转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 157 / 162 下载 TSV

上一页 157 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G001797 Chr04 NC_080390.1:29440233-29440247promoter 内 3889-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29438872-29440135(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTAGAAGCCAAAA
SmilChr01G002986 Chr01 NC_080387.1:48792460-48792474promoter 内 3886-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48792039-48792359(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCAAGGAGCCAAAA
SmilChr04G002361 Chr04 NC_080390.1:38102413-38102427promoter 内 3842-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38102572-38102871(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTAGCTTTTCGCT
SmilChr01G001998 Chr01 NC_080387.1:35476614-35476628promoter 内 3834-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 35470632-35476461(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCTTGGCTTTTGTAT
SmilChr07G004470 Chr07 NC_080393.1:57263674-57263688promoter 内 3795-3809 bp - 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57262644-57263482(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACTGGCTTTTTAAA
SmilChr03G004270 Chr03 NC_080389.1:61168360-61168374promoter 内 3764-3778 bp + 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61166084-61168137(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGCAAGAAGCCAATT
SmilChr04G002750 Chr04 NC_080390.1:43177743-43177757promoter 内 3733-3747 bp + 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43178011-43179407(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTCTGGCTTTTTCGA
SmilChr02G003819 Chr02 NC_080388.1:59818014-59818028promoter 内 3730-3744 bp - 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59816543-59817757(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCGTTGCCT
SmilChr06G000977 Chr06 NC_080392.1:9534299-9534313promoter 内 3720-3734 bp - 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9532933-9534032(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGCTGGCTTTCCGGA
SmilChr04G000318 Chr04 NC_080390.1:2917078-2917092promoter 内 3676-3690 bp - 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2917403-2919966(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTAGGAGCCAAAA
SmilChr03G001411 Chr03 NC_080389.1:16775386-16775400promoter 内 3654-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16775733-16779393(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACGTGGCTTTCCGAC
SmilChr07G003700 Chr07 NC_080393.1:44626836-44626850promoter 内 3621-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44627216-44627926(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTCTGGCTTTTTCGA
SmilChr01G002957 Chr01 NC_080387.1:48445390-48445404promoter 内 3619-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48445772-48449250(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTAAAAGCCGTTT
SmilChr03G004525 Chr03 NC_080389.1:63301670-63301684promoter 内 3575-3589 bp - 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63300237-63301258(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCCATCATG
SmilChr06G002415 Chr06 NC_080392.1:34895067-34895081promoter 内 3563-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34891816-34894643(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGGAAAAAGCCACAA
SmilChr02G003820 Chr02 NC_080388.1:59818014-59818028promoter 内 3508-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59818507-59821088(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGGCAACGGCCAAAT
SmilChr03G004280 Chr03 NC_080389.1:61232707-61232721promoter 内 3488-3502 bp - 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61233220-61236207(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGTCGAAGGCCAAAT
SmilChr07G000345 Chr07 NC_080393.1:2338877-2338891promoter 内 3452-3466 bp - 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2339426-2340968(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGTAAAAAGCCGTCA
SmilChr03G004519 Chr03 NC_080389.1:63265042-63265056promoter 内 3433-3447 bp + 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63265610-63268258(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGCTGGCTTTTTAAA
SmilChr01G002785 Chr01 NC_080387.1:46325076-46325090promoter 内 3424-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46323516-46324513(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATCAGAAGCCAACC
SmilChr05G002197 Chr05 NC_080391.1:23435047-23435061promoter 内 3414-3428 bp - 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 23433538-23434474(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTCCTAATG
SmilChr02G002811 Chr02 NC_080388.1:48152708-48152722promoter 内 3400-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48150724-48152121(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACGTGGCTTTCCGAC
SmilChr05G002992 Chr05 NC_080391.1:36646045-36646059promoter 内 3328-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36646718-36659271(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTAGGAC
SmilChr04G003570 Chr04 NC_080390.1:52080656-52080670promoter 内 3302-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52073314-52079971(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACGTGGCTTTCCGAC
SmilChr08G004849 Chr08 NC_080394.1:57718028-57718042promoter 内 3273-3287 bp + 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57714611-57717314(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCCAAGAAGCCAACG
SmilChr08G004147 Chr08 NC_080394.1:50629892-50629906promoter 内 3263-3277 bp - 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50630630-50636304(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GAAGAAAAGCCATCC
SmilChr04G002779 Chr04 NC_080390.1:43595747-43595761promoter 内 3206-3220 bp + 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43593041-43594966(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTATAAAGGCCAAAT
SmilChr03G002997 Chr03 NC_080389.1:46780144-46780158promoter 内 3191-3205 bp - 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46777814-46779348(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTTTTATGT
SmilChr06G001795 Chr06 NC_080392.1:21039248-21039262promoter 内 3151-3165 bp - 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21035200-21038412(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTAACT
SmilChr04G000779 Chr04 NC_080390.1:9538200-9538214promoter 内 3146-3160 bp - 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9531284-9537359(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATTGGCTTCTAGAG
SmilChr05G002100 Chr05 NC_080391.1:21971851-21971865promoter 内 3094-3108 bp - 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21966500-21970958(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGTTGGCTTCTTGGC
SmilChr01G001360 Chr01 NC_080387.1:26933694-26933708promoter 内 3090-3104 bp - 897 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26931747-26932797(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAATGGCTTTTGTTT
SmilChr07G003332 Chr07 NC_080393.1:35559816-35559830promoter 内 3071-3085 bp - 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 35560746-35562706(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTGAAAAGCTAATT
SmilChr04G001758 Chr04 NC_080390.1:28899446-28899460promoter 内 3050-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 28895038-28898509(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTAGCTTTTCAAA
SmilChr08G004641 Chr08 NC_080394.1:55933948-55933962promoter 内 3038-3052 bp - 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55931458-55932999(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGTGGCTTTTTCCA
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