转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 30 / 130 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001796 Chr05 NC_080391.1:17708300-17708311promoter 内 2437-2448 bp + 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 17709864-17715273(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGGACCACA
SmilChr06G002178 Chr06 NC_080392.1:30008740-30008751promoter 内 2437-2448 bp + 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 30010304-30013297(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGGACCACA
SmilChr02G001212 Chr02 NC_080388.1:22309579-22309590promoter 内 2404-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 22305039-22307993(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGGACCACA
SmilChr02G005220 Chr02 NC_080388.1:73408354-73408365promoter 内 2324-2335 bp - 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 73404859-73406688(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TAGGGGACCACA
SmilChr05G002745 Chr05 NC_080391.1:31615169-31615180promoter 内 2172-2183 bp + 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 31616998-31619627(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGGACCACA
SmilChr08G003714 Chr08 NC_080394.1:41749080-41749091promoter 内 2152-2163 bp - 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 41744575-41747242(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGGACCACA
SmilChr02G002619 Chr02 NC_080388.1:45505684-45505695promoter 内 2144-2155 bp - 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 45500653-45503838(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ACTGGGACCACT
SmilChr07G002118 Chr07 NC_080393.1:19296785-19296796promoter 内 2031-2042 bp + 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 19288000-19294826(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCCCTA
SmilChr07G003620 Chr07 NC_080393.1:42626097-42626108promoter 内 1932-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 42628166-42630882(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGGACCACA
SmilChr05G001573 Chr05 NC_080391.1:14405210-14405221promoter 内 1883-1894 bp - 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 14402231-14403103(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTGGGGACCACG
SmilChr08G002774 Chr08 NC_080394.1:27427273-27427284promoter 内 1880-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 27421487-27425163(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCCCTA
SmilChr05G001575 Chr05 NC_080391.1:14405210-14405221promoter 内 1866-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 14407345-14408772(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CGTGGTCCCCAA
SmilChr02G000747 Chr02 NC_080388.1:12096559-12096570promoter 内 1827-1838 bp + 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 12091753-12094396(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CGTGGTCCCCAA
SmilChr01G006193 Chr01 NC_080387.1:77544994-77545005promoter 内 1755-1766 bp + 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 77540519-77542759(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCCGGT
SmilChr05G004279 Chr05 NC_080391.1:56591261-56591272promoter 内 1726-1737 bp + 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 56593536-56595816(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TCCGGGACCACA
SmilChr04G003759 Chr04 NC_080390.1:53847936-53847947promoter 内 1610-1621 bp + 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 53850327-53853645(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGGACCACA
SmilChr01G004471 Chr01 NC_080387.1:62807315-62807326promoter 内 1451-1462 bp - 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 62801628-62804776(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TAGGGGACCACA
SmilChr05G001817 Chr05 NC_080391.1:18187119-18187130promoter 内 1427-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 18181029-18184556(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TAGGGGACCACA
SmilChr01G002894 Chr01 NC_080387.1:47628029-47628040promoter 内 1354-1365 bp + 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 47624176-47625393(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCCACT
SmilChr02G002579 Chr02 NC_080388.1:44833454-44833465promoter 内 1349-1360 bp - 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 44836106-44838426(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCGTA
SmilChr02G002622 Chr02 NC_080388.1:45522153-45522164promoter 内 1326-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 45524828-45527116(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCGTA
SmilChr05G002638 Chr05 NC_080391.1:29798305-29798316promoter 内 1280-1291 bp + 2710 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 29791790-29795595(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCCCTA
SmilChr06G000992 Chr06 NC_080392.1:9794228-9794239promoter 内 1214-1225 bp - 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 9797015-9799451(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCCCTA
SmilChr07G004023 Chr07 NC_080393.1:51310173-51310184promoter 内 1080-1091 bp + 2910 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 51313094-51315646(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TAGGGGACCACA
SmilChr03G003226 Chr03 NC_080389.1:49935133-49935144promoter 内 999-1010 bp + 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 49938135-49940369(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ACTGGGACCACT
SmilChr02G000572 Chr02 NC_080388.1:8184072-8184083promoter 内 961-972 bp + 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 8088579-8181043(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCCACT
SmilChr01G000185 Chr01 NC_080387.1:3166975-3166986promoter 内 745-756 bp - 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 3170231-3177775(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCCGGT
SmilChr01G001002 Chr01 NC_080387.1:21110411-21110422promoter 内 633-644 bp - 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 21113779-21114130(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCCCTA
SmilChr05G001412 Chr05 NC_080391.1:12749045-12749056promoter 内 618-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 12752428-12753252(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TAGGGGACCACA
SmilChr06G002299 Chr06 NC_080392.1:33213827-33213838promoter 内 612-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 33217216-33218296(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGGACCACA
SmilChr03G002734 Chr03 NC_080389.1:43438215-43438226promoter 内 539-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 43441677-43449727(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CTAGGGACCACC
SmilChr04G001025 Chr04 NC_080390.1:14369596-14369607promoter 内 465-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 14373132-14374220(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGGACCACA
SmilChr03G002079 Chr03 NC_080389.1:31908339-31908350promoter 内 407-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 31911933-31916492(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCCACT
SmilChr04G001443 Chr04 NC_080390.1:23720327-23720338promoter 内 234-245 bp - 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 23724094-23726709(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCCCTA
SmilChr03G001463 Chr03 NC_080389.1:17485429-17485440promoter 内 122-133 bp - 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 17489308-17493704(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCCAGT
SmilChr03G001972 Chr03 NC_080389.1:28412033-28412044promoter 内 79-90 bp + 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 28415955-28416551(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ACTGGGACCACT
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