转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 18 / 167 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000302 Chr04 NC_080390.1:2790912-2790921promoter 内 1984-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 2792929-2793843(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr01G001242 Chr01 NC_080387.1:24915033-24915042promoter 内 1983-1992 bp - 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 24917051-24919720(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTAC
SmilChr07G004397 Chr07 NC_080393.1:56609526-56609535promoter 内 1957-1966 bp - 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 56605268-56607491(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr07G004735 Chr07 NC_080393.1:60224854-60224863promoter 内 1953-1962 bp + 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 60209536-60222815(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr01G005322 Chr01 NC_080387.1:70447184-70447193promoter 内 1945-1954 bp + 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 70442007-70445137(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr04G003347 Chr04 NC_080390.1:50106467-50106476promoter 内 1936-1945 bp - 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 50108532-50109456(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTAC
SmilChr01G006047 Chr01 NC_080387.1:75968773-75968782promoter 内 1934-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 75970840-75976116(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGG
SmilChr04G001305 Chr04 NC_080390.1:20768334-20768343promoter 内 1934-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 20765037-20766276(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr06G000126 Chr06 NC_080392.1:888867-888876promoter 内 1923-1932 bp - 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 890945-891892(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr04G001317 Chr04 NC_080390.1:21101985-21101994promoter 内 1884-1893 bp + 2108 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 21104102-21109945(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr06G002346 Chr06 NC_080392.1:34152626-34152635promoter 内 1834-1843 bp + 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 34146560-34150468(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTAC
SmilChr02G005269 Chr02 NC_080388.1:73778965-73778974promoter 内 1813-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 73772664-73776786(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTAC
SmilChr02G000510 Chr02 NC_080388.1:7045049-7045058promoter 内 1805-1814 bp - 2187 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 7047245-7048232(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr07G004203 Chr07 NC_080393.1:54138994-54139003promoter 内 1794-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 54135749-54136796(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr04G002720 Chr04 NC_080390.1:42826142-42826151promoter 内 1793-1802 bp - 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 42828350-42829068(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr01G002291 Chr01 NC_080387.1:39749145-39749154promoter 内 1765-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 39751381-39754707(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr01G003638 Chr01 NC_080387.1:54869713-54869722promoter 内 1765-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 54871949-54872876(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr03G004348 Chr03 NC_080389.1:61752952-61752961promoter 内 1765-1774 bp + 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 61749799-61750725(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr06G000669 Chr06 NC_080392.1:5880122-5880131promoter 内 1765-1774 bp + 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 5877013-5877895(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr07G002454 Chr07 NC_080393.1:23064013-23064022promoter 内 1765-1774 bp + 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 23060904-23061786(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr02G003926 Chr02 NC_080388.1:61329498-61329507promoter 内 1759-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 61331740-61332604(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr05G002050 Chr05 NC_080391.1:21360791-21360800promoter 内 1759-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 21363033-21363104(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTTA
SmilChr08G001481 Chr08 NC_080394.1:11941563-11941572promoter 内 1743-1752 bp - 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 11936584-11939314(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr04G001893 Chr04 NC_080390.1:30904699-30904708promoter 内 1731-1740 bp + 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 30906969-30909161(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr03G000467 Chr03 NC_080389.1:4980892-4980901promoter 内 1724-1733 bp + 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 4983169-4986572(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGG
SmilChr05G003555 Chr05 NC_080391.1:47462548-47462557promoter 内 1724-1733 bp - 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 47456353-47460280(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGG
SmilChr08G004912 Chr08 NC_080394.1:58093268-58093277promoter 内 1707-1716 bp - 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 58089052-58090983(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr05G000716 Chr05 NC_080391.1:5449358-5449367promoter 内 1685-1694 bp - 2307 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 5451674-5453237(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr07G000542 Chr07 NC_080393.1:3740818-3740827promoter 内 1672-1681 bp - 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 3735971-3738498(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr03G002486 Chr03 NC_080389.1:39526911-39526920promoter 内 1661-1670 bp - 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 39521694-39524580(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr05G003483 Chr05 NC_080391.1:46241040-46241049promoter 内 1659-1668 bp + 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 46243382-46243853(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGG
SmilChr05G004061 Chr05 NC_080391.1:54563920-54563929promoter 内 1648-1657 bp - 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 54558446-54561576(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr07G001481 Chr07 NC_080393.1:11654323-11654332promoter 内 1648-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 11650800-11651979(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTAC
SmilChr01G003909 Chr01 NC_080387.1:57376521-57376530promoter 内 1643-1652 bp - 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 57373138-57374172(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGG
SmilChr01G001444 Chr01 NC_080387.1:28140154-28140163promoter 内 1638-1647 bp + 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 28136280-28137800(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTAC
SmilChr01G001392 Chr01 NC_080387.1:27377594-27377603promoter 内 1601-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 27372506-27375203(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
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SmilChr07G000579 Chr07 NC_080393.1:3937486-3937495promoter 内 1587-1596 bp + 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 3930935-3935081(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr07G000061 Chr07 NC_080393.1:280589-280598promoter 内 1582-1591 bp - 2410 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 276027-278179(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
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SmilChr07G000686 Chr07 NC_080393.1:4685404-4685413promoter 内 1523-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 4687882-4689985(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGG
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SmilChr08G004046 Chr08 NC_080394.1:48962985-48962994promoter 内 1451-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 48965535-48967718(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTAC
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SmilChr04G003901 Chr04 NC_080390.1:54779933-54779942promoter 内 1439-1448 bp + 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 54776041-54777380(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC