转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 140 / 153 下载 TSV

上一页 140 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002370 Chr05 NC_080391.1:25951618-25951627promoter 内 767-776 bp + 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 25954852-25955773(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr04G001207 Chr04 NC_080390.1:18679151-18679160promoter 内 762-771 bp - 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 18675534-18675921(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr01G000658 Chr01 NC_080387.1:14683927-14683936promoter 内 758-767 bp + 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 14687170-14689566(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr01G004159 Chr01 NC_080387.1:60086104-60086113promoter 内 742-751 bp + 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 60080427-60082854(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GGACCGACAA
SmilChr01G000670 Chr01 NC_080387.1:14838991-14839000promoter 内 739-748 bp - 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 14835325-14835738(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr04G000804 Chr04 NC_080390.1:9902248-9902257promoter 内 737-746 bp - 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 9895308-9898993(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr01G000234 Chr01 NC_080387.1:4399527-4399536promoter 内 726-735 bp + 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4395398-4396261(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr04G002561 Chr04 NC_080390.1:40919986-40919995promoter 内 696-705 bp + 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 40923291-40924443(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTCC
SmilChr04G001158 Chr04 NC_080390.1:17136961-17136970promoter 内 666-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 17140296-17140640(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr04G001077 Chr04 NC_080390.1:15453748-15453757promoter 内 609-618 bp + 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15457140-15458507(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr02G001834 Chr02 NC_080388.1:33417154-33417163promoter 内 595-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33408305-33413757(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr03G000546 Chr03 NC_080389.1:5925477-5925486promoter 内 590-599 bp - 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 5920385-5922075(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTCC
SmilChr01G000176 Chr01 NC_080387.1:2893261-2893270promoter 内 589-598 bp + 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 2896673-2900364(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr03G002186 Chr03 NC_080389.1:34124868-34124877promoter 内 527-536 bp - 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 34120726-34121403(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr02G005345 Chr02 NC_080388.1:74281127-74281136promoter 内 504-513 bp + 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 74264302-74277639(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr03G001814 Chr03 NC_080389.1:24808805-24808814promoter 内 456-465 bp - 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24802597-24805269(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr02G000467 Chr02 NC_080388.1:6303776-6303785promoter 内 455-464 bp + 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 6297501-6300239(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr02G002513 Chr02 NC_080388.1:43628930-43628939promoter 内 450-459 bp - 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 43632481-43634332(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GGACCGACAA
SmilChr03G002229 Chr03 NC_080389.1:35191304-35191313promoter 内 377-386 bp + 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 35186619-35187689(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr01G000224 Chr01 NC_080387.1:3977267-3977276promoter 内 375-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3980893-3981438(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr03G000395 Chr03 NC_080389.1:4323400-4323409promoter 内 357-366 bp - 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4316937-4319765(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr02G001624 Chr02 NC_080388.1:30166304-30166313promoter 内 354-363 bp + 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 30169951-30171198(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr02G001015 Chr02 NC_080388.1:17893926-17893935promoter 内 316-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 17888415-17890250(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr01G003266 Chr01 NC_080387.1:51344443-51344452promoter 内 314-323 bp + 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 51339521-51340765(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr02G000913 Chr02 NC_080388.1:15788494-15788503promoter 内 314-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15792181-15792287(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr04G000554 Chr04 NC_080390.1:6172532-6172541promoter 内 314-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 6176219-6178488(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GGACCGACAA
SmilChr03G001999 Chr03 NC_080389.1:29713328-29713337promoter 内 302-311 bp - 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 29717027-29718523(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr02G001478 Chr02 NC_080388.1:27646047-27646056promoter 内 294-303 bp + 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 27639069-27642349(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr03G002371 Chr03 NC_080389.1:37340615-37340624promoter 内 264-273 bp + 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 37334565-37336887(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr03G000363 Chr03 NC_080389.1:4073007-4073016promoter 内 256-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4076752-4077935(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr01G001200 Chr01 NC_080387.1:24173363-24173372promoter 内 233-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24160292-24169604(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTCC
SmilChr02G001302 Chr02 NC_080388.1:24165506-24165515promoter 内 233-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24159815-24161747(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr03G002400 Chr03 NC_080389.1:38061726-38061735promoter 内 212-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 38065515-38065859(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr02G000778 Chr02 NC_080388.1:12737892-12737901promoter 内 206-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12732393-12734106(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr01G001241 Chr01 NC_080387.1:24829359-24829368promoter 内 191-200 bp - 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24816330-24825558(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTCC
SmilChr02G001433 Chr02 NC_080388.1:27042666-27042675promoter 内 159-168 bp + 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 27035597-27038833(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr01G001520 Chr01 NC_080387.1:29120046-29120055promoter 内 151-160 bp + 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 29114737-29116205(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr01G000235 Chr01 NC_080387.1:4399527-4399536promoter 内 142-151 bp + 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4403386-4405265(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATA
SmilChr01G000979 Chr01 NC_080387.1:20740324-20740333promoter 内 125-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 20744200-20746027(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr05G001054 Chr05 NC_080391.1:8731979-8731988promoter 内 119-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8735861-8739073(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTCC
SmilChr03G001796 Chr03 NC_080389.1:24568965-24568974promoter 内 111-120 bp - 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24572855-24575792(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
SmilChr01G005769 Chr01 NC_080387.1:73765069-73765078promoter 内 89-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 73768981-73771115(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GGACCGACAA
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SmilChr03G001862 Chr03 NC_080389.1:25707854-25707863promoter 内 72-81 bp - 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 25711783-25712259(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAT
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SmilChr02G001258 Chr02 NC_080388.1:23084235-23084244promoter 内 2395-2404 bp + 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 23079644-23082638(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr05G001210 Chr05 NC_080391.1:10175921-10175930promoter 内 202-211 bp + 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 10179720-10180671(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr03G001687 Chr03 NC_080389.1:22282994-22283003promoter 内 3969-3978 bp + 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22282306-22282971(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr01G006071 Chr01 NC_080387.1:76124843-76124852promoter 内 3957-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 76124887-76129776(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CGGTCGGAAT