转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 42 / 142 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G004182 Chr04 NC_080390.1:56398541-56398555promoter 内 1455-1469 bp - 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 56394557-56396009(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCACACA
SmilChr08G003741 Chr08 NC_080394.1:42364349-42364363promoter 内 788-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 42367562-42370656(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCCTACC
SmilChr08G003436 Chr08 NC_080394.1:36667876-36667890promoter 内 770-784 bp - 3217 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 36660710-36664659(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCACACT
SmilChr02G003541 Chr02 NC_080388.1:56583014-56583028promoter 内 183-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 56575517-56579210(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr04G001901 Chr04 NC_080390.1:31057005-31057019promoter 内 3975-3989 bp + 12 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 31057031-31060003(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCCTACC
SmilChr02G002820 Chr02 NC_080388.1:48291753-48291767promoter 内 3973-3987 bp + 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 48291014-48291739(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAAATGGTAGGTGGA
SmilChr03G001174 Chr03 NC_080389.1:13497735-13497749promoter 内 3961-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 13497775-13500713(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCCTACC
SmilChr07G003080 Chr07 NC_080393.1:32440645-32440659promoter 内 3957-3971 bp - 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 32437804-32440615(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCCTACC
SmilChr03G001172 Chr03 NC_080389.1:13477114-13477128promoter 内 3950-3964 bp + 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 13477165-13480092(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCCTACC
SmilChr03G001173 Chr03 NC_080389.1:13487421-13487435promoter 内 3950-3964 bp + 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 13487472-13490429(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCCTACC
SmilChr07G003081 Chr07 NC_080393.1:32450828-32450842promoter 内 3950-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 32447987-32450791(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCCTACC
SmilChr04G000586 Chr04 NC_080390.1:6515759-6515773promoter 内 3934-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 6515826-6520158(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCAAAAT
SmilChr08G002554 Chr08 NC_080394.1:24835638-24835652promoter 内 3883-3897 bp - 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 24832088-24835534(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCACACT
SmilChr01G002758 Chr01 NC_080387.1:45922880-45922894promoter 内 3815-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 45921453-45922708(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCTCTTT
SmilChr02G001246 Chr02 NC_080388.1:22900688-22900702promoter 内 3708-3722 bp + 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 22897350-22900409(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTGTGGTAGGTAAG
SmilChr07G004444 Chr07 NC_080393.1:57079127-57079141promoter 内 3610-3624 bp + 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 57079518-57080087(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCACACT
SmilChr03G004648 Chr03 NC_080389.1:64034974-64034988promoter 内 3557-3571 bp - 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 64023824-64034544(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCGCTAG
SmilChr05G004358 Chr05 NC_080391.1:57160611-57160625promoter 内 3428-3442 bp - 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 57161184-57165169(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTAAA
SmilChr03G002979 Chr03 NC_080389.1:46626622-46626636promoter 内 3172-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 46624053-46625807(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTTTGGTAGGTGGT
SmilChr08G001511 Chr08 NC_080394.1:12251777-12251791promoter 内 3068-3082 bp - 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 12249451-12250858(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCACACT
SmilChr06G000713 Chr06 NC_080392.1:6459438-6459452promoter 内 3031-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 6446400-6458482(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTGTG
SmilChr05G002516 Chr05 NC_080391.1:27922718-27922732promoter 内 2948-2962 bp + 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 27919821-27921679(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGAGGTAGGTGTC
SmilChr03G001815 Chr03 NC_080389.1:24820319-24820333promoter 内 2920-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 24821400-24833993(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCTTGGTAGGTGGA
SmilChr08G000367 Chr08 NC_080394.1:2527318-2527332promoter 内 2707-2721 bp - 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 2528612-2530158(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAAATGGTAGGTGGA
SmilChr05G001323 Chr05 NC_080391.1:11358066-11358080promoter 内 2626-2640 bp - 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 11354476-11356705(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCAAACT
SmilChr04G002686 Chr04 NC_080390.1:42293101-42293115promoter 内 2534-2548 bp - 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 42294568-42297970(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAGTGGTAGTTAGG
SmilChr04G002003 Chr04 NC_080390.1:32436368-32436382promoter 内 2470-2484 bp - 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 32431662-32434851(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACAACAACCACCAA
SmilChr02G005329 Chr02 NC_080388.1:74144787-74144801promoter 内 2448-2462 bp - 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 74141865-74143248(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCACACT
SmilChr02G000525 Chr02 NC_080388.1:7228314-7228328promoter 内 2258-2272 bp + 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 7225756-7226585(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGGTGGTGGTTGTG
SmilChr01G001918 Chr01 NC_080387.1:34325263-34325277promoter 内 2183-2197 bp - 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 34317381-34323459(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCGATTA
SmilChr01G001874 Chr01 NC_080387.1:33768493-33768507promoter 内 2054-2068 bp - 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 33760644-33766560(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCGATTA
SmilChr08G000706 Chr08 NC_080394.1:5373216-5373230promoter 内 2018-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 5241235-5371247(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCGTGGTAGGTAGA
SmilChr01G006170 Chr01 NC_080387.1:77210971-77210985promoter 内 1970-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 77205882-77208954(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTGTG
SmilChr07G001316 Chr07 NC_080393.1:10121941-10121955promoter 内 1948-1962 bp - 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 10118784-10119902(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCATACT
SmilChr03G000917 Chr03 NC_080389.1:10480468-10480482promoter 内 1947-1961 bp - 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 10482522-10483574(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCTTGGTAGGTGGA
SmilChr07G002904 Chr07 NC_080393.1:29459295-29459309promoter 内 1816-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 29461480-29466946(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCAACTACCACTAC
SmilChr03G002707 Chr03 NC_080389.1:43045613-43045627promoter 内 1795-1809 bp - 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 43042381-43043421(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCTCTTA
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SmilChr03G001497 Chr03 NC_080389.1:18278231-18278245promoter 内 1602-1616 bp + 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 18280630-18288688(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCACACT
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SmilChr04G003132 Chr04 NC_080390.1:47913392-47913406promoter 内 1524-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 47908485-47910929(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCCCTGA
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SmilChr04G002431 Chr04 NC_080390.1:38947987-38948001promoter 内 1409-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 38950579-38954491(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCCCTGC
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