转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 30 / 162 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000380 Chr05 NC_080391.1:2861279-2861293promoter 内 318-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2864962-2867075(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGTGGCTTTTGGTT
SmilChr08G000337 Chr08 NC_080394.1:2351185-2351199promoter 内 309-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2354877-2357832(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTCAAAAGCCAAAA
SmilChr02G001651 Chr02 NC_080388.1:30620196-30620210promoter 内 230-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 30614571-30616439(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTACGGCTTTTCGAA
SmilChr01G005878 Chr01 NC_080387.1:74728108-74728122promoter 内 127-141 bp - 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 74721717-74724248(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AAATGGCTTTTCAAC
SmilChr02G000357 Chr02 NC_080388.1:4607082-4607096promoter 内 8-22 bp - 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4601080-4603103(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCCGGCTTTTCGGC
SmilChr05G000183 Chr05 NC_080391.1:1463462-1463476promoter 内 2659-2673 bp + 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 1464804-1467531(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGGCTTCTGAGG
SmilChr05G001004 Chr05 NC_080391.1:8217568-8217582promoter 内 1991-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 8209457-8215572(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCCAAAAGCCAGAT
SmilChr02G004518 Chr02 NC_080388.1:67699207-67699221promoter 内 1551-1565 bp + 2436 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 67701657-67703416(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGGCTTCTGAGG
SmilChr07G003035 Chr07 NC_080393.1:31380652-31380666promoter 内 885-899 bp - 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 31376726-31377550(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CAGTGGCTTTTGAGC
SmilChr05G004156 Chr05 NC_080391.1:55490912-55490926promoter 内 403-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 55484032-55487328(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTATGGCTTTTCATG
SmilChr07G000542 Chr07 NC_080393.1:3738749-3738763promoter 内 3736-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 3735971-3738498(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTGAAAAGCCACAA
SmilChr08G002805 Chr08 NC_080394.1:27883212-27883226promoter 内 3247-3261 bp + 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 27883966-27884520(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GAATGCCTTTTCGTG
SmilChr03G001031 Chr03 NC_080389.1:12016762-12016776promoter 内 2885-2899 bp + 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 12013561-12015660(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCTCAAAAGCCACTG
SmilChr05G000195 Chr05 NC_080391.1:1557366-1557380promoter 内 2796-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 1554790-1556175(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGGCGGCTTTTGGTG
SmilChr05G000197 Chr05 NC_080391.1:1557366-1557380promoter 内 2668-2682 bp - 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 1558699-1560187(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACCAAAAGCCGCCA
SmilChr05G000941 Chr05 NC_080391.1:7599707-7599721promoter 内 2038-2052 bp + 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 7591540-7597758(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCCAAAAGCCAGAT
SmilChr01G005741 Chr01 NC_080387.1:73517413-73517427promoter 内 1596-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 73519818-73521001(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGTTGGCTTTTGAAA
SmilChr02G003784 Chr02 NC_080388.1:59515863-59515877promoter 内 1441-1455 bp - 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 59511130-59513317(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACATGGCTTTTTGGG
SmilChr03G000731 Chr03 NC_080389.1:8219748-8219762promoter 内 1323-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 8215976-8217084(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGTCTTTTCGAA
SmilChr05G000028 Chr05 NC_080391.1:138053-138067promoter 内 912-926 bp + 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 141142-141837(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGGCGGCTTTTGGTG
SmilChr02G004280 Chr02 NC_080388.1:64994686-64994700promoter 内 618-632 bp - 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 64989756-64991317(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CAGTGGCTTTTGAGC
SmilChr03G001030 Chr03 NC_080389.1:12016762-12016776promoter 内 592-606 bp + 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 12012932-12013367(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCTCAAAAGCCACTG
SmilChr01G000289 Chr01 NC_080387.1:5656957-5656971promoter 内 479-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 5660479-5663588(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGACGGCTTTTCGTA
SmilChr03G000987 Chr03 NC_080389.1:11177536-11177550promoter 内 27-41 bp + 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 11181510-11189568(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGGCGACTTTTCGGA
SmilChr02G000835 Chr02 NC_080388.1:14111104-14111118promoter 内 3975-3989 bp - 12 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14111130-14114061(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACCAAAAGCCATGC
SmilChr02G002137 Chr02 NC_080388.1:38473155-38473169promoter 内 3910-3924 bp - 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38473246-38475937(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACCAAAAGCCATGC
SmilChr02G000196 Chr02 NC_080388.1:2454697-2454711promoter 内 3847-3861 bp - 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2454851-2457037(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACCAAAAGCCATGC
SmilChr02G002136 Chr02 NC_080388.1:38463982-38463996promoter 内 3834-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38464149-38466625(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACCAAAAGCCATGC
SmilChr07G003093 Chr07 NC_080393.1:32707109-32707123promoter 内 3834-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 32707276-32709301(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACCAAAAGCCATGC
SmilChr03G001067 Chr03 NC_080389.1:12383931-12383945promoter 内 3813-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 12384119-12390927(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCAGAAAAGCCAACA
SmilChr02G000832 Chr02 NC_080388.1:14093627-14093641promoter 内 3760-3774 bp - 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14093868-14096579(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACCAAAAGCCATGC
SmilChr02G002678 Chr02 NC_080388.1:46349312-46349326promoter 内 3724-3738 bp + 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 46349589-46352170(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATATGCCTTTTCGCT
SmilChr01G004341 Chr01 NC_080387.1:61582318-61582332promoter 内 3612-3626 bp - 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 61582707-61585261(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCGAAAAGACAATT
SmilChr02G001209 Chr02 NC_080388.1:22252817-22252831promoter 内 3560-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 22253258-22253737(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCGCAAAAGCCGTCT
SmilChr04G000831 Chr04 NC_080390.1:10455042-10455056promoter 内 3137-3151 bp - 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 10455906-10456436(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCGAAAAGACAATT
SmilChr02G000805 Chr02 NC_080388.1:13426287-13426301promoter 内 3020-3034 bp - 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 13425214-13425320(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTTTCCAG
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