靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00002362-RA_Salv |
SmilChr01G005298 |
ARR-B | XP_057788621.1 |
MP00010 |
AAAGATACGG |
9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 153 / 167 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G005556 |
Chr01 | NC_080387.1:72381717-72381726promoter 内 2381-2390 bp |
- | 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 72377029-72380106(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr02G004195 |
Chr02 | NC_080388.1:64287229-64287238promoter 内 2381-2390 bp |
+ | 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 64288849-64296311(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr02G005353 |
Chr02 | NC_080388.1:74297204-74297213promoter 内 2381-2390 bp |
- | 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 74295498-74295593(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr04G003245 |
Chr04 | NC_080390.1:49223768-49223777promoter 内 2381-2390 bp |
- | 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 49225388-49231053(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
SmilChr02G002850 |
Chr02 | NC_080388.1:48679549-48679558promoter 内 2377-2386 bp |
- | 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 48674009-48677934(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr02G003061 |
Chr02 | NC_080388.1:51432623-51432632promoter 内 2374-2383 bp |
+ | 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 51434250-51435702(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr05G003514 |
Chr05 | NC_080391.1:46963357-46963366promoter 内 2368-2377 bp |
- | 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 46958956-46961733(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr01G005932 |
Chr01 | NC_080387.1:75087561-75087570promoter 内 2365-2374 bp |
+ | 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 75089197-75093357(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr01G001538 |
Chr01 | NC_080387.1:29395339-29395348promoter 内 2351-2360 bp |
+ | 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 29396989-29398368(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr05G000596 |
Chr05 | NC_080391.1:4497455-4497464promoter 内 2343-2352 bp |
+ | 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 4492527-4495806(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
SmilChr04G002194 |
Chr04 | NC_080390.1:35498325-35498334promoter 内 2339-2348 bp |
+ | 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 35493357-35496672(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
SmilChr05G003761 |
Chr05 | NC_080391.1:50859898-50859907promoter 内 2320-2329 bp |
+ | 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 50861579-50864291(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr08G003324 |
Chr08 | NC_080394.1:34513519-34513528promoter 内 2314-2323 bp |
- | 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 34505435-34511841(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr02G001597 |
Chr02 | NC_080388.1:29812819-29812828promoter 内 2313-2322 bp |
- | 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 29808667-29811140(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr02G001101 |
Chr02 | NC_080388.1:19844676-19844685promoter 内 2311-2320 bp |
+ | 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 19836284-19842995(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
SmilChr08G003002 |
Chr08 | NC_080394.1:30095466-30095475promoter 内 2310-2319 bp |
+ | 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 30097157-30097660(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr01G002298 |
Chr01 | NC_080387.1:39796639-39796648promoter 内 2304-2313 bp |
+ | 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 39798336-39800288(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr02G003726 |
Chr02 | NC_080388.1:58892960-58892969promoter 内 2304-2313 bp |
+ | 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 58886403-58891272(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
SmilChr07G002216 |
Chr07 | NC_080393.1:20412414-20412423promoter 内 2297-2306 bp |
+ | 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 20408587-20410719(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
SmilChr08G002974 |
Chr08 | NC_080394.1:29789807-29789816promoter 内 2290-2299 bp |
+ | 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 29786596-29788105(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
SmilChr03G002397 |
Chr03 | NC_080389.1:37986089-37986098promoter 内 2287-2296 bp |
- | 1705 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 37983191-37984384(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr01G004808 |
Chr01 | NC_080387.1:66301734-66301743promoter 内 2282-2291 bp |
+ | 1710 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 66295259-66300024(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
SmilChr02G003461 |
Chr02 | NC_080388.1:55899580-55899589promoter 内 2264-2273 bp |
+ | 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 55901317-55907160(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr04G001870 |
Chr04 | NC_080390.1:30501015-30501024promoter 内 2264-2273 bp |
+ | 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 30502752-30505420(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr01G003664 |
Chr01 | NC_080387.1:55067273-55067282promoter 内 2253-2262 bp |
- | 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 55061660-55065534(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr04G001445 |
Chr04 | NC_080390.1:23757253-23757262promoter 内 2251-2260 bp |
- | 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 23759003-23759087(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
SmilChr02G001043 |
Chr02 | NC_080388.1:18500844-18500853promoter 内 2250-2259 bp |
- | 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 18499017-18499102(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr02G005352 |
Chr02 | NC_080388.1:74297204-74297213promoter 内 2242-2251 bp |
- | 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 74295357-74295454(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr08G003701 |
Chr08 | NC_080394.1:41455696-41455705promoter 内 2230-2239 bp |
- | 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 41457467-41460905(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
SmilChr03G002584 |
Chr03 | NC_080389.1:41103720-41103729promoter 内 2225-2234 bp |
+ | 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 41105496-41109137(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr01G005594 |
Chr01 | NC_080387.1:72572076-72572085promoter 内 2224-2233 bp |
+ | 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 72573853-72574621(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr06G001251 |
Chr06 | NC_080392.1:13005949-13005958promoter 内 2220-2229 bp |
- | 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 13002075-13004177(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
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Chr03 | NC_080389.1:49302586-49302595promoter 内 2216-2225 bp |
+ | 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 49295783-49300810(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
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+ | 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 23810666-23810750(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
SmilChr08G001471 |
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+ | 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 11861996-11862617(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
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+ | 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 51936386-51940492(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
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+ | 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 63593882-63597689(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
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- | 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 47946256-47954169(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
SmilChr02G004515 |
Chr02 | NC_080388.1:67685344-67685353promoter 内 2192-2201 bp |
+ | 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 67679698-67683544(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
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- | 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 17224452-17231730(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
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+ | 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 57986516-57989224(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
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+ | 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 12380846-12382794(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AAAGATATGA |
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+ | 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 39105240-39106448(-) |
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- | 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 64694973-64702313(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCATATCTTT |
SmilChr03G004498 |
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+ | 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 63107359-63109003(-) |
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+ | 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 54605800-54607837(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
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- | 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 12959426-12964858(-) |
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SmilChr01G004525 |
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+ | 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 63446682-63448963(-) |
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