转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 138 / 146 下载 TSV

上一页 138 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003962 Chr03 NC_080389.1:58663714-58663727promoter 内 3979-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58658477-58663705(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAAATA
SmilChr01G002528 Chr01 NC_080387.1:43302311-43302324promoter 内 3949-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43295040-43302272(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCTAGTCAACACC
SmilChr01G002027 Chr01 NC_080387.1:35819835-35819848promoter 内 3944-3957 bp - 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35819892-35822581(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAAAGTCAAAATT
SmilChr02G004366 Chr02 NC_080388.1:65949943-65949956promoter 内 3942-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 65950002-65951101(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTCAAGTCAACTTA
SmilChr04G000502 Chr04 NC_080390.1:5493246-5493259promoter 内 3911-3924 bp - 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5493336-5495980(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAGAAGTCAAACGA
SmilChr02G004873 Chr02 NC_080388.1:70815906-70815919promoter 内 3901-3914 bp - 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70807608-70815819(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTCAA
SmilChr01G002048 Chr01 NC_080387.1:36292695-36292708promoter 内 3891-3904 bp + 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36289954-36292598(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAAAGTCAAAATT
SmilChr02G005261 Chr02 NC_080388.1:73699861-73699874promoter 内 3890-3903 bp - 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73698250-73699763(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCTTTTGACTTTTA
SmilChr01G004732 Chr01 NC_080387.1:65510142-65510155promoter 内 3885-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 65506016-65510039(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTAAT
SmilChr02G004440 Chr02 NC_080388.1:66770211-66770224promoter 内 3882-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66770330-66774028(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTAAT
SmilChr01G001813 Chr01 NC_080387.1:33084047-33084060promoter 内 3862-3875 bp + 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33084186-33088888(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTAAT
SmilChr01G005463 Chr01 NC_080387.1:71636891-71636904promoter 内 3855-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71637037-71641223(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAATCAT
SmilChr04G001785 Chr04 NC_080390.1:29273578-29273591promoter 内 3844-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29264863-29273434(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTGTTGACTTCGA
SmilChr02G000893 Chr02 NC_080388.1:15375090-15375103promoter 内 3839-3852 bp - 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15373142-15374941(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTAAT
SmilChr02G003920 Chr02 NC_080388.1:61280438-61280451promoter 内 3800-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61280639-61283858(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTAAT
SmilChr04G002180 Chr04 NC_080390.1:35222657-35222670promoter 内 3786-3799 bp + 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35215561-35222455(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACAAT
SmilChr04G000708 Chr04 NC_080390.1:8260299-8260312promoter 内 3779-3792 bp - 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8260521-8264195(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCAAAGTCAAATTA
SmilChr04G004042 Chr04 NC_080390.1:55654650-55654663promoter 内 3765-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55647357-55654427(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTAAT
SmilChr01G004650 Chr01 NC_080387.1:64579599-64579612promoter 内 3754-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64579846-64585707(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTGAAGTCAAAGAT
SmilChr04G000632 Chr04 NC_080390.1:7198178-7198191promoter 内 3720-3733 bp + 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7195472-7197910(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACAAT
SmilChr04G003642 Chr04 NC_080390.1:52907007-52907020promoter 内 3715-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52907293-52913197(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACAAT
SmilChr04G001946 Chr04 NC_080390.1:31583285-31583298promoter 内 3707-3720 bp + 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31583579-31585735(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTCGTTGACTAAAT
SmilChr02G000652 Chr02 NC_080388.1:9870356-9870369promoter 内 3706-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9870651-9875685(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACAAT
SmilChr01G002156 Chr01 NC_080387.1:37565029-37565042promoter 内 3701-3714 bp + 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37565329-37567601(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AACGTTGACCACGG
SmilChr04G002286 Chr04 NC_080390.1:37145610-37145623promoter 内 3699-3712 bp - 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37136204-37145321(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTCAA
SmilChr03G002247 Chr03 NC_080389.1:35406166-35406179promoter 内 3679-3692 bp - 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35406488-35415709(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACAAT
SmilChr03G000486 Chr03 NC_080389.1:5188072-5188085promoter 内 3676-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5180191-5187760(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACAAT
SmilChr01G005098 Chr01 NC_080387.1:68805371-68805384promoter 内 3671-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68802452-68805054(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACAAT
SmilChr01G005040 Chr01 NC_080387.1:68340219-68340232promoter 内 3650-3663 bp + 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68336672-68339881(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGATAGTCAACTTA
SmilChr03G001618 Chr03 NC_080389.1:20622275-20622288promoter 内 3649-3662 bp - 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20619149-20621936(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTAAT
SmilChr01G002726 Chr01 NC_080387.1:45620619-45620632promoter 内 3642-3655 bp - 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45620978-45622168(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACAAT
SmilChr01G005631 Chr01 NC_080387.1:72764822-72764835promoter 内 3636-3649 bp + 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72760374-72764470(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACAAT
SmilChr04G001745 Chr04 NC_080390.1:28737587-28737600promoter 内 3632-3645 bp + 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28737956-28740115(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTGTTGACTTCGA
SmilChr01G005012 Chr01 NC_080387.1:68141523-68141536promoter 内 3597-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68139956-68141132(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACAAT
SmilChr01G005955 Chr01 NC_080387.1:75241044-75241057promoter 内 3571-3584 bp - 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75241474-75243017(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACAAT
SmilChr02G003919 Chr02 NC_080388.1:61280438-61280451promoter 内 3566-3579 bp + 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61277665-61280016(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACAAT
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