转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 3 / 152 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004690 Chr03 NC_080389.1:64284773-64284791promoter 内 1596-1614 bp - 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 64280804-64282386(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTCCAACCACTTCCCT
SmilChr02G001411 Chr02 NC_080388.1:26746064-26746082promoter 内 910-928 bp - 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 26749155-26752912(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGAGGTGGTTGGTAGGG
SmilChr05G001349 Chr05 NC_080391.1:11985947-11985965promoter 内 3578-3596 bp + 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 11980425-11985542(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGTGGTGGTTGGAAATT
SmilChr01G004485 Chr01 NC_080387.1:62980869-62980887promoter 内 2866-2884 bp - 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 62982004-62983723(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGTTGGTGGTTGAGGGGG
SmilChr01G005313 Chr01 NC_080387.1:70386520-70386538promoter 内 1176-1194 bp + 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 70389345-70389935(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCCTCCACCCACCTTCCC
SmilChr02G000452 Chr02 NC_080388.1:6011881-6011899promoter 内 2744-2762 bp + 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 6013138-6021092(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCGCCCAACCACCTTTCC
SmilChr02G003283 Chr02 NC_080388.1:54136890-54136908promoter 内 3974-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 54136917-54140515(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCTCCAACCACCGCCTT
SmilChr03G000826 Chr03 NC_080389.1:9447508-9447526promoter 内 3896-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 9447613-9448063(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTCCCCAACCACCAACAC
SmilChr03G000827 Chr03 NC_080389.1:9459598-9459616promoter 内 3896-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 9459703-9460153(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTCCCCAACCACCAACAC
SmilChr04G001827 Chr04 NC_080390.1:29807200-29807218promoter 内 3162-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 29808039-29808850(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGCTCCAACCACCCCTCC
SmilChr02G000754 Chr02 NC_080388.1:12288097-12288115promoter 内 2609-2627 bp + 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 12283657-12286723(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCAAGGGTGGTTGGGGACT
SmilChr02G002122 Chr02 NC_080388.1:37995799-37995817promoter 内 2273-2291 bp - 1710 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 37997527-38000094(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGTTGGTGGTTGGGGAGC
SmilChr02G004812 Chr02 NC_080388.1:70280199-70280217promoter 内 2199-2217 bp + 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 70282001-70284079(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACTCCCAACCACTTCTGC
SmilChr04G003215 Chr04 NC_080390.1:48986942-48986960promoter 内 1882-1900 bp + 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 48970628-48984841(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTCAGGTGGTTGGGAGGG
SmilChr02G003282 Chr02 NC_080388.1:54136890-54136908promoter 内 1449-1467 bp + 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 54133913-54134356(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGCGGTGGTTGGAGGAG
SmilChr04G003216 Chr04 NC_080390.1:48986942-48986960promoter 内 976-994 bp + 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 48989967-48992451(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCTCCCAACCACCTGAAC
SmilChr03G003179 Chr03 NC_080389.1:49247236-49247254promoter 内 133-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 49251104-49254743(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCATGGTGGTTGGAGCAG
SmilChr03G003180 Chr03 NC_080389.1:49258380-49258398promoter 内 3082-3100 bp + 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 49256691-49257479(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAGAGGTGGTTGGGTTGG
SmilChr05G001565 Chr05 NC_080391.1:14321886-14321904promoter 内 3423-3441 bp - 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 14322464-14325647(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAGAGGTGGTTGGGTTGG
SmilChr02G004289 Chr02 NC_080388.1:65217507-65217525promoter 内 2221-2239 bp + 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 65215359-65215745(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGATCGGTGGTTGGGGGTG
SmilChr01G001623 Chr01 NC_080387.1:30312177-30312195promoter 内 2152-2170 bp + 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 30314026-30315456(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTTCAACCACCACCCT
SmilChr01G001622 Chr01 NC_080387.1:30312177-30312195promoter 内 2111-2129 bp + 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 30308143-30310305(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGTGGTGGTTGAAGAGG
SmilChr01G002670 Chr01 NC_080387.1:44914107-44914125promoter 内 3575-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 44914533-44918072(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGGTGGAG
SmilChr01G001405 Chr01 NC_080387.1:27669836-27669854promoter 内 2212-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 27662126-27668065(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACATCCAACCACCTCAGC
SmilChr02G004288 Chr02 NC_080388.1:65217507-65217525promoter 内 865-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 65213280-65214389(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGATCGGTGGTTGGGGGTG
