预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | 家族 | 基序 | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr04G003114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | 蛋白 | 基序 | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00015526-RA_Salv |
SmilChr04G003114 |
C2H2 | XP_057809538.1 |
MP00592 |
AAGAAAACGACAAAAAA |
9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 167 / 171 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | 基序 | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G002948 |
Chr08 | NC_080394.1:29480376-29480392promoter 内 1421-1437 bp |
- | 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 29482956-29498229(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AATTTTGTCGGGTTATT |
SmilChr05G000419 |
Chr05 | NC_080391.1:3170510-3170526promoter 内 1402-1418 bp |
- | 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 3164749-3167927(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AAGAACCGGACAAAAGT |
SmilChr02G004771 |
Chr02 | NC_080388.1:69890765-69890781promoter 内 1352-1368 bp |
- | 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 69880677-69888132(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AATAACCCGACAAAATT |
SmilChr08G003977 |
Chr08 | NC_080394.1:47843582-47843598promoter 内 1346-1362 bp |
+ | 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 47846237-47847876(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AATAACCCGACAAAATT |
SmilChr05G001015 |
Chr05 | NC_080391.1:8318517-8318533promoter 内 1345-1361 bp |
+ | 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 8313665-8315877(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
TCTTTTGTCATTTGCTT |
SmilChr02G000168 |
Chr02 | NC_080388.1:2171021-2171037promoter 内 1339-1355 bp |
- | 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 2173683-2177646(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
TAGTTTGTCGTCATTCC |
SmilChr02G000468 |
Chr02 | NC_080388.1:6324144-6324160promoter 内 1330-1346 bp |
+ | 2655 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 6320184-6321489(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
TTCTTCGTCGTTTTTCA |
SmilChr08G002273 |
Chr08 | NC_080394.1:21051161-21051177promoter 内 1328-1344 bp |
- | 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 21044268-21048504(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
ACACAAAAGACAAAAAG |
SmilChr07G003793 |
Chr07 | NC_080393.1:46648864-46648880promoter 内 1303-1319 bp |
- | 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 46644089-46646182(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AATAACCCGACAAAATT |
SmilChr07G003738 |
Chr07 | NC_080393.1:45536000-45536016promoter 内 1297-1313 bp |
- | 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 45538704-45544969(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
GCTCTTGTCGTAATCTT |
SmilChr05G001282 |
Chr05 | NC_080391.1:10966479-10966495promoter 内 1294-1310 bp |
- | 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 10969186-10969259(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AATTTTGTCGATTTGGA |
SmilChr08G004162 |
Chr08 | NC_080394.1:50925730-50925746promoter 内 1284-1300 bp |
+ | 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 50921707-50923029(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
CCTTTTGTCCTTTATAT |
SmilChr02G005482 |
Chr02 | NC_080388.1:75034400-75034416promoter 内 1281-1297 bp |
- | 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 75029459-75031696(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AGACATAAGACAAAAAA |
SmilChr03G001899 |
Chr03 | NC_080389.1:26540776-26540792promoter 内 1267-1283 bp |
+ | 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 26537987-26538058(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AATTTTGTCGGGTTATT |
SmilChr08G003425 |
Chr08 | NC_080394.1:36521502-36521518promoter 内 1267-1283 bp |
+ | 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 36516378-36518784(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AATTTTGTCGGGTTATT |
SmilChr04G002428 |
Chr04 | NC_080390.1:38912308-38912324promoter 内 1261-1277 bp |
- | 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 38915048-38917431(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AATTTTGTCGGGTTATT |
SmilChr02G003213 |
Chr02 | NC_080388.1:53325878-53325894promoter 内 1254-1270 bp |
- | 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 53322654-53323147(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
GACAATGGGACAAAAAG |
SmilChr07G002553 |
Chr07 | NC_080393.1:24211381-24211397promoter 内 1244-1260 bp |
+ | 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 24214138-24218001(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
TAAGAACGGACAAAAAT |
SmilChr03G004463 |
Chr03 | NC_080389.1:62697849-62697865promoter 内 1221-1237 bp |
+ | 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 62700629-62704213(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AATAACCCGACAAAATT |
SmilChr01G000256 |
Chr01 | NC_080387.1:4902593-4902609promoter 内 1215-1231 bp |
- | 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 4898877-4899823(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
TGAAAAACGACGAAGAA |
SmilChr01G002072 |
Chr01 | NC_080387.1:36625784-36625800promoter 内 1200-1216 bp |
- | 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 36628585-36629689(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AGTTTTGTCGTGAATGG |
SmilChr06G001324 |
Chr06 | NC_080392.1:13740290-13740306promoter 内 1198-1214 bp |
+ | 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 13743093-13743216(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AATAACCCGACAAAATT |
SmilChr03G003972 |
Chr03 | NC_080389.1:58754049-58754065promoter 内 1192-1208 bp |
- | 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 58748231-58751256(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
AATAACCCGACAAAATT |
SmilChr06G002527 |
Chr06 | NC_080392.1:36288320-36288336promoter 内 1180-1196 bp |
- | 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 36291141-36294293(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
TATTTTGTCCGTTAACG |
SmilChr08G000844 |
Chr08 | NC_080394.1:6245126-6245142promoter 内 1156-1172 bp |
+ | 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 6238834-6242297(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
TCTTTTGTCGCAAAGTG |
SmilChr08G003515 |
Chr08 | NC_080394.1:37758200-37758216promoter 内 1149-1165 bp |
+ | 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 37761052-37762502(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
TGTGAAATGACAAAAAA |
SmilChr05G000058 |
Chr05 | NC_080391.1:270814-270830promoter 内 1137-1153 bp |
+ | 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 273678-276275(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
TACAAGTAGACAAAAAA |
SmilChr02G002432 |
Chr02 | NC_080388.1:42332138-42332154promoter 内 1115-1131 bp |
- | 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 42335024-42336319(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
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Chr01 | NC_080387.1:73748807-73748823promoter 内 1101-1117 bp |
- | 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 73742587-73745923(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
ATAAAAATGACAAAAAG |
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Chr05 | NC_080391.1:52662028-52662044promoter 内 1099-1115 bp |
+ | 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 52652460-52659142(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
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+ | 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 41002459-41005081(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
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+ | 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 52675947-52679104(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
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- | 2928 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 56619726-56621345(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
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- | 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 2165418-2166308(-) |
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- | 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 496702-497737(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
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- | 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 9116065-9118911(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
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+ | 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 27635013-27635868(+) |
SMil_00015526-RA_Salv |
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SMil_00015526-RA_Salv |
MP00592 |
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+ | 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 7030956-7034263(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
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+ | 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 45506385-45508270(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
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+ | 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 35845154-35846981(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
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+ | 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 9063831-9069093(-) |
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SMil_00015526-RA_Salv |
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+ | 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 55138377-55139961(-) |
SMil_00015526-RA_Salv |
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+ | 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 13743484-13743606(+) |
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Chr01 | NC_080387.1:58356913-58356929promoter 内 806-822 bp |
+ | 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 58360108-58362362(+) |
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