转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 41 / 136 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001264 Chr04 NC_080390.1:20064460-20064470promoter 内 544-554 bp + 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 20067917-20070089(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCAGCGCT
SmilChr01G001766 Chr01 NC_080387.1:32485657-32485667promoter 内 506-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 32489152-32500937(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGCC
SmilChr01G005721 Chr01 NC_080387.1:73384997-73385007promoter 内 505-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 73388493-73389101(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGGT
SmilChr02G000354 Chr02 NC_080388.1:4573231-4573241promoter 内 495-505 bp + 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4576737-4577192(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGGT
SmilChr02G004396 Chr02 NC_080388.1:66298150-66298160promoter 内 344-354 bp + 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 66301807-66304825(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCCCAGCGCG
SmilChr06G000312 Chr06 NC_080392.1:2261148-2261158promoter 内 315-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2252940-2257472(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGAG
SmilChr05G000299 Chr05 NC_080391.1:2276578-2276588promoter 内 269-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2280310-2282922(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCGCTGAGTA
SmilChr01G001723 Chr01 NC_080387.1:31778529-31778539promoter 内 253-263 bp + 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 31774114-31774791(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGGCT
SmilChr07G003463 Chr07 NC_080393.1:38700509-38700519promoter 内 227-237 bp - 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 38704283-38711397(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGGCT
SmilChr04G001132 Chr04 NC_080390.1:16632196-16632206promoter 内 218-228 bp - 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 16635979-16638887(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTG
SmilChr01G001866 Chr01 NC_080387.1:33639614-33639624promoter 内 187-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33643428-33644575(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCCCAGCGCG
SmilChr07G001753 Chr07 NC_080393.1:14864534-14864544promoter 内 185-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 14860656-14860728(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTA
SmilChr03G001122 Chr03 NC_080389.1:12915853-12915863promoter 内 165-175 bp - 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 12919689-12925466(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCGCTGAGCA
SmilChr01G000512 Chr01 NC_080387.1:10464919-10464929promoter 内 158-168 bp + 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 10458916-10461086(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTA
SmilChr02G004846 Chr02 NC_080388.1:70600635-70600645promoter 内 151-161 bp + 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 70604485-70608280(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCAGCGCT
SmilChr06G003077 Chr06 NC_080392.1:43665088-43665098promoter 内 137-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 43668952-43670735(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACTCAGCGCC
SmilChr06G003076 Chr06 NC_080392.1:43665088-43665098promoter 内 82-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 43658716-43661179(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTA
SmilChr07G001752 Chr07 NC_080393.1:14864534-14864544promoter 内 62-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 14857333-14860605(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTA
SmilChr07G000403 Chr07 NC_080393.1:2786364-2786374promoter 内 47-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2790318-2795051(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCAGCGCT
SmilChr05G003012 Chr05 NC_080391.1:37448085-37448095promoter 内 11-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 37452075-37453049(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCAGCGCT
SmilChr07G001368 Chr07 NC_080393.1:10607954-10607964promoter 内 2116-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 16 10609839-10612787(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGGCTGAGCG
SmilChr03G001757 Chr03 NC_080389.1:23926082-23926092promoter 内 3342-3352 bp - 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 23926741-23926846(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCG
SmilChr04G000148 Chr04 NC_080390.1:1295157-1295167promoter 内 1906-1916 bp + 2085 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 1297252-1299763(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGCT
SmilChr03G001793 Chr03 NC_080389.1:24486899-24486909promoter 内 3694-3704 bp - 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 24485892-24486602(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCCCC
SmilChr08G003655 Chr08 NC_080394.1:40204256-40204266promoter 内 3406-3416 bp + 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 40189579-40203671(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGGA
SmilChr05G002999 Chr05 NC_080391.1:37081641-37081651promoter 内 3275-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 37082367-37086010(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCAGCGTG
SmilChr03G002160 Chr03 NC_080389.1:33634543-33634553promoter 内 2738-2748 bp - 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 33633218-33633290(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGTCAGCGCC
SmilChr05G002998 Chr05 NC_080391.1:37080639-37080649promoter 内 1685-1695 bp + 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 37077286-37078333(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGTG
SmilChr01G005551 Chr01 NC_080387.1:72347294-72347304promoter 内 1326-1336 bp - 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 72349969-72353145(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGTG
SmilChr04G000632 Chr04 NC_080390.1:7201394-7201404promoter 内 507-517 bp + 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 7195472-7197910(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGGCTGAGCG
SmilChr05G001595 Chr05 NC_080391.1:14663545-14663555promoter 内 3462-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 14662138-14663016(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCCCC
SmilChr06G002353 Chr06 NC_080392.1:34229943-34229953promoter 内 3267-3277 bp - 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 34230677-34230782(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCG
SmilChr06G003164 Chr06 NC_080392.1:44597553-44597563promoter 内 3082-3092 bp - 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 44598472-44602315(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTGCTGAGCG
SmilChr03G002036 Chr03 NC_080389.1:30720128-30720138promoter 内 2834-2844 bp - 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 30721295-30721639(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGGA
SmilChr06G003162 Chr06 NC_080392.1:44597553-44597563promoter 内 2766-2776 bp - 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 44590229-44596328(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCACG
SmilChr01G005278 Chr01 NC_080387.1:70187606-70187616promoter 内 2573-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 70189034-70190936(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGGA
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SmilChr05G003073 Chr05 NC_080391.1:38656779-38656789promoter 内 1619-1629 bp - 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 38659161-38659899(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGCA
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SmilChr03G000250 Chr03 NC_080389.1:2941569-2941579promoter 内 1334-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 2944236-2951268(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGCA
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SmilChr03G000092 Chr03 NC_080389.1:1034627-1034637promoter 内 1089-1099 bp - 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 1029068-1031725(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTTCAGCGCG
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