转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 33 / 135 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003854 Chr01 NC_080387.1:56816767-56816776promoter 内 3688-3697 bp + 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 56817080-56818981(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr01G000408 Chr01 NC_080387.1:8331625-8331634promoter 内 3685-3694 bp - 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 8329720-8331318(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G002329 Chr02 NC_080388.1:40985497-40985506promoter 内 3635-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 40983990-40985140(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr05G001943 Chr05 NC_080391.1:19794166-19794175promoter 内 3595-3604 bp - 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 19789373-19793769(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr01G001802 Chr01 NC_080387.1:32938581-32938590promoter 内 3568-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 32935842-32938157(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGCG
SmilChr02G001670 Chr02 NC_080388.1:30958701-30958710promoter 内 3561-3570 bp + 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 30959141-30961050(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr01G001497 Chr01 NC_080387.1:28820724-28820733promoter 内 3547-3556 bp + 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 28821178-28822257(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr03G004359 Chr03 NC_080389.1:61833707-61833716promoter 内 3528-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 61834180-61837884(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr03G004217 Chr03 NC_080389.1:60746476-60746485promoter 内 3514-3523 bp - 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 60745839-60745998(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G003803 Chr02 NC_080388.1:59661857-59661866promoter 内 3496-3505 bp - 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 59659322-59661361(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr04G003792 Chr04 NC_080390.1:54092429-54092438promoter 内 3463-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 54089831-54091900(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr04G001249 Chr04 NC_080390.1:19658456-19658465promoter 内 3457-3466 bp - 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 19656504-19657921(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G004086 Chr02 NC_080388.1:63136954-63136963promoter 内 3430-3439 bp - 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 63135536-63136392(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr03G001954 Chr03 NC_080389.1:27925435-27925444promoter 内 3415-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 27926021-27930458(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr01G002905 Chr01 NC_080387.1:47753437-47753446promoter 内 3402-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 47750657-47752847(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCA
SmilChr02G003126 Chr02 NC_080388.1:52291262-52291271promoter 内 3401-3410 bp - 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 52291862-52296540(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCA
SmilChr04G003548 Chr04 NC_080390.1:51824997-51825006promoter 内 3397-3406 bp + 595 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 51825601-51826604(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G002453 Chr02 NC_080388.1:42805789-42805798promoter 内 3378-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 42806412-42807480(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G000648 Chr02 NC_080388.1:9963477-9963486promoter 内 3344-3353 bp + 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 9822583-9962829(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCA
SmilChr02G004413 Chr02 NC_080388.1:66484992-66485001promoter 内 3325-3334 bp + 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 66485668-66486759(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G004071 Chr02 NC_080388.1:62991706-62991715promoter 内 3273-3282 bp + 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 62988008-62990987(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCA
SmilChr01G005820 Chr01 NC_080387.1:74205604-74205613promoter 内 3234-3243 bp + 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 74206371-74206963(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr01G006047 Chr01 NC_080387.1:75970071-75970080promoter 内 3232-3241 bp - 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 75970840-75976116(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGAT
SmilChr04G002773 Chr04 NC_080390.1:43518244-43518253promoter 内 3207-3216 bp - 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 43519038-43526984(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCA
SmilChr04G001508 Chr04 NC_080390.1:24839632-24839641promoter 内 3194-3203 bp + 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 24840439-24845914(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G000005 Chr02 NC_080388.1:40051-40060promoter 内 3188-3197 bp - 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 34537-39247(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G003804 Chr02 NC_080388.1:59662880-59662889promoter 内 3182-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 59663699-59667162(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G001620 Chr02 NC_080388.1:30139454-30139463promoter 内 3167-3176 bp + 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 30140288-30143101(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G004554 Chr02 NC_080388.1:68059560-68059569promoter 内 3161-3170 bp - 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 68055111-68058729(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ATCCACGTGA
SmilChr02G003729 Chr02 NC_080388.1:58924505-58924514promoter 内 3136-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 58925370-58929358(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr03G000535 Chr03 NC_080389.1:5777002-5777011promoter 内 3115-3124 bp - 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 5773432-5776125(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr03G000433 Chr03 NC_080389.1:4686129-4686138promoter 内 3106-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 4687024-4693070(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGAT
SmilChr03G002255 Chr03 NC_080389.1:35495524-35495533promoter 内 3090-3099 bp + 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 35496435-35498673(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G002143 Chr02 NC_080388.1:38551669-38551678promoter 内 3029-3038 bp - 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 38546809-38550706(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G004339 Chr02 NC_080388.1:65637260-65637269promoter 内 2981-2990 bp - 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 65638280-65639667(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCA
SmilChr02G003396 Chr02 NC_080388.1:55084136-55084145promoter 内 2964-2973 bp - 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 55085173-55089489(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGAT
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