转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 33 / 164 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002225 Chr07 NC_080393.1:20473617-20473631promoter 内 79-93 bp - 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 4 20477539-20479968(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTAACGG
SmilChr02G003542 Chr02 NC_080388.1:56584951-56584965promoter 内 3213-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 56585739-56586593(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCACATT
SmilChr03G004318 Chr03 NC_080389.1:61543798-61543812promoter 内 1354-1368 bp + 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 61531805-61541165(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCCACGG
SmilChr04G002800 Chr04 NC_080390.1:43908042-43908056promoter 内 464-478 bp + 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 43911579-43912436(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTGGGTAGGTGGC
SmilChr07G003148 Chr07 NC_080393.1:33383728-33383742promoter 内 3795-3809 bp + 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 33383934-33389391(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCGTTAGTAGGTGGG
SmilChr05G003211 Chr05 NC_080391.1:41163831-41163845promoter 内 3445-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 41164387-41165277(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTGGGTAGGTGAA
SmilChr02G001282 Chr02 NC_080388.1:23647312-23647326promoter 内 2480-2494 bp + 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 23644815-23645805(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCTACTA
SmilChr05G002231 Chr05 NC_080391.1:23892014-23892028promoter 内 2096-2110 bp - 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 23889222-23890123(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAATGGTAGGTGAA
SmilChr05G002283 Chr05 NC_080391.1:24579144-24579158promoter 内 2095-2109 bp + 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 24581050-24585870(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCGAGGTAGGTGAA
SmilChr08G001245 Chr08 NC_080394.1:9914197-9914211promoter 内 1646-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 9916552-9916623(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTTGGTAGTTGGG
SmilChr01G003954 Chr01 NC_080387.1:57918488-57918502promoter 内 1464-1478 bp - 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 57921025-57976435(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCTAATG
SmilChr05G000283 Chr05 NC_080391.1:2194972-2194986promoter 内 1313-1327 bp - 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 2188993-2192298(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAGGTAGGTGTG
SmilChr03G003353 Chr03 NC_080389.1:51856462-51856476promoter 内 1208-1222 bp - 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 51859255-51861492(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCTAATT
SmilChr08G001246 Chr08 NC_080394.1:9914197-9914211promoter 内 1205-1219 bp + 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 9916993-9917064(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTTGGTAGTTGGG
SmilChr05G000099 Chr05 NC_080391.1:613515-613529promoter 内 1064-1078 bp + 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 607207-610592(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCTCCGC
SmilChr02G005544 Chr02 NC_080388.1:75447847-75447861promoter 内 957-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 75441220-75444817(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTTGGTAGGTTGG
SmilChr05G000318 Chr05 NC_080391.1:2379313-2379327promoter 内 956-970 bp + 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 2382358-2385653(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAGGTAGGTGTG
SmilChr03G001093 Chr03 NC_080389.1:12619273-12619287promoter 内 152-166 bp - 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 12623122-12624957(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCCCGCT
SmilChr02G000794 Chr02 NC_080388.1:13111143-13111157promoter 内 3985-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 13111159-13114865(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCCACAC
SmilChr01G004660 Chr01 NC_080387.1:64704194-64704208promoter 内 3970-3984 bp - 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 64704225-64708380(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCAACTACCAAATT
SmilChr02G001175 Chr02 NC_080388.1:21582033-21582047promoter 内 3951-3965 bp + 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 21579250-21581997(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCAGCAA
SmilChr01G004806 Chr01 NC_080387.1:66261794-66261808promoter 内 3891-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 66261904-66264810(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCGCCGT
SmilChr05G000829 Chr05 NC_080391.1:6502774-6502788promoter 内 3806-3820 bp - 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 6496019-6502593(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAATTAGTAGGTGGG
SmilChr02G001712 Chr02 NC_080388.1:31514155-31514169promoter 内 3795-3809 bp - 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 31512651-31513963(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTAGGTAGGTAAG
SmilChr08G001243 Chr08 NC_080394.1:9914197-9914211promoter 内 3770-3784 bp + 217 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 9914428-9914499(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTTGGTAGTTGGG
SmilChr03G000304 Chr03 NC_080389.1:3471535-3471549promoter 内 3625-3639 bp - 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 3466537-3471173(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAATTGGTAGGTGGT
SmilChr08G001813 Chr08 NC_080394.1:15292535-15292549promoter 内 3596-3610 bp - 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 15291077-15292144(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTAAA
SmilChr04G003632 Chr04 NC_080390.1:52830270-52830284promoter 内 3507-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 52826978-52829790(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCACATT
SmilChr06G000483 Chr06 NC_080392.1:3951966-3951980promoter 内 3500-3514 bp + 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 3952467-3954048(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGAGGTAGGTGTA
SmilChr05G002757 Chr05 NC_080391.1:31864833-31864847promoter 内 3493-3507 bp + 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 31865341-31870591(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTAAA
SmilChr03G001056 Chr03 NC_080389.1:12285551-12285565promoter 内 3483-3497 bp - 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 12282066-12285047(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGAGGTAGGTAGA
SmilChr02G004951 Chr02 NC_080388.1:71469234-71469248promoter 内 3435-3449 bp - 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 71469800-71473160(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCTACTA
SmilChr08G001244 Chr08 NC_080394.1:9914197-9914211promoter 内 3313-3327 bp + 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 9914885-9914956(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTTGGTAGTTGGG
SmilChr03G001898 Chr03 NC_080389.1:26524669-26524683promoter 内 3263-3277 bp - 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 26518850-26523945(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTAAA
SmilChr03G002979 Chr03 NC_080389.1:46626622-46626636promoter 内 3172-3186 bp - 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 46624053-46625807(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGGTGGT
SmilChr01G000666 Chr01 NC_080387.1:14818304-14818318promoter 内 3087-3101 bp - 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 14814848-14817404(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGAGGTAGGTAGA
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