转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 31 / 134 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004800 Chr01 NC_080387.1:66206617-66206631promoter 内 2118-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 66208500-66209420(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTATCAAC
SmilChr01G003165 Chr01 NC_080387.1:50460670-50460684promoter 内 2085-2099 bp - 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 50455202-50458768(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTGTATAATGATGAT
SmilChr02G004224 Chr02 NC_080388.1:64440100-64440114promoter 内 1610-1624 bp - 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 64442491-64444781(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATATAT
SmilChr03G000691 Chr03 NC_080389.1:7720929-7720943promoter 内 1599-1613 bp - 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 7723331-7725582(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCGTA
SmilChr01G003705 Chr01 NC_080387.1:55413694-55413708promoter 内 1502-1516 bp - 2485 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 55416193-55417162(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTATAATT
SmilChr01G005607 Chr01 NC_080387.1:72607170-72607184promoter 内 1362-1376 bp - 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 72609809-72610787(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATCATC
SmilChr02G005164 Chr02 NC_080388.1:72981402-72981416promoter 内 1163-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 72976107-72978578(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCGTA
SmilChr01G001719 Chr01 NC_080387.1:31660057-31660071promoter 内 1104-1118 bp + 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 31662954-31664288(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATCTAATGATTGT
SmilChr02G005248 Chr02 NC_080388.1:73630350-73630364promoter 内 967-981 bp - 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 73633384-73638666(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTTAA
SmilChr02G001732 Chr02 NC_080388.1:31814307-31814321promoter 内 933-947 bp - 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 31804658-31811253(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATATAATGATGAA
SmilChr03G000686 Chr03 NC_080389.1:7668047-7668061promoter 内 835-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 7671213-7673668(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCGTA
SmilChr02G000890 Chr02 NC_080388.1:15337822-15337836promoter 内 744-758 bp - 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 15331595-15334579(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CATGATAATGATTAA
SmilChr01G000022 Chr01 NC_080387.1:409682-409696promoter 内 668-682 bp + 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 404069-406363(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATCATC
SmilChr01G000098 Chr01 NC_080387.1:1788113-1788127promoter 内 667-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 1791447-1793741(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATCATC
SmilChr02G005069 Chr02 NC_080388.1:72359000-72359014promoter 内 621-635 bp - 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 72355464-72355634(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGGCGTAATGATGAG
SmilChr01G004270 Chr01 NC_080387.1:60950581-60950595promoter 内 234-248 bp + 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 60943716-60946828(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATCAAT
SmilChr01G000396 Chr01 NC_080387.1:8134796-8134810promoter 内 136-150 bp - 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 8138661-8141454(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAGCTCT
SmilChr02G002840 Chr02 NC_080388.1:48521057-48521071promoter 内 3955-3969 bp - 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48515692-48521025(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCTAATAATGATTAT
SmilChr03G002129 Chr03 NC_080389.1:33149787-33149801promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 33143242-33149726(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTAGTATT
SmilChr01G001638 Chr01 NC_080387.1:30417173-30417187promoter 内 3798-3812 bp + 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 30417376-30420460(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTTATAATGATTAA
SmilChr01G004991 Chr01 NC_080387.1:67939608-67939622promoter 内 3774-3788 bp - 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 67939835-67943482(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATGTCC
SmilChr03G001884 Chr03 NC_080389.1:26244554-26244568promoter 内 3680-3694 bp + 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 26243055-26244247(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATCAAA
SmilChr02G001949 Chr02 NC_080388.1:35157224-35157238promoter 内 3580-3594 bp + 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 35157645-35158717(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAAATAATGATGAT
SmilChr01G005672 Chr01 NC_080387.1:72993599-72993613promoter 内 3562-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 72994038-72995363(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATATAT
SmilChr01G005818 Chr01 NC_080387.1:74181563-74181577promoter 内 3553-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 74169886-74181129(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTAGTATT
SmilChr03G002931 Chr03 NC_080389.1:46058244-46058258promoter 内 3380-3394 bp + 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 46058865-46062019(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGATGATGATTAA
SmilChr02G003270 Chr02 NC_080388.1:53960099-53960113promoter 内 3004-3018 bp + 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53948160-53959116(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTATCACT
SmilChr02G001532 Chr02 NC_080388.1:28574169-28574183promoter 内 2964-2978 bp - 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 28571974-28573146(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTGATAATGATTAT
SmilChr02G002047 Chr02 NC_080388.1:36865724-36865738promoter 内 2836-2850 bp - 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 36866889-36867572(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTAGCTTC
SmilChr03G002930 Chr03 NC_080389.1:46058244-46058258promoter 内 2597-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 46053309-46056854(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATCTTT
SmilChr02G003732 Chr02 NC_080388.1:58964638-58964652promoter 内 2340-2354 bp - 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58960737-58962991(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTACTAATGATGAT
SmilChr01G002226 Chr01 NC_080387.1:38733567-38733581promoter 内 2065-2079 bp + 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38725825-38731645(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATCAAT
SmilChr03G000200 Chr03 NC_080389.1:2275878-2275892promoter 内 1911-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2277968-2282418(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTGATAATGATGAT
SmilChr02G003950 Chr02 NC_080388.1:61668535-61668549promoter 内 1670-1684 bp - 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 61670866-61674951(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTATCCAC
SmilChr01G001238 Chr01 NC_080387.1:24790086-24790100promoter 内 1644-1658 bp + 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 24792443-24794315(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CATAATAATGATGAA
SmilChr02G000321 Chr02 NC_080388.1:4035801-4035815promoter 内 1570-1584 bp - 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4038232-4039837(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATATAT
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