SmilChr04G001416 Chr04 NC_080390.1:23019963-23019981promoter 内 3912-3930 bp + 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 23020052-23023145(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTTCAACCACCACCCT
SmilChr03G001966 Chr03 NC_080389.1:28245641-28245659promoter 内 3626-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 28246016-28249148(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTTCAACCACCACCCT
SmilChr05G000381 Chr05 NC_080391.1:2870263-2870281promoter 内 2804-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 2871460-2875687(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGCTCCAACCACCTCAAT
SmilChr01G004266 Chr01 NC_080387.1:60917183-60917201promoter 内 2368-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 60918816-60919703(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGAAGGTGGTTGGCGGCG
SmilChr03G001965 Chr03 NC_080389.1:28235759-28235777promoter 内 1665-1683 bp + 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 28238095-28239268(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTTCAACCACCACCCT
SmilChr05G000383 Chr05 NC_080391.1:2892963-2892981promoter 内 1208-1226 bp + 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 2886909-2890188(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCAGCAGTGGTTGGGGGTG
SmilChr01G001138 Chr01 NC_080387.1:23174829-23174847promoter 内 1186-1204 bp - 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 23177644-23181219(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGATGGTGGTTGGGCGCG
SmilChr01G004267 Chr01 NC_080387.1:60917183-60917201promoter 内 1031-1049 bp - 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 60920153-60921247(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGAAGGTGGTTGGCGGCG
SmilChr04G002346 Chr04 NC_080390.1:37843399-37843417promoter 内 772-790 bp - 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 37846628-37847842(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGGTGGTG
SmilChr01G005766 Chr01 NC_080387.1:73745578-73745596promoter 内 167-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 73749412-73754693(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCGCGGTGGTTGGAGCGG
SmilChr03G001997 Chr03 NC_080389.1:29651815-29651833promoter 内 2581-2599 bp + 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 29653235-29657533(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTACCCCAACCACCTTGCA
SmilChr04G001082 Chr04 NC_080390.1:15500774-15500792promoter 内 1340-1358 bp + 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 15497688-15498131(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGCGGTGGTTGGGTGTG
SmilChr01G001402 Chr01 NC_080387.1:27594833-27594851promoter 内 124-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 27589426-27590974(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTCTCAACCACCTCCCT
SmilChr04G003203 Chr04 NC_080390.1:48858519-48858537promoter 内 44-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 48862476-48867047(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGAGGTGGTTGCGGCAG
SmilChr04G000894 Chr04 NC_080390.1:11508958-11508976promoter 内 3847-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 11506315-11508822(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATCCCCAACCACTCCAGC
SmilChr02G002641 Chr02 NC_080388.1:45822624-45822642promoter 内 3104-3122 bp + 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 45823521-45826770(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTCTTCAACCACCACCGC
SmilChr04G001565 Chr04 NC_080390.1:25948611-25948629promoter 内 3020-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 25949592-25950628(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACACCCAACCACCGCCGC
SmilChr05G000034 Chr05 NC_080391.1:158009-158027promoter 内 2238-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 159772-162850(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACTTCAACCACCTACAC
SmilChr01G004752 Chr01 NC_080387.1:65693919-65693937promoter 内 2218-2236 bp - 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 65687230-65692154(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATGCCCAACCACCTCTGA
SmilChr02G002824 Chr02 NC_080388.1:48355580-48355598promoter 内 1408-1426 bp + 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 48351833-48353005(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGGAGTGGTTGGGGATT
SmilChr03G004292 Chr03 NC_080389.1:61328134-61328152promoter 内 1297-1315 bp + 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 61321866-61325448(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGGAGGTGGTTGGCGAAT
SmilChr05G002210 Chr05 NC_080391.1:23568881-23568899promoter 内 1274-1292 bp - 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 23562165-23566172(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTAACTCAACCACCTCCGC
SmilChr05G002219 Chr05 NC_080391.1:23731536-23731554promoter 内 1221-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 23724777-23728774(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTAACTCAACCACCTCCGC
SmilChr05G000032 Chr05 NC_080391.1:158009-158027promoter 内 980-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 154081-155006(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGTAGGTGGTTGAAGTGG
SmilChr01G000965 Chr01 NC_080387.1:20490168-20490186promoter 内 934-952 bp + 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 20483415-20487119(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGGTGGTGGTTGGCGGCG