转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 42 / 134 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001629 Chr06 NC_080392.1:18231709-18231723promoter 内 342-356 bp - 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 18218045-18228064(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTCTTGCCGACTTCG
SmilChr01G001508 Chr01 NC_080387.1:28907282-28907296promoter 内 331-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 28910952-28915196(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTAACTC
SmilChr02G000177 Chr02 NC_080388.1:2263060-2263074promoter 内 298-312 bp - 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2266763-2270938(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTAACTC
SmilChr03G002432 Chr03 NC_080389.1:38622523-38622537promoter 内 264-278 bp - 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 38626260-38630452(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTAACTC
SmilChr05G000106 Chr05 NC_080391.1:687201-687215promoter 内 258-272 bp - 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 680867-683472(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAGTTACCGACATCT
SmilChr01G000036 Chr01 NC_080387.1:587599-587613promoter 内 131-145 bp - 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 582624-583743(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAGTTACCGACATCT
SmilChr05G003535 Chr05 NC_080391.1:47214063-47214077promoter 内 91-105 bp - 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47217973-47221756(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTAACTC
SmilChr02G000289 Chr02 NC_080388.1:3681612-3681626promoter 内 60-74 bp - 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 3676633-3677685(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCTCGCCGACAAAA
SmilChr02G000833 Chr02 NC_080388.1:14098166-14098180promoter 内 52-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 14102115-14103030(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTAACTC
SmilChr04G000551 Chr04 NC_080390.1:6153001-6153015promoter 内 5-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6156997-6160663(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTAACTC
SmilChr07G003719 Chr07 NC_080393.1:45005061-45005075promoter 内 2046-2060 bp + 1941 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 45003014-45003120(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCTGATC
SmilChr03G001620 Chr03 NC_080389.1:20737023-20737037promoter 内 2028-2042 bp + 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 20734958-20735064(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCTGATC
SmilChr08G003720 Chr08 NC_080394.1:41853832-41853846promoter 内 1953-1967 bp + 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 41851692-41851798(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCTGATC
SmilChr01G000532 Chr01 NC_080387.1:10852091-10852105promoter 内 269-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 10845553-10848373(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGAGGTCGGCAAGGC
SmilChr07G001482 Chr07 NC_080393.1:11657539-11657553promoter 内 3451-3465 bp + 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 11656157-11657003(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCGAGAA
SmilChr02G003688 Chr02 NC_080388.1:58281385-58281399promoter 内 3549-3563 bp - 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 58274625-58280947(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAGCAGCCGACATTG
SmilChr06G002236 Chr06 NC_080392.1:31634915-31634929promoter 内 3380-3394 bp + 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 31633406-31634308(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCGAGAA
SmilChr03G001029 Chr03 NC_080389.1:12010690-12010704promoter 内 3033-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 12008590-12009736(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATCACCGACATAA
SmilChr07G004579 Chr07 NC_080393.1:58570082-58570096promoter 内 2938-2952 bp + 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 58571145-58571516(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGACCGACATCA
SmilChr07G004637 Chr07 NC_080393.1:59231760-59231774promoter 内 2706-2720 bp + 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 59228857-59230479(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTTGTCGGCGAACA
SmilChr06G000661 Chr06 NC_080392.1:5813998-5814012promoter 内 2535-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 5807197-5812546(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTGCACCGACATGA
SmilChr06G002549 Chr06 NC_080392.1:36598314-36598328promoter 内 2266-2280 bp + 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 36595597-36596593(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCGAGAA
SmilChr08G003772 Chr08 NC_080394.1:43198877-43198891promoter 内 2064-2078 bp + 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 43196848-43196954(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCTGATC
SmilChr01G001144 Chr01 NC_080387.1:23384483-23384497promoter 内 2007-2021 bp + 1980 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 23382398-23382503(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCTGATC
SmilChr01G000145 Chr01 NC_080387.1:2438957-2438971promoter 内 1983-1997 bp + 2004 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 2440975-2446801(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GATCAGCCGACATGG
SmilChr05G002978 Chr05 NC_080391.1:36331238-36331252promoter 内 1870-1884 bp - 2117 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 36325748-36329121(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCTGGCCGACAACA
SmilChr02G003689 Chr02 NC_080388.1:58281385-58281399promoter 内 1617-1631 bp - 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 58283769-58293795(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGCTGCTG
SmilChr01G000562 Chr01 NC_080387.1:11669967-11669981promoter 内 1122-1136 bp - 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 11666755-11667102(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GATCAGCCGACATGG
SmilChr01G000564 Chr01 NC_080387.1:11681553-11681567promoter 内 1065-1079 bp - 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 11677945-11678631(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTCTTGCCGACATTA
SmilChr05G003011 Chr05 NC_080391.1:37341095-37341109promoter 内 869-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 37337077-37337977(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGAGGTCGGCAATGT
SmilChr02G001785 Chr02 NC_080388.1:32625597-32625611promoter 内 675-689 bp + 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 32628923-32634187(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACCTCGCCGACAAAA
SmilChr02G000737 Chr02 NC_080388.1:11952738-11952752promoter 内 638-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 11948946-11949389(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTACGCCGACACAC
SmilChr05G003007 Chr05 NC_080391.1:37320635-37320649promoter 内 305-319 bp + 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 37311763-37316953(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGCAAGAC
SmilChr05G001049 Chr05 NC_080391.1:8696668-8696682promoter 内 203-217 bp + 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 8691529-8692884(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGCGCCAC
SmilChr08G000423 Chr08 NC_080394.1:3013263-3013277promoter 内 3947-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 3013317-3017662(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTGTCGGCAAAGA
SmilChr08G000150 Chr08 NC_080394.1:968777-968791promoter 内 3939-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 968839-970663(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTGTCGGCAAAGA
SmilChr08G000139 Chr08 NC_080394.1:871485-871499promoter 内 3875-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 871611-915094(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTGTCGGCAAAGA
SmilChr03G003532 Chr03 NC_080389.1:53919667-53919681promoter 内 3873-3887 bp + 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 53918860-53919553(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGTAAGTC
SmilChr07G001481 Chr07 NC_080393.1:11652182-11652196promoter 内 3784-3798 bp + 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 11650800-11651979(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCGAGAA
SmilChr08G000422 Chr08 NC_080394.1:3013263-3013277promoter 内 3772-3786 bp - 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 3011809-3013048(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTTGCCGACACCT
SmilChr03G000549 Chr03 NC_080389.1:5951670-5951684promoter 内 3765-3779 bp + 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 5951906-5957114(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGGCGCCGACACGC
SmilChr01G003943 Chr01 NC_080387.1:57764792-57764806promoter 内 3702-3716 bp - 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 57763782-57764507(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACCGTGCCGACGTGG
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SmilChr08G004823 Chr08 NC_080394.1:57507729-57507743promoter 内 3426-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 57501834-57507168(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGAGGTCGGCAGAGA
SmilChr06G002235 Chr06 NC_080392.1:31624237-31624251promoter 内 3380-3394 bp + 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 31622861-31623630(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCGAGAA
SmilChr01G004442 Chr01 NC_080387.1:62541862-62541876promoter 内 3186-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 62542677-62543327(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGCCATCT
SmilChr07G004196 Chr07 NC_080393.1:54008800-54008814promoter 内 3077-3091 bp + 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54009724-54012709(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTTTGCCGACATAT
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SmilChr08G001699 Chr08 NC_080394.1:14206356-14206370promoter 内 2708-2722 bp - 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 14201091-14205077(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTTTACCGACATCT