转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 147 / 161 下载 TSV

上一页 147 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002521 Chr03 NC_080389.1:40187773-40187784promoter 内 3191-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40188583-40191944(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCACATTTTTGG
SmilChr03G002522 Chr03 NC_080389.1:40197444-40197455promoter 内 3188-3199 bp - 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40198257-40201616(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCACATTTTTGG
SmilChr06G001808 Chr06 NC_080392.1:21262112-21262123promoter 内 3140-3151 bp - 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 21262973-21266350(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCACATTTTTGG
SmilChr02G001439 Chr02 NC_080388.1:27081448-27081459promoter 内 3124-3135 bp + 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27075764-27080582(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCACATTTTTGG
SmilChr08G000701 Chr08 NC_080394.1:5217217-5217228promoter 内 3108-3119 bp + 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 5199197-5216335(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCACATTTTTGG
SmilChr01G004017 Chr01 NC_080387.1:58559425-58559436promoter 内 3080-3091 bp - 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 58560346-58570392(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTCAG
SmilChr06G000844 Chr06 NC_080392.1:7975550-7975561promoter 内 3066-3077 bp - 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7976485-7978117(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTCGG
SmilChr03G000993 Chr03 NC_080389.1:11306666-11306677promoter 内 3052-3063 bp - 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11302850-11305728(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTGAAAATGGGA
SmilChr04G001677 Chr04 NC_080390.1:27782310-27782321promoter 内 2973-2984 bp + 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27779688-27781293(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTCAG
SmilChr01G002414 Chr01 NC_080387.1:41514397-41514408promoter 内 2959-2970 bp - 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41515439-41518688(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCACATTTTTGG
SmilChr02G003707 Chr02 NC_080388.1:58599153-58599164promoter 内 2936-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 58600218-58608107(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGTGA
SmilChr01G005874 Chr01 NC_080387.1:74700187-74700198promoter 内 2930-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 74686291-74699127(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCATTTTCGG
SmilChr03G002430 Chr03 NC_080389.1:38597700-38597711promoter 内 2930-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38598771-38599595(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTGAAAATGGGA
SmilChr04G003110 Chr04 NC_080390.1:47651018-47651029promoter 内 2925-2936 bp - 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47649000-47649953(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTGAAAATGGGA
SmilChr06G003189 Chr06 NC_080392.1:44792883-44792894promoter 内 2922-2933 bp - 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44787129-44791815(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTGAAAATGGGA
SmilChr03G002975 Chr03 NC_080389.1:46565691-46565702promoter 内 2909-2920 bp - 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46561296-46564610(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTGAAAATGGGA
SmilChr07G003789 Chr07 NC_080393.1:46553799-46553810promoter 内 2890-2901 bp + 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46554910-46610388(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGTGA
SmilChr01G002254 Chr01 NC_080387.1:39195315-39195326promoter 内 2853-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39192654-39194178(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGTGA
SmilChr02G002268 Chr02 NC_080388.1:40137093-40137104promoter 内 2777-2788 bp + 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40138317-40141219(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTGAAAATGGGA
SmilChr02G002369 Chr02 NC_080388.1:41473111-41473122promoter 内 2763-2774 bp + 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41471010-41471884(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTCAG
SmilChr07G003393 Chr07 NC_080393.1:36799289-36799300promoter 内 2746-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36797069-36798045(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTCAG
SmilChr07G003394 Chr07 NC_080393.1:36808183-36808194promoter 内 2746-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36805963-36806939(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTCAG
SmilChr05G002231 Chr05 NC_080391.1:23891380-23891391promoter 内 2733-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 23889222-23890123(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTCAG
SmilChr03G000487 Chr03 NC_080389.1:5193526-5193537promoter 内 2707-2718 bp + 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 5194820-5202987(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTGAAAATGGGA
SmilChr06G001008 Chr06 NC_080392.1:9969985-9969996promoter 内 2700-2711 bp - 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9971286-9973336(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTCAG
SmilChr05G002545 Chr05 NC_080391.1:28491625-28491636promoter 内 2699-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28492927-28497395(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTGAAAATGGGA
SmilChr07G004150 Chr07 NC_080393.1:53331782-53331793promoter 内 2693-2704 bp - 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53333090-53334437(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCACATTTTTGG
SmilChr05G002293 Chr05 NC_080391.1:24767613-24767624promoter 内 2676-2687 bp - 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24768938-24771861(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCACATTTTTGG
SmilChr07G002743 Chr07 NC_080393.1:26959943-26959954promoter 内 2675-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26955723-26958628(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCACATTTTTGG
SmilChr01G001841 Chr01 NC_080387.1:33348810-33348821promoter 内 2673-2684 bp + 1317 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33350138-33352410(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCGAAAATGGCA
SmilChr06G001623 Chr06 NC_080392.1:18084872-18084883promoter 内 2666-2677 bp + 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18080625-18083548(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCACATTTTTGG
SmilChr04G001380 Chr04 NC_080390.1:22397081-22397092promoter 内 2664-2675 bp - 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22398418-22401324(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCACATTTTTGG
SmilChr02G001134 Chr02 NC_080388.1:20475054-20475065promoter 内 2660-2671 bp + 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20472651-20473724(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTCAG
SmilChr01G000213 Chr01 NC_080387.1:3765307-3765318promoter 内 2659-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3766649-3767632(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTCAG
SmilChr01G000214 Chr01 NC_080387.1:3774908-3774919promoter 内 2659-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3776250-3777323(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTCAG
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