转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 27 / 164 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002255 Chr02 NC_080388.1:39978574-39978588promoter 内 633-647 bp - 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 39981942-39983388(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCACACT
SmilChr02G003383 Chr02 NC_080388.1:54945011-54945025promoter 内 469-483 bp - 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 54948543-54951563(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCAAACA
SmilChr06G001423 Chr06 NC_080392.1:15027421-15027435promoter 内 263-277 bp + 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 15031159-15033826(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGTA
SmilChr06G001424 Chr06 NC_080392.1:15056413-15056427promoter 内 262-276 bp + 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 15060152-15062818(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGTA
SmilChr05G002885 Chr05 NC_080391.1:34555365-34555379promoter 内 232-246 bp + 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 34559134-34560135(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAAAGGTAGGTGAG
SmilChr08G001118 Chr08 NC_080394.1:8692758-8692772promoter 内 226-240 bp - 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 8688279-8688997(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGTA
SmilChr01G001120 Chr01 NC_080387.1:22822118-22822132promoter 内 219-233 bp - 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 22825900-22826668(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCGCCGT
SmilChr01G001146 Chr01 NC_080387.1:23423409-23423423promoter 内 3957-3971 bp - 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 23423453-23426160(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTACTCA
SmilChr02G000110 Chr02 NC_080388.1:1403141-1403155promoter 内 3865-3879 bp - 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 1403277-1405878(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTACTCA
SmilChr03G000049 Chr03 NC_080389.1:512124-512138promoter 内 2295-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 504684-510432(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTGAGGTAGGTGGC
SmilChr05G004087 Chr05 NC_080391.1:54726598-54726612promoter 内 2112-2126 bp + 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 54722720-54724723(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCGATT
SmilChr05G003457 Chr05 NC_080391.1:46002033-46002047promoter 内 3834-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 45999310-46001880(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTACTCA
SmilChr03G002559 Chr03 NC_080389.1:40746713-40746727promoter 内 3574-3588 bp + 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 40747140-40750800(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGATGGTAGGTGTA
SmilChr01G001482 Chr01 NC_080387.1:28595886-28595900promoter 内 2477-2491 bp - 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 28597410-28598474(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAT
SmilChr01G001481 Chr01 NC_080387.1:28588403-28588417promoter 内 2409-2423 bp - 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 28589995-28591016(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAT
SmilChr03G002557 Chr03 NC_080389.1:40746713-40746727promoter 内 1751-1765 bp + 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 40741252-40744477(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCATCTT
SmilChr03G000051 Chr03 NC_080389.1:512124-512138promoter 内 1430-1444 bp - 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 514695-517585(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTCAAC
SmilChr05G003458 Chr05 NC_080391.1:46002033-46002047promoter 内 1232-1246 bp + 2755 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 46004802-46006161(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGAGTAGTAGGTGGG
SmilChr03G002958 Chr03 NC_080389.1:46350065-46350079promoter 内 3966-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 46350100-46352683(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGGTGGTAGGTGGT
SmilChr07G004501 Chr07 NC_080393.1:57673797-57673811promoter 内 3920-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 57670758-57673730(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAT
SmilChr07G004502 Chr07 NC_080393.1:57683404-57683418promoter 内 3920-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 57680367-57683337(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAT
SmilChr05G003189 Chr05 NC_080391.1:40820734-40820748promoter 内 3496-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40817700-40820243(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGTGAGGTAGGTGAA
SmilChr07G003158 Chr07 NC_080393.1:33507408-33507422promoter 内 3438-3452 bp - 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 33507971-33508462(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCAGCTC
SmilChr01G000675 Chr01 NC_080387.1:14953104-14953118promoter 内 3369-3383 bp + 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 14951533-14952486(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCAGCTC
SmilChr01G001780 Chr01 NC_080387.1:32689795-32689809promoter 内 3241-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 32690555-32691341(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAATAGGTAGGTGGA
