转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00015526-RA_Salv SmilChr04G003114 C2H2 XP_057809538.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 167 / 171 下载 TSV

上一页 167 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr08G002948 Chr08 NC_080394.1:29480376-29480392promoter 内 1421-1437 bp - 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29482956-29498229(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGGTTATT
SmilChr05G000419 Chr05 NC_080391.1:3170510-3170526promoter 内 1402-1418 bp - 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3164749-3167927(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAGAACCGGACAAAAGT
SmilChr02G004771 Chr02 NC_080388.1:69890765-69890781promoter 内 1352-1368 bp - 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69880677-69888132(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATAACCCGACAAAATT
SmilChr08G003977 Chr08 NC_080394.1:47843582-47843598promoter 内 1346-1362 bp + 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47846237-47847876(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATAACCCGACAAAATT
SmilChr05G001015 Chr05 NC_080391.1:8318517-8318533promoter 内 1345-1361 bp + 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8313665-8315877(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCATTTGCTT
SmilChr02G000168 Chr02 NC_080388.1:2171021-2171037promoter 内 1339-1355 bp - 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2173683-2177646(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAGTTTGTCGTCATTCC
SmilChr02G000468 Chr02 NC_080388.1:6324144-6324160promoter 内 1330-1346 bp + 2655 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6320184-6321489(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTCTTCGTCGTTTTTCA
SmilChr08G002273 Chr08 NC_080394.1:21051161-21051177promoter 内 1328-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21044268-21048504(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ACACAAAAGACAAAAAG
SmilChr07G003793 Chr07 NC_080393.1:46648864-46648880promoter 内 1303-1319 bp - 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46644089-46646182(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATAACCCGACAAAATT
SmilChr07G003738 Chr07 NC_080393.1:45536000-45536016promoter 内 1297-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45538704-45544969(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GCTCTTGTCGTAATCTT
SmilChr05G001282 Chr05 NC_080391.1:10966479-10966495promoter 内 1294-1310 bp - 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10969186-10969259(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGATTTGGA
SmilChr08G004162 Chr08 NC_080394.1:50925730-50925746promoter 内 1284-1300 bp + 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50921707-50923029(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCTTTTGTCCTTTATAT
SmilChr02G005482 Chr02 NC_080388.1:75034400-75034416promoter 内 1281-1297 bp - 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 75029459-75031696(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AGACATAAGACAAAAAA
SmilChr03G001899 Chr03 NC_080389.1:26540776-26540792promoter 内 1267-1283 bp + 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26537987-26538058(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGGTTATT
SmilChr08G003425 Chr08 NC_080394.1:36521502-36521518promoter 内 1267-1283 bp + 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36516378-36518784(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGGTTATT
SmilChr04G002428 Chr04 NC_080390.1:38912308-38912324promoter 内 1261-1277 bp - 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38915048-38917431(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGGTTATT
SmilChr02G003213 Chr02 NC_080388.1:53325878-53325894promoter 内 1254-1270 bp - 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53322654-53323147(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GACAATGGGACAAAAAG
SmilChr07G002553 Chr07 NC_080393.1:24211381-24211397promoter 内 1244-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24214138-24218001(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAAGAACGGACAAAAAT
SmilChr03G004463 Chr03 NC_080389.1:62697849-62697865promoter 内 1221-1237 bp + 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62700629-62704213(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATAACCCGACAAAATT
SmilChr01G000256 Chr01 NC_080387.1:4902593-4902609promoter 内 1215-1231 bp - 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4898877-4899823(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGAAAAACGACGAAGAA
SmilChr01G002072 Chr01 NC_080387.1:36625784-36625800promoter 内 1200-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36628585-36629689(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AGTTTTGTCGTGAATGG
SmilChr06G001324 Chr06 NC_080392.1:13740290-13740306promoter 内 1198-1214 bp + 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13743093-13743216(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATAACCCGACAAAATT
SmilChr03G003972 Chr03 NC_080389.1:58754049-58754065promoter 内 1192-1208 bp - 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58748231-58751256(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATAACCCGACAAAATT
SmilChr06G002527 Chr06 NC_080392.1:36288320-36288336promoter 内 1180-1196 bp - 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36291141-36294293(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCCGTTAACG
SmilChr08G000844 Chr08 NC_080394.1:6245126-6245142promoter 内 1156-1172 bp + 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6238834-6242297(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCGCAAAGTG
SmilChr08G003515 Chr08 NC_080394.1:37758200-37758216promoter 内 1149-1165 bp + 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37761052-37762502(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGTGAAATGACAAAAAA
SmilChr05G000058 Chr05 NC_080391.1:270814-270830promoter 内 1137-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 273678-276275(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TACAAGTAGACAAAAAA
SmilChr02G002432 Chr02 NC_080388.1:42332138-42332154promoter 内 1115-1131 bp - 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42335024-42336319(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AGATTTGTCGTGTTACC
SmilChr01G005764 Chr01 NC_080387.1:73748807-73748823promoter 内 1101-1117 bp - 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73742587-73745923(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATAAAAATGACAAAAAG
SmilChr05G003893 Chr05 NC_080391.1:52662028-52662044promoter 内 1099-1115 bp + 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52652460-52659142(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCGCAAAGTG
SmilChr01G002380 Chr01 NC_080387.1:40999547-40999563promoter 内 1089-1105 bp + 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41002459-41005081(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATAACCCGACAAAATT
SmilChr01G003397 Chr01 NC_080387.1:52682004-52682020promoter 内 1085-1101 bp + 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52675947-52679104(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCGCAAAGTG
SmilChr05G004283 Chr05 NC_080391.1:56616782-56616798promoter 内 1057-1073 bp - 2928 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56619726-56621345(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCTTGATCGA
SmilChr08G000309 Chr08 NC_080394.1:2169239-2169255promoter 内 1054-1070 bp - 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2165418-2166308(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CGTCTAAAGACAAAAAA
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