转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 159 / 161 下载 TSV

上一页 159 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001021 Chr05 NC_080391.1:8377067-8377078promoter 内 918-929 bp + 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8371112-8373995(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTCTTGG
SmilChr05G003756 Chr05 NC_080391.1:50740787-50740798promoter 内 891-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50723266-50737688(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAACAATGGAA
SmilChr02G003935 Chr02 NC_080388.1:61419385-61419396promoter 内 877-888 bp + 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61412549-61416272(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCGATTTTTGG
SmilChr03G002584 Chr03 NC_080389.1:41102359-41102370promoter 内 864-875 bp + 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41105496-41109137(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCATAAATGGAA
SmilChr03G001144 Chr03 NC_080389.1:13195375-13195386promoter 内 845-856 bp + 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13198531-13199340(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTTTAAATGGAA
SmilChr05G000044 Chr05 NC_080391.1:219964-219975promoter 内 842-853 bp + 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 213308-216816(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTGTTGG
SmilChr01G000823 Chr01 NC_080387.1:17763903-17763914promoter 内 822-833 bp - 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17759797-17760735(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATCGAA
SmilChr05G004057 Chr05 NC_080391.1:54533506-54533517promoter 内 787-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54528253-54530303(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCATAAATGGAA
SmilChr07G000301 Chr07 NC_080393.1:1984407-1984418promoter 内 784-795 bp + 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1979802-1981201(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTATGA
SmilChr03G002661 Chr03 NC_080389.1:42272704-42272715promoter 内 783-794 bp + 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42265706-42269497(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTATGA
SmilChr04G003653 Chr04 NC_080390.1:53008858-53008869promoter 内 776-787 bp - 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53012083-53016707(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTAAAG
SmilChr07G000251 Chr07 NC_080393.1:1594186-1594197promoter 内 743-754 bp - 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1597444-1598162(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCGATTTTTGG
SmilChr04G001441 Chr04 NC_080390.1:23657506-23657517promoter 内 741-752 bp + 3249 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 23660766-23676307(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATCGAA
SmilChr03G000936 Chr03 NC_080389.1:10669191-10669202promoter 内 739-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10662885-10665940(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGGA
SmilChr02G002762 Chr02 NC_080388.1:47688802-47688813promoter 内 724-735 bp + 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47680166-47685536(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCGATTTTTGG
SmilChr05G002377 Chr05 NC_080391.1:26048235-26048246promoter 内 724-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26051512-26056057(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTATGA
SmilChr06G002807 Chr06 NC_080392.1:40785130-40785141promoter 内 715-726 bp + 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40780705-40781855(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCGATTTTTGG
SmilChr07G003471 Chr07 NC_080393.1:38885372-38885383promoter 内 706-717 bp - 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38877401-38882088(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGGA
SmilChr05G002376 Chr05 NC_080391.1:26048235-26048246promoter 内 701-712 bp - 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26042943-26044946(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCATAAATGGAA
SmilChr04G002444 Chr04 NC_080390.1:39153506-39153517promoter 内 692-703 bp - 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39156815-39157807(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTTAT
SmilChr08G000032 Chr08 NC_080394.1:196517-196528promoter 内 664-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 199854-223573(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTGTTGG
SmilChr02G003454 Chr02 NC_080388.1:55821453-55821464promoter 内 658-669 bp + 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55824796-55826600(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATCGAA
SmilChr01G000427 Chr01 NC_080387.1:8558315-8558326promoter 内 644-655 bp + 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8561672-8563144(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATCGAA
SmilChr01G004777 Chr01 NC_080387.1:65955717-65955728promoter 内 617-628 bp - 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 65947874-65952344(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGGA
SmilChr05G002803 Chr05 NC_080391.1:32793230-32793241promoter 内 610-621 bp + 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 32788750-32789850(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTTAT
SmilChr04G002544 Chr04 NC_080390.1:40745195-40745206promoter 内 608-619 bp + 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40741741-40741813(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTAAAG
SmilChr04G002127 Chr04 NC_080390.1:34268639-34268650promoter 内 599-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34263665-34265248(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTATGA
SmilChr05G003004 Chr05 NC_080391.1:37230660-37230671promoter 内 593-604 bp - 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37234068-37235255(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTGTTGG
SmilChr01G002872 Chr01 NC_080387.1:47322569-47322580promoter 内 559-570 bp + 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47317702-47319138(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GTCCATTTATAG
SmilChr01G004473 Chr01 NC_080387.1:62823422-62823433promoter 内 555-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62826868-62826970(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATCGAA
SmilChr07G003021 Chr07 NC_080393.1:31255375-31255386promoter 内 535-546 bp + 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31251447-31251920(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTCTTGG
SmilChr07G000345 Chr07 NC_080393.1:2335953-2335964promoter 内 528-539 bp + 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2339426-2340968(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGGA
SmilChr01G004289 Chr01 NC_080387.1:61090625-61090636promoter 内 512-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61094114-61095645(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGGA
SmilChr06G002082 Chr06 NC_080392.1:27462532-27462543promoter 内 504-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 27458234-27459046(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTGTTGG
SmilChr07G003136 Chr07 NC_080393.1:33261537-33261548promoter 内 480-491 bp + 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33265058-33265253(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATCGAA
SmilChr07G003139 Chr07 NC_080393.1:33267048-33267059promoter 内 479-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33270570-33270765(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATCGAA
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