SmilChr06G000992 Chr06 NC_080392.1:9796247-9796261promoter 内 3233-3247 bp + 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 9797015-9799451(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGATGGTAGGTGGT
SmilChr05G004383 Chr05 NC_080391.1:57319780-57319794promoter 内 2987-3001 bp - 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 57310871-57318780(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTAGGGTAGGTGGA
SmilChr07G001094 Chr07 NC_080393.1:8054946-8054960promoter 内 2976-2990 bp + 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 8055971-8062178(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTTGGTAGTTGGG
SmilChr02G000040 Chr02 NC_080388.1:488284-488298promoter 内 2932-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 483264-487229(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGTGGTAGGTGTC
SmilChr07G003547 Chr07 NC_080393.1:41164297-41164311promoter 内 2763-2777 bp - 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 41161464-41163073(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGGGAGTAGGTGGG
SmilChr05G001649 Chr05 NC_080391.1:15482114-15482128promoter 内 2757-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 15483358-15488300(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGAGGGTAGGTGCG
SmilChr04G001482 Chr04 NC_080390.1:24255700-24255714promoter 内 2681-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 24253149-24254394(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAT
SmilChr04G001483 Chr04 NC_080390.1:24263144-24263158promoter 内 2658-2672 bp + 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 24260570-24261815(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAT
SmilChr06G000259 Chr06 NC_080392.1:1712721-1712735promoter 内 2519-2533 bp - 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 1704409-1711253(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTGGTAGGTGTG
SmilChr04G001195 Chr04 NC_080390.1:18304501-18304515promoter 内 2250-2264 bp - 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 18300691-18302764(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGAGGTAGGTGGC
SmilChr01G001781 Chr01 NC_080387.1:32689795-32689809promoter 内 2242-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 32691554-32693498(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAATAGGTAGGTGGA
SmilChr03G002011 Chr03 NC_080389.1:30049181-30049195promoter 内 2188-2202 bp + 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 30046483-30047382(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCTCAGC
SmilChr07G000465 Chr07 NC_080393.1:3274631-3274645promoter 内 2162-2176 bp - 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3271460-3272806(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGTCGGTAGGTGGA
SmilChr01G000596 Chr01 NC_080387.1:12973209-12973223promoter 内 2100-2114 bp - 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 12975110-12977951(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCAGCTC
SmilChr05G002715 Chr05 NC_080391.1:31269034-31269048promoter 内 1777-1791 bp + 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 31271258-31272844(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGGTAGTAGGTGAG
SmilChr08G001700 Chr08 NC_080394.1:14202871-14202885promoter 内 1766-1780 bp - 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 14205106-14209282(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCAATGG
SmilChr06G000860 Chr06 NC_080392.1:8125404-8125418promoter 内 1647-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 8127758-8135321(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCATCAG
SmilChr06G000630 Chr06 NC_080392.1:5574613-5574627promoter 内 1616-1630 bp + 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 5576998-5577070(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGAGGTAGGTGGC
SmilChr04G001197 Chr04 NC_080390.1:18319533-18319547promoter 内 1612-1626 bp - 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 18321922-18328541(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTCATT
SmilChr03G002423 Chr03 NC_080389.1:38479423-38479437promoter 内 1559-1573 bp - 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 38481865-38483587(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCCCACT
SmilChr02G002639 Chr02 NC_080388.1:45801326-45801340promoter 内 1424-1438 bp + 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 45794741-45798763(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCATCTT
SmilChr07G004164 Chr07 NC_080393.1:53517707-53517721promoter 内 1330-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 53520378-53524900(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTCATT
SmilChr07G000210 Chr07 NC_080393.1:1340479-1340493promoter 内 1326-1340 bp + 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 1333606-1337818(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCAACTACCAACTA
SmilChr07G000466 Chr07 NC_080393.1:3274631-3274645promoter 内 1172-1186 bp - 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3277460-3279058(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCGACCC
SmilChr02G000746 Chr02 NC_080388.1:12087480-12087494promoter 内 1147-1161 bp + 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 12082227-12084640(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTAAATT