转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 20 / 152 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003526 Chr03 NC_080389.1:53859406-53859424promoter 内 585-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 53853257-53856008(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACACCCAACCACTTTATT
SmilChr03G004149 Chr03 NC_080389.1:60293714-60293732promoter 内 315-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 60297400-60304823(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAACCCCAACCACTAGGCC
SmilChr04G003068 Chr04 NC_080390.1:47211304-47211322promoter 内 117-135 bp + 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 47215188-47223158(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGCCCCCACCACCTCCGC
SmilChr02G002041 Chr02 NC_080388.1:36744145-36744163promoter 内 82-100 bp - 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 36739942-36740244(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACACCCAACCACTTTATT
SmilChr03G003713 Chr03 NC_080389.1:56077797-56077815promoter 内 26-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 56072904-56073840(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGGAGTTGGTTGGGGTCT
SmilChr04G003494 Chr04 NC_080390.1:51373378-51373396promoter 内 8-26 bp + 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 51365035-51369403(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGTGGGTGGTTGAAGAAT
SmilChr01G002829 Chr01 NC_080387.1:46881535-46881553promoter 内 2551-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 8 46877748-46880103(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGAACCCAACCACCATACT
SmilChr02G001965 Chr02 NC_080388.1:35569094-35569112promoter 内 3046-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 35570049-35571466(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTAAGGTGGTTGCGGTCG
SmilChr02G002566 Chr02 NC_080388.1:44653138-44653156promoter 内 2969-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 44648304-44652124(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCTTCCAACTACCCTTCT
SmilChr04G000637 Chr04 NC_080390.1:7248685-7248703promoter 内 2883-2901 bp + 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 7244801-7247585(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGAAGTTGGTTGGGATTA
SmilChr05G001577 Chr05 NC_080391.1:14439552-14439570promoter 内 2651-2669 bp - 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 14440902-14444376(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGCAGGTGGTTGAGTAGA
SmilChr04G001029 Chr04 NC_080390.1:14548264-14548282promoter 内 2172-2190 bp + 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 14543706-14546453(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTGAGGTGGTTGAGTCTC
SmilChr03G000249 Chr03 NC_080389.1:2936577-2936595promoter 内 1535-1553 bp - 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 2939043-2943253(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCATGGTGGTTGAAGGAG
SmilChr04G000638 Chr04 NC_080390.1:7248685-7248703promoter 内 1314-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 7251372-7256110(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAATCCCAACCAACTTCAC
SmilChr02G003296 Chr02 NC_080388.1:54230459-54230477promoter 内 1013-1031 bp + 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 54233447-54235258(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCCCCACCACCTCCCC
SmilChr01G005146 Chr01 NC_080387.1:69244692-69244710promoter 内 998-1016 bp - 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 69247695-69250544(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGAAGTGGTTGGGCCTA
SmilChr03G003025 Chr03 NC_080389.1:47146188-47146206promoter 内 283-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 47149906-47151958(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACTTGCAACCACCTCTTC
SmilChr02G003206 Chr02 NC_080388.1:53198743-53198761promoter 内 238-256 bp + 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 53202506-53205087(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTTCCCAACCACCTGGGA
SmilChr05G002624 Chr05 NC_080391.1:29581796-29581814promoter 内 150-168 bp + 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 29585647-29590303(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAATCCAACCACCTCAAA
SmilChr03G002267 Chr03 NC_080389.1:35797012-35797030promoter 内 57-75 bp + 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 35800956-35804016(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCTTCAACCACCATGCG
SmilChr05G000927 Chr05 NC_080391.1:7398883-7398901promoter 内 39-57 bp - 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 7402845-7406376(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAAAAGTGGTTGAGATTG
SmilChr03G004092 Chr03 NC_080389.1:59806514-59806532promoter 内 3927-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 59803780-59806458(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTAGAGTGGTTGGAGCAG
SmilChr05G002543 Chr05 NC_080391.1:28380048-28380066promoter 内 3885-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 28380164-28383807(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGACCCAACCACTCCGCC
SmilChr05G002553 Chr05 NC_080391.1:28641894-28641912promoter 内 3710-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 28642185-28645646(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGACCCAACCACTCCGCC
SmilChr02G003436 Chr02 NC_080388.1:55596975-55596993promoter 内 3623-3641 bp + 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 55589245-55596615(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATAAAGTGGTTGGAGAGT
SmilChr01G002802 Chr01 NC_080387.1:46551441-46551459promoter 内 3407-3425 bp + 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 46552035-46552168(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTCCTCAACCACTCCCAT
SmilChr04G001915 Chr04 NC_080390.1:31238176-31238194promoter 内 3239-3257 bp - 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 31238938-31242092(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAAGGGTGGTTGGTGGAG
SmilChr05G000209 Chr05 NC_080391.1:1656759-1656777promoter 内 3193-3211 bp + 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 1657567-1663092(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCCACCAACCACCATCGT
SmilChr05G000826 Chr05 NC_080391.1:6484721-6484739promoter 内 3151-3169 bp - 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 6485571-6485642(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGAGGTGGTTGACTCAG
SmilChr02G004052 Chr02 NC_080388.1:62844081-62844099promoter 内 3132-3150 bp - 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 62844950-62847799(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAATGGTGGTTGAAGTTG
SmilChr02G003607 Chr02 NC_080388.1:57314641-57314659promoter 内 2984-3002 bp + 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 57311917-57313642(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGAGTTGGTTGGCGGTG
SmilChr01G000798 Chr01 NC_080387.1:17240811-17240829promoter 内 2878-2896 bp + 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 17237048-17239706(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACAAAAGTGGGTGGAAAAG
SmilChr02G002922 Chr02 NC_080388.1:49624353-49624371promoter 内 2785-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 49625569-49629392(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGGGTGGTTGGGCGAC
SmilChr02G000191 Chr02 NC_080388.1:2404126-2404144promoter 内 2591-2609 bp - 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 2400809-2402734(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAATCCAACCACCTCAAA
SmilChr01G002438 Chr01 NC_080387.1:41968724-41968742promoter 内 2569-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 41963510-41967310(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGGAGGTGGTTGGCCAGA
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SmilChr02G001298 Chr02 NC_080388.1:24039890-24039908promoter 内 1845-1863 bp + 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 24034473-24037752(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTGAGGTGGTTGGATTTG
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SmilChr02G005447 Chr02 NC_080388.1:74827425-74827443promoter 内 1687-1705 bp + 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 74829739-74831528(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCCGCAACCACCCTAAC
SmilChr02G005140 Chr02 NC_080388.1:72821424-72821442promoter 内 1577-1595 bp - 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 72823848-72828130(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTGAGGTAGTTGGAATTT
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