转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 25 / 128 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002307 Chr03 NC_080389.1:36322384-36322398promoter 内 2998-3012 bp - 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 36323387-36324470(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTGAGG
SmilChr03G002308 Chr03 NC_080389.1:36322384-36322398promoter 内 1873-1887 bp - 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 36324512-36325149(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTGAGG
SmilChr02G001170 Chr02 NC_080388.1:21512942-21512956promoter 内 1147-1161 bp + 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 21515796-21518855(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCGCCT
SmilChr07G003577 Chr07 NC_080393.1:41822208-41822222promoter 内 811-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 41825398-41828282(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCGCCT
SmilChr06G001992 Chr06 NC_080392.1:25340732-25340746promoter 内 302-316 bp - 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 25336064-25337047(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCCG
SmilChr07G003150 Chr07 NC_080393.1:33422027-33422041promoter 内 3927-3941 bp - 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 33410022-33421967(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCCGCCACCGCCA
SmilChr01G000287 Chr01 NC_080387.1:5639842-5639856promoter 内 3688-3702 bp - 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 5640155-5641397(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGGGC
SmilChr03G002404 Chr03 NC_080389.1:38128821-38128835promoter 内 3595-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 38126882-38128429(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGATGG
SmilChr07G003516 Chr07 NC_080393.1:40236114-40236128promoter 内 3341-3355 bp + 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 40236774-40238485(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCGCTCCACCGCCG
SmilChr03G001219 Chr03 NC_080389.1:14010943-14010957promoter 内 3120-3134 bp - 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 14007534-14010076(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGACTCCACCGCCG
SmilChr04G002656 Chr04 NC_080390.1:41966990-41967004promoter 内 2618-2632 bp + 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 41963246-41965621(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGAGGG
SmilChr01G000613 Chr01 NC_080387.1:13551080-13551094promoter 内 2475-2489 bp - 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 13552606-13552949(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGATGG
SmilChr05G004121 Chr05 NC_080391.1:55115737-55115751promoter 内 2466-2480 bp - 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 55112539-55114216(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGCTT
SmilChr05G001961 Chr05 NC_080391.1:20130215-20130229promoter 内 2375-2389 bp - 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 20131841-20134087(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGGGC
SmilChr08G003630 Chr08 NC_080394.1:39584470-39584484promoter 内 1982-1996 bp + 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 39586489-39586826(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCTCCACCGCCT
SmilChr04G001704 Chr04 NC_080390.1:28171208-28171222promoter 内 1869-1883 bp - 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 28173340-28173861(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr06G002237 Chr06 NC_080392.1:31636773-31636787promoter 内 1837-1851 bp - 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 31638937-31640624(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGATGG
SmilChr02G003577 Chr02 NC_080388.1:56942610-56942624promoter 内 1706-1720 bp - 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 56939348-56940329(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGCTT
SmilChr05G003892 Chr05 NC_080391.1:52642816-52642830promoter 内 1529-1543 bp - 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52645288-52647911(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTGAGG
SmilChr06G002236 Chr06 NC_080392.1:31636773-31636787promoter 内 1522-1536 bp - 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 31633406-31634308(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCGCCT
SmilChr04G003145 Chr04 NC_080390.1:48089012-48089026promoter 内 1491-1505 bp + 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48078670-48086516(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGATGG
SmilChr05G000427 Chr05 NC_080391.1:3220302-3220316promoter 内 1355-1369 bp - 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3212662-3217670(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATCCGCCACCGCCT
SmilChr05G003504 Chr05 NC_080391.1:46774633-46774647promoter 内 1305-1319 bp - 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46777329-46779116(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGTGA
SmilChr01G000614 Chr01 NC_080387.1:13551080-13551094promoter 内 729-743 bp - 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 13554352-13558027(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGATGG
SmilChr02G001821 Chr02 NC_080388.1:33079470-33079484promoter 内 383-397 bp - 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 33083088-33085529(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGTGA
SmilChr01G004771 Chr01 NC_080387.1:65892587-65892601promoter 内 19-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 65882451-65888619(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCCG
SmilChr06G000770 Chr06 NC_080392.1:7197741-7197755promoter 内 3259-3273 bp + 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 6 7198483-7202522(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGACT
SmilChr06G002285 Chr06 NC_080392.1:32865397-32865411promoter 内 2744-2758 bp + 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 6 32866654-32869639(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCCA
SmilChr01G001330 Chr01 NC_080387.1:26496866-26496880promoter 内 2133-2147 bp + 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 6 26498734-26500788(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCCA
SmilChr04G000275 Chr04 NC_080390.1:2535687-2535701promoter 内 1956-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 6 2533575-2533656(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCCTCCACCGCCG
SmilChr07G004144 Chr07 NC_080393.1:53258084-53258098promoter 内 3646-3660 bp - 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 5 53258439-53268046(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGC
SmilChr07G001960 Chr07 NC_080393.1:17101285-17101299promoter 内 2001-2015 bp + 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 5 17094769-17099299(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGTCGGTGGAGGCGG
SmilChr01G004544 Chr01 NC_080387.1:63586643-63586657promoter 内 571-585 bp - 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 5 63590073-63593410(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGTCGGTGGAGGCGG
SmilChr04G000903 Chr04 NC_080390.1:11763543-11763557promoter 内 3163-3177 bp - 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 11760419-11762719(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGACT
SmilChr05G003154 Chr05 NC_080391.1:40295367-40295381promoter 内 2451-2465 bp + 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 40292169-40293831(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGC
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