 Chr01 NC_080387.1:17862255-17862267promoter 内 3545-3557 bp - 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17862711-17873987(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCCATTGACTTCA
SmilChr03G001285 Chr03 NC_080389.1:15023523-15023535promoter 内 3542-3554 bp - 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15023982-15027894(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTCCTTGACTTCG
SmilChr02G000064 Chr02 NC_080388.1:844861-844873promoter 内 3536-3548 bp - 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 843092-844408(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGTAGTCAACAAC
SmilChr02G001426 Chr02 NC_080388.1:26937009-26937021promoter 内 3526-3538 bp - 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26933246-26936546(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CTAAGTCAACTTT
SmilChr01G001151 Chr01 NC_080387.1:23464592-23464604promoter 内 3491-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23465102-23468493(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGAAGTCAATGGA
SmilChr03G000391 Chr03 NC_080389.1:4308661-4308673promoter 内 3478-3490 bp - 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4309184-4311474(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGGGTTGACTCGT
SmilChr02G004544 Chr02 NC_080388.1:68002406-68002418promoter 内 3469-3481 bp - 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67993430-68001886(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCAAGTCAAAACC
SmilChr03G003407 Chr03 NC_080389.1:52413293-52413305promoter 内 3452-3464 bp - 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52413842-52414897(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCCATTGACTTCA
SmilChr01G003680 Chr01 NC_080387.1:55211227-55211239promoter 内 3437-3449 bp + 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55211791-55214783(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACCAGTCAACACT
SmilChr02G001941 Chr02 NC_080388.1:34972560-34972572promoter 内 3431-3443 bp - 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34973130-34974185(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCCATTGACTTCA
SmilChr01G001150 Chr01 NC_080387.1:23464592-23464604promoter 内 3422-3434 bp + 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23462970-23464025(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCCATTGACTTCA
SmilChr04G000848 Chr04 NC_080390.1:10738729-10738741promoter 内 3388-3400 bp + 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10739342-10742141(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATCAGTCAACAAC
SmilChr03G003492 Chr03 NC_080389.1:53490128-53490140promoter 内 3356-3368 bp - 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53484523-53489495(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAAAGTCAAAATG
SmilChr01G000443 Chr01 NC_080387.1:9000675-9000687promoter 内 3325-3337 bp + 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8995181-9000011(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACATTTGACTTTC
SmilChr02G002735 Chr02 NC_080388.1:47290764-47290776promoter 内 3317-3329 bp - 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47291448-47294412(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCTTTTGACTTAT
SmilChr01G001174 Chr01 NC_080387.1:23798188-23798200promoter 内 3284-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23798905-23802993(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACGGTTGACTAAC
SmilChr01G003959 Chr01 NC_080387.1:57970880-57970892promoter 内 3189-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57959319-57970080(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GACGTTGACGTGG
SmilChr02G000253 Chr02 NC_080388.1:3271520-3271532promoter 内 3108-3120 bp + 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3265843-3270639(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCCGTTGACGATG
SmilChr01G000520 Chr01 NC_080387.1:10622786-10622798promoter 内 3098-3110 bp - 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10623689-10623775(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCCATTGACTTCA
SmilChr01G005238 Chr01 NC_080387.1:69944937-69944949promoter 内 3009-3021 bp + 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69941803-69943957(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCTGTTGACTCCG
SmilChr04G000835 Chr04 NC_080390.1:10487823-10487835promoter 内 3004-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10488820-10491275(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGGGTTGACTAAC
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