转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 40 / 153 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001119 Chr03 NC_080389.1:12889371-12889380promoter 内 2005-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 12891367-12901719(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr01G002336 Chr01 NC_080387.1:40533368-40533377promoter 内 1985-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 40535384-40537096(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr01G002258 Chr01 NC_080387.1:39376133-39376142promoter 内 1984-1993 bp - 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 39371493-39374125(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr04G002840 Chr04 NC_080390.1:44547914-44547923promoter 内 1972-1981 bp - 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 44543221-44545894(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr05G000207 Chr05 NC_080391.1:1650409-1650418promoter 内 1966-1975 bp - 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1645530-1648383(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr03G003668 Chr03 NC_080389.1:55525390-55525399promoter 内 1929-1938 bp - 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 55520296-55523327(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr04G000269 Chr04 NC_080390.1:2458892-2458901promoter 内 1798-1807 bp - 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 2461095-2498487(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr04G001536 Chr04 NC_080390.1:25281122-25281131promoter 内 1541-1550 bp - 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25283582-25284914(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr01G001296 Chr01 NC_080387.1:25828789-25828798promoter 内 1523-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25825694-25826320(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr04G002615 Chr04 NC_080390.1:41561385-41561394promoter 内 1491-1500 bp + 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 41563895-41568898(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr03G003656 Chr03 NC_080389.1:55404281-55404290promoter 内 1452-1461 bp + 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 55398768-55401741(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr01G005697 Chr01 NC_080387.1:73239268-73239277promoter 内 1391-1400 bp + 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 73241878-73242772(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr02G004730 Chr02 NC_080388.1:69533148-69533157promoter 内 1134-1143 bp + 2858 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69529517-69530290(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr03G002966 Chr03 NC_080389.1:46411613-46411622promoter 内 862-871 bp + 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 46399994-46408483(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr05G001906 Chr05 NC_080391.1:19312765-19312774promoter 内 797-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 19315969-19317486(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr04G001556 Chr04 NC_080390.1:25755103-25755112promoter 内 789-798 bp + 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25758315-25760192(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr05G002273 Chr05 NC_080391.1:24439425-24439434promoter 内 735-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 24434283-24436168(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr03G002722 Chr03 NC_080389.1:43237593-43237602promoter 内 730-739 bp + 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 43231638-43234331(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr04G001173 Chr04 NC_080390.1:17559883-17559892promoter 内 693-702 bp + 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 17545287-17556584(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr04G000943 Chr04 NC_080390.1:12485314-12485323promoter 内 669-678 bp + 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 12488646-12489962(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr04G000076 Chr04 NC_080390.1:698535-698544promoter 内 627-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 701909-703342(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr03G002720 Chr03 NC_080389.1:43215407-43215416promoter 内 512-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 43218896-43220717(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr05G001384 Chr05 NC_080391.1:12404865-12404874promoter 内 502-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 12408364-12409517(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr05G001385 Chr05 NC_080391.1:12414312-12414321promoter 内 502-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 12417811-12418964(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr03G000452 Chr03 NC_080389.1:4839489-4839498promoter 内 488-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 4831555-4835985(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr01G005191 Chr01 NC_080387.1:69609328-69609337promoter 内 468-477 bp - 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69604796-69605804(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr01G005192 Chr01 NC_080387.1:69618640-69618649promoter 内 468-477 bp - 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69614113-69615116(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr01G000196 Chr01 NC_080387.1:3378476-3378485promoter 内 352-361 bp + 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 3382125-3383060(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr02G004242 Chr02 NC_080388.1:64615222-64615231promoter 内 326-335 bp + 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 64618897-64620145(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr02G005241 Chr02 NC_080388.1:73584552-73584561promoter 内 305-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 73577522-73580865(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr02G004729 Chr02 NC_080388.1:69533148-69533157promoter 内 298-307 bp + 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69526894-69529454(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr04G002498 Chr04 NC_080390.1:39919116-39919125promoter 内 220-229 bp - 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 39912889-39915344(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr03G000454 Chr03 NC_080389.1:4839489-4839498promoter 内 128-137 bp + 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 4843362-4844382(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr04G003457 Chr04 NC_080390.1:51062040-51062049promoter 内 126-135 bp + 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 51056587-51058174(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAC
SmilChr05G000725 Chr05 NC_080391.1:5539299-5539308promoter 内 112-121 bp + 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 5543188-5544128(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
SmilChr01G004581 Chr01 NC_080387.1:63860345-63860354promoter 内 66-75 bp - 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 63852750-63856419(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTGTCGGAGT
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SmilChr01G005188 Chr01 NC_080387.1:69588079-69588088promoter 内 2878-2887 bp - 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 69589202-69590147(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GATCCGACAA
SmilChr01G002042 Chr01 NC_080387.1:36096752-36096761promoter 内 1525-1534 bp - 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 36091412-36094285(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGATC
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