转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 138 / 138 下载 TSV

上一页 138 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005504 Chr02 NC_080388.1:75166514-75166526promoter 内 881-893 bp + 3108 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 75169634-75173680(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTATTTGACTATA
SmilChr03G000823 Chr03 NC_080389.1:9429135-9429147promoter 内 822-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9424805-9425968(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAATGAC
SmilChr02G002882 Chr02 NC_080388.1:49099671-49099683promoter 内 699-711 bp + 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49094072-49096381(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAATGAC
SmilChr01G005887 Chr01 NC_080387.1:74785410-74785422promoter 内 687-699 bp + 3302 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 74788724-74795607(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTTTTGACTAAA
SmilChr02G004417 Chr02 NC_080388.1:66505962-66505974promoter 内 567-579 bp + 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 66509396-66512117(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATTTTGACTAGA
SmilChr01G003523 Chr01 NC_080387.1:53853613-53853625promoter 内 521-533 bp + 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53857093-53857698(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGTTTGACTACA
SmilChr01G003912 Chr01 NC_080387.1:57384748-57384760promoter 内 490-502 bp + 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57388259-57389337(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAATTTGACTATG
SmilChr03G002901 Chr03 NC_080389.1:45762331-45762343promoter 内 450-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45765882-45767905(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAAGTTGACTCGC
SmilChr03G003849 Chr03 NC_080389.1:57588305-57588317promoter 内 443-455 bp + 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57591863-57595905(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAATTTGACTAGT
SmilChr02G003497 Chr02 NC_080388.1:56197745-56197757promoter 内 408-420 bp - 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56201338-56201897(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGAGTCAACTCT
SmilChr03G003687 Chr03 NC_080389.1:55764685-55764697promoter 内 237-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55768449-55771826(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATAGTCAAATTA
SmilChr02G003694 Chr02 NC_080388.1:58394240-58394252promoter 内 216-228 bp + 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58398025-58399976(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTATTTGACTATA
SmilChr01G000723 Chr01 NC_080387.1:16172703-16172715promoter 内 189-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16168191-16168903(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTAGTCAAAAAA
SmilChr02G003622 Chr02 NC_080388.1:57532807-57532819promoter 内 160-172 bp + 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57528041-57528978(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTAGTCAAACAT
SmilChr01G001159 Chr01 NC_080387.1:23567662-23567674promoter 内 159-171 bp + 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 23562783-23563832(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTAGTCAAAAAA
SmilChr03G001505 Chr03 NC_080389.1:18402160-18402172promoter 内 133-145 bp + 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18406028-18407845(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAATTTGACTATT
SmilChr03G003165 Chr03 NC_080389.1:49017168-49017180promoter 内 24-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49021145-49022470(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTCAA
SmilChr01G005205 Chr01 NC_080387.1:69710179-69710191promoter 内 856-868 bp + 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 69713324-69713804(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTCCC
SmilChr01G004423 Chr01 NC_080387.1:62335607-62335619promoter 内 3736-3748 bp - 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 62332595-62335354(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATTTTGACTATA
SmilChr02G001272 Chr02 NC_080388.1:23282301-23282313promoter 内 3719-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 23280332-23282031(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAATGTT
SmilChr01G002285 Chr01 NC_080387.1:39656410-39656422promoter 内 3315-3327 bp + 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 39657096-39661995(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAATTTGACTAAG
SmilChr01G005203 Chr01 NC_080387.1:69710179-69710191promoter 内 3274-3286 bp + 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 69710906-69711393(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTCCC
SmilChr01G004916 Chr01 NC_080387.1:67195989-67196001promoter 内 3116-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 67193509-67195116(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTAGTCAAACTG
SmilChr01G003139 Chr01 NC_080387.1:50203855-50203867promoter 内 3013-3025 bp - 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 50199028-50202879(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGTTTTGACTACG
SmilChr01G001049 Chr01 NC_080387.1:21826229-21826241promoter 内 2949-2961 bp + 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 21827281-21829393(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACATTTGACTAAC
SmilChr02G003595 Chr02 NC_080388.1:57154623-57154635promoter 内 2936-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 57149153-57153570(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCATTGACTATT
SmilChr02G001015 Chr02 NC_080388.1:17891495-17891507promoter 内 2744-2756 bp - 1245 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 17888415-17890250(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TACCTTGACTAGT
SmilChr03G000202 Chr03 NC_080389.1:2298727-2298739promoter 内 2633-2645 bp - 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 2296226-2297371(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACAGTTGACTCCA
SmilChr02G005441 Chr02 NC_080388.1:74802523-74802535promoter 内 2384-2396 bp + 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 74799341-74800918(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTAGTCAAATTT
SmilChr02G004661 Chr02 NC_080388.1:69010919-69010931promoter 内 2252-2264 bp + 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 69012668-69014684(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TACCTTGACTATG
SmilChr03G000399 Chr03 NC_080389.1:4369166-4369178promoter 内 2191-2203 bp - 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 4365807-4367368(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAATTTGACTAAG
SmilChr03G002637 Chr03 NC_080389.1:41959373-41959385promoter 内 2134-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 41954121-41957518(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTGTTTGACTAAA
SmilChr01G004715 Chr01 NC_080387.1:65361191-65361203promoter 内 2018-2030 bp - 1971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 65353955-65359220(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATTTTGACTAAT
SmilChr01G003924 Chr01 NC_080387.1:57493378-57493390promoter 内 1903-1915 bp - 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 57495476-57498897(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAATGTT
SmilChr01G003906 Chr01 NC_080387.1:57349197-57349209promoter 内 1885-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 57351313-57354688(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAATGTT
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