转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 148 / 153 下载 TSV

上一页 148 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001396 Chr03 NC_080389.1:16580617-16580627promoter 内 2776-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 16581842-16589213(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr02G000867 Chr02 NC_080388.1:14904261-14904271promoter 内 2712-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14905550-14905624(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr02G004343 Chr02 NC_080388.1:65692019-65692029promoter 内 2543-2553 bp + 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 65693477-65704341(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr01G002625 Chr01 NC_080387.1:44533442-44533452promoter 内 2528-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44534915-44543927(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr01G005118 Chr01 NC_080387.1:68979833-68979843promoter 内 2523-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68977183-68978365(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr02G001834 Chr02 NC_080388.1:33415251-33415261promoter 内 2497-2507 bp + 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 33408305-33413757(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr04G004017 Chr04 NC_080390.1:55432439-55432449promoter 内 2174-2184 bp - 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55434266-55434417(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr03G004089 Chr03 NC_080389.1:59790897-59790907promoter 内 2142-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59786087-59789048(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr02G001556 Chr02 NC_080388.1:28860892-28860902promoter 内 1923-1933 bp - 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28862970-28863392(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr04G004015 Chr04 NC_080390.1:55432439-55432449promoter 内 1809-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55430097-55430257(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr02G002090 Chr02 NC_080388.1:37495471-37495481promoter 内 1740-1750 bp + 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37487786-37493220(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr04G001472 Chr04 NC_080390.1:24154406-24154416promoter 内 1724-1734 bp - 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 24156683-24167333(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr01G005032 Chr01 NC_080387.1:68283002-68283012promoter 内 1597-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68278485-68280608(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr01G005031 Chr01 NC_080387.1:68277499-68277509promoter 内 1590-1600 bp - 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68272982-68275098(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr02G003914 Chr02 NC_080388.1:61237699-61237709promoter 内 1554-1564 bp + 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 61234002-61235262(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr05G002225 Chr05 NC_080391.1:23779437-23779447promoter 内 1306-1316 bp - 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23782132-23783671(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr05G002093 Chr05 NC_080391.1:21893969-21893979promoter 内 1261-1271 bp + 2730 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 21896709-21898902(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr02G001557 Chr02 NC_080388.1:28860892-28860902promoter 内 1052-1062 bp - 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28863841-28865005(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr02G001573 Chr02 NC_080388.1:29167295-29167305promoter 内 1036-1046 bp + 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29162480-29164340(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr02G001852 Chr02 NC_080388.1:33738493-33738503promoter 内 962-972 bp - 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 33741532-33744438(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr04G000216 Chr04 NC_080390.1:1896221-1896231promoter 内 898-908 bp - 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1899324-1903515(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr04G000547 Chr04 NC_080390.1:6082554-6082564promoter 内 721-731 bp + 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6085834-6087763(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr01G005898 Chr01 NC_080387.1:74883725-74883735promoter 内 542-552 bp + 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74887184-74896636(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr02G005278 Chr02 NC_080388.1:73834120-73834130promoter 内 501-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73837620-73838616(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr05G002634 Chr05 NC_080391.1:29721162-29721172promoter 内 495-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29724668-29725425(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr01G000813 Chr01 NC_080387.1:17534969-17534979promoter 内 412-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 17538558-17561262(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr01G006023 Chr01 NC_080387.1:75815633-75815643promoter 内 197-207 bp - 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75809484-75811839(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr01G001805 Chr01 NC_080387.1:32973181-32973191promoter 内 127-137 bp - 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32977055-32979274(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGGTACAAT
SmilChr03G001459 Chr03 NC_080389.1:17436217-17436227promoter 内 24-34 bp - 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 17430410-17432250(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr04G004014 Chr04 NC_080390.1:55432439-55432449promoter 内 20-30 bp - 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55426993-55428468(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr01G005477 Chr01 NC_080387.1:71769541-71769551promoter 内 19-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 71759353-71765569(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr01G001804 Chr01 NC_080387.1:32973181-32973191promoter 内 17-27 bp - 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32967597-32969207(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCAAC
SmilChr05G002581 Chr05 NC_080391.1:29038204-29038214promoter 内 3596-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 29037737-29037809(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTAGTACAAT
SmilChr05G002360 Chr05 NC_080391.1:25640970-25640980promoter 内 3591-3601 bp + 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25639558-25640570(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACCAGTACAAT
SmilChr03G001191 Chr03 NC_080389.1:13713543-13713553promoter 内 3550-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 13707541-13713102(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAG
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