转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 4 / 164 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000036 Chr01 NC_080387.1:587306-587320promoter 内 424-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 582624-583743(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGAAGGTAGGTGGG
SmilChr08G002087 Chr08 NC_080394.1:18741441-18741455promoter 内 333-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 18745109-18748828(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTGGA
SmilChr07G002295 Chr07 NC_080393.1:21240951-21240965promoter 内 221-235 bp + 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 21244731-21246615(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGAAGGTAGGTGGG
SmilChr01G001508 Chr01 NC_080387.1:28906989-28907003promoter 内 38-52 bp - 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 28910952-28915196(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCTTCAA
SmilChr02G000177 Chr02 NC_080388.1:2262767-2262781promoter 内 5-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 2266763-2270938(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCTTCAA
SmilChr06G000623 Chr06 NC_080392.1:5483489-5483503promoter 内 506-520 bp + 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 6 5475813-5480008(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr07G004232 Chr07 NC_080393.1:54599965-54599979promoter 内 3958-3972 bp + 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 54600008-54601289(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr05G003629 Chr05 NC_080391.1:48636639-48636653promoter 内 3612-3626 bp + 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 48634389-48636264(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr01G001652 Chr01 NC_080387.1:30588176-30588190promoter 内 3180-3194 bp - 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 30584215-30587369(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr04G003945 Chr04 NC_080390.1:55047115-55047129promoter 内 2455-2469 bp - 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 55040290-55045583(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr06G001733 Chr06 NC_080392.1:19972862-19972876promoter 内 2374-2388 bp - 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 19974489-19975753(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr01G005996 Chr01 NC_080387.1:75544998-75545012promoter 内 2053-2067 bp + 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 75546946-75548973(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr03G000406 Chr03 NC_080389.1:4419135-4419149promoter 内 3950-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 4417581-4419098(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr07G000558 Chr07 NC_080393.1:3851801-3851815promoter 内 3578-3592 bp + 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 3846599-3851392(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr07G000560 Chr07 NC_080393.1:3851801-3851815promoter 内 3559-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 3850323-3851373(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr01G004786 Chr01 NC_080387.1:66084462-66084476promoter 内 3516-3530 bp - 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 66084947-66086132(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr07G001115 Chr07 NC_080393.1:8272511-8272525promoter 内 2768-2782 bp - 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 8269897-8271292(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr02G005394 Chr02 NC_080388.1:74542530-74542544promoter 内 1790-1804 bp - 2197 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 74538795-74540333(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr02G000088 Chr02 NC_080388.1:1146385-1146399promoter 内 1742-1756 bp + 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 1143230-1144140(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr02G005396 Chr02 NC_080388.1:74547290-74547304promoter 内 1629-1643 bp - 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 74549662-74551166(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr07G004332 Chr07 NC_080393.1:55892478-55892492promoter 内 1570-1584 bp + 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 55888268-55890061(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr01G003227 Chr01 NC_080387.1:51044068-51044082promoter 内 1175-1189 bp - 2812 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 51039238-51041256(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr07G002962 Chr07 NC_080393.1:30099445-30099459promoter 内 950-964 bp - 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 30102496-30103729(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr07G002961 Chr07 NC_080393.1:30094721-30094735promoter 内 474-488 bp - 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 30089082-30091208(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr05G001129 Chr05 NC_080391.1:9419264-9419278promoter 内 3395-3409 bp - 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 9419870-9426929(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCACAAC
SmilChr08G002241 Chr08 NC_080394.1:20554271-20554285promoter 内 3393-3407 bp + 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 20552907-20553677(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr04G001472 Chr04 NC_080390.1:24155948-24155962promoter 内 3266-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 24156683-24167333(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCTTCTT
SmilChr03G002079 Chr03 NC_080389.1:31910574-31910588promoter 内 2642-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 31911933-31916492(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCACAGA
SmilChr03G003148 Chr03 NC_080389.1:48787930-48787944promoter 内 1629-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 48790302-48791111(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGATGGGTAGGTGGG
SmilChr02G000292 Chr02 NC_080388.1:3701552-3701566promoter 内 1254-1268 bp - 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 3704299-3707126(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCAATCT
SmilChr04G000586 Chr04 NC_080390.1:6515759-6515773promoter 内 3934-3948 bp - 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 6515826-6520158(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCAAAAT
SmilChr04G002498 Chr04 NC_080390.1:39915661-39915675promoter 内 3670-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 39912889-39915344(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr04G002497 Chr04 NC_080390.1:39890534-39890548promoter 内 3669-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 39887759-39890216(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr03G000224 Chr03 NC_080389.1:2625381-2625395promoter 内 3595-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 2625787-2628468(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr02G005514 Chr02 NC_080388.1:75251303-75251317promoter 内 3555-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 75249826-75250871(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr02G001501 Chr02 NC_080388.1:28048859-28048873promoter 内 3519-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 28046154-28048391(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr03G003278 Chr03 NC_080389.1:50778231-50778245promoter 内 2674-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 50776229-50776918(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCTCTAT
SmilChr05G001128 Chr05 NC_080391.1:9419264-9419278promoter 内 2227-2241 bp - 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 9417052-9417504(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTGTGGTAGGTGGA
SmilChr04G002955 Chr04 NC_080390.1:45889593-45889607promoter 内 2038-2052 bp + 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 45876801-45887644(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCCAAC
SmilChr01G004521 Chr01 NC_080387.1:63323195-63323209promoter 内 1801-1815 bp + 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 63319523-63321009(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCCCAG
SmilChr02G004171 Chr02 NC_080388.1:64013856-64013870promoter 内 1639-1653 bp - 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 64004190-64011508(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTGTGGTAGGTGGA
SmilChr01G002396 Chr01 NC_080387.1:41283368-41283382promoter 内 1120-1134 bp - 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 41279579-41280501(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr01G004788 Chr01 NC_080387.1:66104186-66104200promoter 内 780-794 bp + 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 66107407-66110445(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr02G001502 Chr02 NC_080388.1:28048859-28048873promoter 内 144-158 bp + 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 28052716-28053787(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGGC
SmilChr04G002748 Chr04 NC_080390.1:43155188-43155202promoter 内 75-89 bp + 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 43149008-43151276(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr01G004787 Chr01 NC_080387.1:66099513-66099527promoter 内 32-46 bp + 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 66093412-66095558(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCTC
SmilChr08G001580 Chr08 NC_080394.1:13040600-13040614promoter 内 2853-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 13041748-13043942(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAGTGGTAGGTGGA
SmilChr04G004185 Chr04 NC_080390.1:56409253-56409267promoter 内 2178-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 56404228-56407444(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCTCTCC
SmilChr01G001523 Chr01 NC_080387.1:29179942-29179956promoter 内 714-728 bp + 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 29183229-29186252(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGTTGGTAGGTAGG
SmilChr04G002390 Chr04 NC_080390.1:38415980-38415994promoter 内 3936-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 38414320-38415929(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCATTCC