转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 26 / 142 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004428 Chr01 NC_080387.1:62385020-62385034promoter 内 3515-3529 bp - 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 62382121-62384548(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACA
SmilChr02G003698 Chr02 NC_080388.1:58441874-58441888promoter 内 3310-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 58442565-58448672(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGTGGTAGTTAGG
SmilChr04G003841 Chr04 NC_080390.1:54440507-54440521promoter 内 2944-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54441564-54444762(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACA
SmilChr02G005527 Chr02 NC_080388.1:75341034-75341048promoter 内 2804-2818 bp + 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 75338660-75339851(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTGCGGTAGGTGGT
SmilChr05G001651 Chr05 NC_080391.1:15560045-15560059promoter 内 2772-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 15556863-15558830(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCAACTACCACCAC
SmilChr06G001463 Chr06 NC_080392.1:15494091-15494105promoter 内 2569-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 15495523-15498317(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTGGA
SmilChr06G000051 Chr06 NC_080392.1:419446-419460promoter 内 2323-2337 bp - 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 412104-417782(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCAACTACCACCTC
SmilChr03G003356 Chr03 NC_080389.1:51884362-51884376promoter 内 1991-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 51886372-51889616(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACA
SmilChr02G000410 Chr02 NC_080388.1:5153772-5153786promoter 内 1942-1956 bp - 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5155831-5158826(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGCAGGTAGGTGCG
SmilChr01G002504 Chr01 NC_080387.1:42904892-42904906promoter 内 1884-1898 bp + 2103 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 42907009-42908794(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCAAACC
SmilChr06G001809 Chr06 NC_080392.1:21274740-21274754promoter 内 1613-1627 bp - 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 21271412-21272366(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGAACC
SmilChr07G001282 Chr07 NC_080393.1:9850537-9850551promoter 内 1474-1488 bp - 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 9853064-9855183(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACGCGGTAGGTGGC
SmilChr02G002926 Chr02 NC_080388.1:49663675-49663689promoter 内 1466-1480 bp + 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 49666210-49667026(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGAACC
SmilChr05G000442 Chr05 NC_080391.1:3349871-3349885promoter 内 825-839 bp - 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3353047-3359104(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G004429 Chr01 NC_080387.1:62385020-62385034promoter 内 681-695 bp - 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 62388340-62389416(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr08G004267 Chr08 NC_080394.1:52141027-52141041promoter 内 678-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52144350-52147774(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G002927 Chr02 NC_080388.1:49663675-49663689promoter 内 494-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 49667182-49668027(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGAACC
SmilChr08G004109 Chr08 NC_080394.1:49853231-49853245promoter 内 438-452 bp + 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 49856794-49860056(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCGGAAC
SmilChr07G001010 Chr07 NC_080393.1:7349705-7349719promoter 内 265-279 bp + 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 7342620-7345983(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G001934 Chr05 NC_080391.1:19681227-19681241promoter 内 3335-3349 bp + 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 19681893-19685650(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCGCCAG
SmilChr07G004313 Chr07 NC_080393.1:55695709-55695723promoter 内 1667-1681 bp - 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 55688877-55693389(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCAAACA
SmilChr06G001246 Chr06 NC_080392.1:12912425-12912439promoter 内 847-861 bp + 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 12915579-12917067(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCAGACA
SmilChr03G000605 Chr03 NC_080389.1:6694875-6694889promoter 内 572-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 6689380-6691460(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTAACGCCCC
SmilChr03G000574 Chr03 NC_080389.1:6237248-6237262promoter 内 311-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 6240938-6243384(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGTAGGTAGGTAGG
SmilChr03G000573 Chr03 NC_080389.1:6237248-6237262promoter 内 68-82 bp - 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 6232208-6233329(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCTACTC
SmilChr01G001508 Chr01 NC_080387.1:28906989-28907003promoter 内 38-52 bp + 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 28910952-28915196(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCTTCAA
SmilChr02G000177 Chr02 NC_080388.1:2262767-2262781promoter 内 5-19 bp + 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 2266763-2270938(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCTTCAA
SmilChr05G003940 Chr05 NC_080391.1:53171492-53171506promoter 内 3831-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 53171662-53178336(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGGTGTT
SmilChr03G000169 Chr03 NC_080389.1:1864417-1864431promoter 内 3519-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1864899-1867457(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGGCGGTAGGTGTT
SmilChr01G003715 Chr01 NC_080387.1:55491104-55491118promoter 内 3434-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55486465-55490551(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGAAGGTAGGTGAA
SmilChr05G002277 Chr05 NC_080391.1:24491857-24491871promoter 内 3354-3368 bp + 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 24490441-24491224(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGCGGTAGGTGAA
SmilChr04G000866 Chr04 NC_080390.1:10945348-10945362promoter 内 2956-2970 bp + 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 10946393-10946463(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCCCCCA
SmilChr08G002465 Chr08 NC_080394.1:23481212-23481226promoter 内 2953-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 23477957-23480178(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCACAA
SmilChr04G000867 Chr04 NC_080390.1:10945348-10945362promoter 内 2802-2816 bp + 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 10946547-10947483(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCCCCCA
SmilChr03G000606 Chr03 NC_080389.1:6694875-6694889promoter 内 2773-2787 bp - 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 6692792-6693661(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTAACGCCCC
SmilChr03G001938 Chr03 NC_080389.1:27516529-27516543promoter 内 2662-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 27517868-27523585(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGAAGGTAGGTGGG
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SmilChr03G000599 Chr03 NC_080389.1:6652443-6652457promoter 内 2628-2642 bp - 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 6647610-6651084(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTAACGCCCC
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