转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 153 / 167 下载 TSV

上一页 153 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005556 Chr01 NC_080387.1:72381717-72381726promoter 内 2381-2390 bp - 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72377029-72380106(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr02G004195 Chr02 NC_080388.1:64287229-64287238promoter 内 2381-2390 bp + 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64288849-64296311(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr02G005353 Chr02 NC_080388.1:74297204-74297213promoter 内 2381-2390 bp - 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 74295498-74295593(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr04G003245 Chr04 NC_080390.1:49223768-49223777promoter 内 2381-2390 bp - 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49225388-49231053(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr02G002850 Chr02 NC_080388.1:48679549-48679558promoter 内 2377-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48674009-48677934(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr02G003061 Chr02 NC_080388.1:51432623-51432632promoter 内 2374-2383 bp + 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51434250-51435702(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr05G003514 Chr05 NC_080391.1:46963357-46963366promoter 内 2368-2377 bp - 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46958956-46961733(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr01G005932 Chr01 NC_080387.1:75087561-75087570promoter 内 2365-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75089197-75093357(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr01G001538 Chr01 NC_080387.1:29395339-29395348promoter 内 2351-2360 bp + 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 29396989-29398368(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr05G000596 Chr05 NC_080391.1:4497455-4497464promoter 内 2343-2352 bp + 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4492527-4495806(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr04G002194 Chr04 NC_080390.1:35498325-35498334promoter 内 2339-2348 bp + 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35493357-35496672(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr05G003761 Chr05 NC_080391.1:50859898-50859907promoter 内 2320-2329 bp + 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50861579-50864291(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr08G003324 Chr08 NC_080394.1:34513519-34513528promoter 内 2314-2323 bp - 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34505435-34511841(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr02G001597 Chr02 NC_080388.1:29812819-29812828promoter 内 2313-2322 bp - 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 29808667-29811140(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr02G001101 Chr02 NC_080388.1:19844676-19844685promoter 内 2311-2320 bp + 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19836284-19842995(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr08G003002 Chr08 NC_080394.1:30095466-30095475promoter 内 2310-2319 bp + 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 30097157-30097660(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr01G002298 Chr01 NC_080387.1:39796639-39796648promoter 内 2304-2313 bp + 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39798336-39800288(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr02G003726 Chr02 NC_080388.1:58892960-58892969promoter 内 2304-2313 bp + 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 58886403-58891272(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr07G002216 Chr07 NC_080393.1:20412414-20412423promoter 内 2297-2306 bp + 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20408587-20410719(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr08G002974 Chr08 NC_080394.1:29789807-29789816promoter 内 2290-2299 bp + 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 29786596-29788105(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr03G002397 Chr03 NC_080389.1:37986089-37986098promoter 内 2287-2296 bp - 1705 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37983191-37984384(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr01G004808 Chr01 NC_080387.1:66301734-66301743promoter 内 2282-2291 bp + 1710 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 66295259-66300024(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr02G003461 Chr02 NC_080388.1:55899580-55899589promoter 内 2264-2273 bp + 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55901317-55907160(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr04G001870 Chr04 NC_080390.1:30501015-30501024promoter 内 2264-2273 bp + 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 30502752-30505420(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr01G003664 Chr01 NC_080387.1:55067273-55067282promoter 内 2253-2262 bp - 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55061660-55065534(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr04G001445 Chr04 NC_080390.1:23757253-23757262promoter 内 2251-2260 bp - 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 23759003-23759087(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr02G001043 Chr02 NC_080388.1:18500844-18500853promoter 内 2250-2259 bp - 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18499017-18499102(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr02G005352 Chr02 NC_080388.1:74297204-74297213promoter 内 2242-2251 bp - 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 74295357-74295454(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr08G003701 Chr08 NC_080394.1:41455696-41455705promoter 内 2230-2239 bp - 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41457467-41460905(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr03G002584 Chr03 NC_080389.1:41103720-41103729promoter 内 2225-2234 bp + 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41105496-41109137(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr01G005594 Chr01 NC_080387.1:72572076-72572085promoter 内 2224-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72573853-72574621(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr06G001251 Chr06 NC_080392.1:13005949-13005958promoter 内 2220-2229 bp - 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13002075-13004177(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr03G003185 Chr03 NC_080389.1:49302586-49302595promoter 内 2216-2225 bp + 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49295783-49300810(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr04G001449 Chr04 NC_080390.1:23812529-23812538promoter 内 2213-2222 bp + 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 23810666-23810750(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr08G001471 Chr08 NC_080394.1:11864399-11864408promoter 内 2210-2219 bp + 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11861996-11862617(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr08G004251 Chr08 NC_080394.1:51934594-51934603promoter 内 2209-2218 bp + 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51936386-51940492(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr03G004568 Chr03 NC_080389.1:63592086-63592095promoter 内 2205-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63593882-63597689(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr02G002789 Chr02 NC_080388.1:47955958-47955967promoter 内 2203-2212 bp - 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47946256-47954169(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr02G004515 Chr02 NC_080388.1:67685344-67685353promoter 内 2192-2201 bp + 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 67679698-67683544(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr08G001957 Chr08 NC_080394.1:17222631-17222640promoter 内 2180-2189 bp - 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 17224452-17231730(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr07G004533 Chr07 NC_080393.1:57984690-57984699promoter 内 2175-2184 bp + 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57986516-57989224(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr04G000940 Chr04 NC_080390.1:12379016-12379025promoter 内 2171-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12380846-12382794(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr05G003089 Chr05 NC_080391.1:39108272-39108281promoter 内 2168-2177 bp + 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39105240-39106448(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr03G004758 Chr03 NC_080389.1:64693137-64693146promoter 内 2165-2174 bp - 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64694973-64702313(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr03G004498 Chr03 NC_080389.1:63110831-63110840promoter 内 2164-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63107359-63109003(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr05G004071 Chr05 NC_080391.1:54609672-54609681promoter 内 2157-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54605800-54607837(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr07G001572 Chr07 NC_080393.1:12966694-12966703promoter 内 2156-2165 bp - 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12959426-12964858(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr03G003892 Chr03 NC_080389.1:58011018-58011027promoter 内 2153-2162 bp - 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 58012866-58013804(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT
SmilChr07G004684 Chr07 NC_080393.1:59793450-59793459promoter 内 2143-2152 bp + 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59795308-59797294(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGA
SmilChr01G004525 Chr01 NC_080387.1:63450814-63450823promoter 内 2141-2150 bp + 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63446682-63448963(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCATATCTTT