转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 140 / 162 下载 TSV

上一页 140 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001320 Chr05 NC_080391.1:11344744-11344753promoter 内 2177-2186 bp + 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11346568-11346641(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGACCTACCA
SmilChr06G002553 Chr06 NC_080392.1:36701565-36701574promoter 内 2167-2176 bp + 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36695931-36699740(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGTTAGGTAA
SmilChr02G005377 Chr02 NC_080388.1:74447453-74447462promoter 内 2157-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74441904-74445618(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGTTAGGTAA
SmilChr01G005106 Chr01 NC_080387.1:68850998-68851007promoter 内 2142-2151 bp + 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 68852857-68853840(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGACCTACCA
SmilChr02G001505 Chr02 NC_080388.1:28089878-28089887promoter 内 2098-2107 bp - 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 28087028-28087984(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGACCTACCA
SmilChr02G000519 Chr02 NC_080388.1:7156680-7156689promoter 内 2093-2102 bp + 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7153767-7154781(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGTTAGGTAA
SmilChr04G003278 Chr04 NC_080390.1:49473827-49473836promoter 内 2083-2092 bp + 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49467144-49471918(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGTTAGGTAA
SmilChr03G000416 Chr03 NC_080389.1:4499379-4499388promoter 内 2054-2063 bp - 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4496579-4497441(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTAACT
SmilChr07G000704 Chr07 NC_080393.1:4859173-4859182promoter 内 2028-2037 bp + 1964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4851765-4857209(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGTTAGGTAA
SmilChr01G005223 Chr01 NC_080387.1:69780362-69780371promoter 内 1984-1993 bp - 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 69775409-69778354(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTAACT
SmilChr06G000230 Chr06 NC_080392.1:1544480-1544489promoter 内 1970-1979 bp + 2022 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1546511-1548697(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTAACT
SmilChr05G000589 Chr05 NC_080391.1:4449442-4449451promoter 内 1928-1937 bp + 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4451515-4452674(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGACCTACCA
SmilChr02G001994 Chr02 NC_080388.1:36022301-36022310promoter 内 1925-1934 bp + 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36020162-36020234(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTCT
SmilChr03G001191 Chr03 NC_080389.1:13715176-13715185promoter 内 1918-1927 bp - 2074 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 13707541-13713102(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGACCTACCA
SmilChr01G004127 Chr01 NC_080387.1:59785716-59785725promoter 内 1906-1915 bp + 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 59782533-59783630(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGTTAGGTAA
SmilChr04G001346 Chr04 NC_080390.1:21830474-21830483promoter 内 1842-1851 bp + 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21827212-21828324(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTCT
SmilChr02G003972 Chr02 NC_080388.1:61897300-61897309promoter 内 1839-1848 bp + 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61899462-61904948(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGACCTACCA
SmilChr03G001119 Chr03 NC_080389.1:12889192-12889201promoter 内 1826-1835 bp - 2166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12891367-12901719(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGTTAGGTAA
SmilChr04G003249 Chr04 NC_080390.1:49238824-49238833promoter 内 1816-1825 bp - 2176 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49241009-49241649(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGTTAGGTAA
SmilChr04G003415 Chr04 NC_080390.1:50761587-50761596promoter 内 1797-1806 bp + 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50763791-50764399(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTAACT
SmilChr01G004389 Chr01 NC_080387.1:62052120-62052129promoter 内 1781-1790 bp + 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 62054340-62056294(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTAACT
SmilChr02G004968 Chr02 NC_080388.1:71582350-71582359promoter 内 1763-1772 bp - 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71584588-71591206(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTCT
SmilChr05G000982 Chr05 NC_080391.1:7933443-7933452promoter 内 1763-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7935681-7938272(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGACCTACCA
SmilChr08G000104 Chr08 NC_080394.1:635656-635665promoter 内 1696-1705 bp + 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 637961-640411(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTAACT
SmilChr01G005972 Chr01 NC_080387.1:75401135-75401144promoter 内 1673-1682 bp - 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75397096-75398816(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTAACT
SmilChr01G002234 Chr01 NC_080387.1:38851570-38851579promoter 内 1669-1678 bp + 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38845130-38849247(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTCT
SmilChr03G000273 Chr03 NC_080389.1:3120974-3120983promoter 内 1666-1675 bp - 2326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3115970-3118648(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGACCTACCA
SmilChr05G000717 Chr05 NC_080391.1:5474776-5474785promoter 内 1606-1615 bp - 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5462755-5472390(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGACCTACCA
SmilChr06G000251 Chr06 NC_080392.1:1666877-1666886promoter 内 1600-1609 bp - 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1669278-1671240(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGTTAGGTAA
SmilChr06G002225 Chr06 NC_080392.1:31377695-31377704promoter 内 1588-1597 bp + 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31380108-31380570(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTAACT
SmilChr06G002024 Chr06 NC_080392.1:26185936-26185945promoter 内 1585-1594 bp + 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 26181855-26183529(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGTTAGGTAA
SmilChr01G000145 Chr01 NC_080387.1:2438558-2438567promoter 内 1584-1593 bp - 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 2440975-2446801(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGTTAGGTAA
SmilChr02G001181 Chr02 NC_080388.1:21700688-21700697promoter 内 1536-1545 bp + 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21703153-21705194(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTAACT
SmilChr05G002236 Chr05 NC_080391.1:23970027-23970036promoter 内 1528-1537 bp + 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23972500-23975801(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTAACT
SmilChr01G001936 Chr01 NC_080387.1:34559111-34559120promoter 内 1526-1535 bp + 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34555603-34556645(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTCT
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