转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 34 / 140 下载 TSV

上一页 34 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005278 Chr02 NC_080388.1:73834130-73834144promoter 内 511-525 bp - 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 73837620-73838616(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTGACCTAATTTGT
SmilChr03G001329 Chr03 NC_080389.1:15549819-15549833promoter 内 479-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 15541355-15546311(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAACTTACA
SmilChr02G004786 Chr02 NC_080388.1:70018432-70018446promoter 内 416-430 bp - 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 70022017-70025989(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACTAACA
SmilChr03G003309 Chr03 NC_080389.1:51307622-51307636promoter 内 3921-3935 bp - 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 51307702-51309142(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTAACAAAG
SmilChr01G002930 Chr01 NC_080387.1:48087521-48087535promoter 内 3877-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 48082383-48087411(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATAATTAGGTGTGG
SmilChr01G005427 Chr01 NC_080387.1:71449800-71449814promoter 内 3875-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71448583-71449688(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGTAATTAGGTAGAT
SmilChr02G000110 Chr02 NC_080388.1:1403151-1403165promoter 内 3875-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 1403277-1405878(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTCACCTAACATAC
SmilChr02G001902 Chr02 NC_080388.1:34338063-34338077promoter 内 3864-3878 bp + 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 34338200-34340347(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCAGGTTAGGTGAGT
SmilChr02G004946 Chr02 NC_080388.1:71409713-71409727promoter 内 3853-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71408249-71409579(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCTACCTAATAATT
SmilChr03G003253 Chr03 NC_080389.1:50420186-50420200promoter 内 3702-3716 bp + 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 50409949-50419901(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCCCACCTAAATCCT
SmilChr03G001031 Chr03 NC_080389.1:12016040-12016054promoter 内 3607-3621 bp + 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 12013561-12015660(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACATCCC
SmilChr01G005258 Chr01 NC_080387.1:70074838-70074852promoter 内 3496-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 70075343-70078703(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAATTAGGTAAAT
SmilChr02G000338 Chr02 NC_080388.1:4338239-4338253promoter 内 3468-3482 bp + 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 4338772-4339104(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TATAATTAGGTAGCA
SmilChr01G003225 Chr01 NC_080387.1:51019994-51020008promoter 内 3388-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 51018253-51019395(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACATCCC
SmilChr01G002686 Chr01 NC_080387.1:45068319-45068333promoter 内 3387-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 45068933-45070075(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACATCCC
SmilChr02G004393 Chr02 NC_080388.1:66273998-66274012promoter 内 3385-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 66266627-66273396(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTAATATCC
SmilChr01G002495 Chr01 NC_080387.1:42713226-42713240promoter 内 3150-3164 bp + 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 42711485-42712389(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACATCCC
SmilChr02G002454 Chr02 NC_080388.1:42821403-42821417promoter 内 3134-3148 bp - 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 42822270-42822856(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACATCCC
SmilChr02G001471 Chr02 NC_080388.1:27456778-27456792promoter 内 3089-3103 bp - 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27457690-27459733(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCACACCTAATTCTA
SmilChr02G002370 Chr02 NC_080388.1:41502858-41502872promoter 内 2989-3003 bp + 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41503870-41505828(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAATTAGGTACAC
SmilChr01G002550 Chr01 NC_080387.1:43604717-43604731promoter 内 2966-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 43605752-43610948(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCCACCTAAATTAC
SmilChr01G002956 Chr01 NC_080387.1:48425145-48425159promoter 内 2844-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 48418977-48424002(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTAATTAGGTGGGT
SmilChr02G002450 Chr02 NC_080388.1:42757052-42757066promoter 内 2824-2838 bp + 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 42755311-42755889(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACATCCC
SmilChr01G002202 Chr01 NC_080387.1:38322539-38322553promoter 内 2658-2672 bp + 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 38323882-38326237(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCTGATTAGGTGGCC
SmilChr02G004747 Chr02 NC_080388.1:69681081-69681095promoter 内 2519-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 69674212-69679613(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CACCACCTAATTCTT
SmilChr02G004945 Chr02 NC_080388.1:71409713-71409727promoter 内 2497-2511 bp + 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71402917-71408223(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCTACCTAATAATT
SmilChr03G003626 Chr03 NC_080389.1:54939973-54939987promoter 内 2463-2477 bp + 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 54941511-54945913(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATATATTAGGTGGCA
SmilChr02G003580 Chr02 NC_080388.1:56966160-56966174promoter 内 2297-2311 bp + 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56967864-56969629(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAGATTAGGTGAAT
SmilChr03G003632 Chr03 NC_080389.1:54993079-54993093promoter 内 2258-2272 bp - 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 54994822-54999049(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACATCCC
SmilChr02G003088 Chr02 NC_080388.1:51763246-51763260promoter 内 2233-2247 bp - 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 51760407-51761492(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAGATTAGGTGAGA
SmilChr02G004445 Chr02 NC_080388.1:66807530-66807544promoter 内 2167-2181 bp - 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 66804618-66805710(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGAAATTAGGTGCAG
SmilChr02G005370 Chr02 NC_080388.1:74400075-74400089promoter 内 2118-2132 bp + 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74374767-74398206(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACATCCC
SmilChr02G002188 Chr02 NC_080388.1:39079637-39079651promoter 内 2112-2126 bp + 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 39076725-39077762(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCCCACCTAAATTAA
SmilChr03G000415 Chr03 NC_080389.1:4484335-4484349promoter 内 2097-2111 bp + 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 4477123-4482445(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATCACCTAATTTCA
SmilChr02G004637 Chr02 NC_080388.1:68833017-68833031promoter 内 2022-2036 bp + 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 68830047-68831052(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACCTACCTAATTTAT
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