靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00000866-RA_Salv |
SmilChr04G004136 |
MYB | XP_057806072.1 |
MP00627 |
TTACCTACCG |
9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 49 / 162 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G001392 |
Chr04 | NC_080390.1:22634831-22634840promoter 内 1902-1911 bp |
+ | 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 22626228-22632741(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr04G004058 |
Chr04 | NC_080390.1:55736275-55736284promoter 内 1893-1902 bp |
- | 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 55731732-55734176(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr01G002504 |
Chr01 | NC_080387.1:42904893-42904902promoter 内 1885-1894 bp |
+ | 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 42907009-42908794(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr06G001312 |
Chr06 | NC_080392.1:13609335-13609344promoter 内 1852-1861 bp |
- | 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 13604881-13607195(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr06G001037 |
Chr06 | NC_080392.1:10276883-10276892promoter 内 1846-1855 bp |
- | 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 10274665-10274737(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr01G002219 |
Chr01 | NC_080387.1:38527673-38527682promoter 内 1845-1854 bp |
- | 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 38529829-38534249(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr01G002761 |
Chr01 | NC_080387.1:46015135-46015144promoter 内 1845-1854 bp |
+ | 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 46007200-46012988(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr02G002589 |
Chr02 | NC_080388.1:45011231-45011240promoter 内 1845-1854 bp |
+ | 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 45004944-45009084(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr06G002059 |
Chr06 | NC_080392.1:27108148-27108157promoter 内 1840-1849 bp |
- | 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 27104848-27105996(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr02G000274 |
Chr02 | NC_080388.1:3526779-3526788promoter 内 1839-1848 bp |
- | 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 3518093-3524626(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr04G000087 |
Chr04 | NC_080390.1:785598-785607promoter 内 1837-1846 bp |
+ | 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 778210-783443(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr03G001392 |
Chr03 | NC_080389.1:16502107-16502116promoter 内 1836-1845 bp |
- | 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 16504272-16507413(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr07G002716 |
Chr07 | NC_080393.1:26616720-26616729promoter 内 1835-1844 bp |
+ | 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 26618886-26619735(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr02G005028 |
Chr02 | NC_080388.1:72017482-72017491promoter 内 1829-1838 bp |
+ | 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 72019654-72023823(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr03G004034 |
Chr03 | NC_080389.1:59331920-59331929promoter 内 1828-1837 bp |
- | 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 59334093-59343941(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr05G001154 |
Chr05 | NC_080391.1:9683741-9683750promoter 内 1828-1837 bp |
+ | 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 9685914-9685998(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr05G002550 |
Chr05 | NC_080391.1:28562782-28562791promoter 内 1825-1834 bp |
- | 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 28556036-28560615(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr02G003261 |
Chr02 | NC_080388.1:53898532-53898541promoter 内 1799-1808 bp |
+ | 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 53900734-53908580(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr07G004616 |
Chr07 | NC_080393.1:58959256-58959265promoter 内 1793-1802 bp |
+ | 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 58961464-58962542(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr06G000110 |
Chr06 | NC_080392.1:780097-780106promoter 内 1782-1791 bp |
+ | 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 773414-777887(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr07G001313 |
Chr07 | NC_080393.1:10111435-10111444promoter 内 1774-1783 bp |
- | 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 10106138-10109217(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr05G001496 |
Chr05 | NC_080391.1:13730765-13730774promoter 内 1771-1780 bp |
- | 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 13732995-13734050(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr05G001892 |
Chr05 | NC_080391.1:19228141-19228150promoter 内 1749-1758 bp |
+ | 2243 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 19230393-19231467(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr08G000294 |
Chr08 | NC_080394.1:2012884-2012893promoter 内 1736-1745 bp |
- | 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 2015149-2019541(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr03G004029 |
Chr03 | NC_080389.1:59305435-59305444promoter 内 1730-1739 bp |
+ | 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 59298837-59303173(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr02G004036 |
Chr02 | NC_080388.1:62656850-62656859promoter 内 1728-1737 bp |
- | 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 62659123-62662197(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr04G004148 |
Chr04 | NC_080390.1:56204891-56204900promoter 内 1704-1713 bp |
- | 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 56207188-56209220(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr02G005367 |
Chr02 | NC_080388.1:74367941-74367950promoter 内 1666-1675 bp |
+ | 2326 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 74359181-74365615(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr06G001003 |
Chr06 | NC_080392.1:9939810-9939819promoter 内 1664-1673 bp |
- | 2328 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 9925384-9937482(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr02G005102 |
Chr02 | NC_080388.1:72565724-72565733promoter 内 1625-1634 bp |
+ | 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 72561030-72563357(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
SmilChr02G003270 |
Chr02 | NC_080388.1:53961485-53961494promoter 内 1623-1632 bp |
- | 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 53948160-53959116(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr06G000527 |
Chr06 | NC_080392.1:4338607-4338616promoter 内 1612-1621 bp |
- | 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 4335056-4336227(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr05G000657 |
Chr05 | NC_080391.1:4947033-4947042promoter 内 1607-1616 bp |
- | 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 4949427-4951871(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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Chr05 | NC_080391.1:28520635-28520644promoter 内 1605-1614 bp |
- | 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 28515688-28518248(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
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Chr04 | NC_080390.1:55258159-55258168promoter 内 1604-1613 bp |
+ | 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 55260556-55264399(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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+ | 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 38506408-38510129(-) |
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+ | 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 57557305-57575394(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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+ | 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 67117740-67120938(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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+ | 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 10372565-10374035(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
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- | 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 42053676-42054011(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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- | 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 38340510-38345024(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
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+ | 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 27187377-27188060(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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- | 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 42298733-42299601(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
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+ | 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 4951831-4953529(-) |
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+ | 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 76012785-76016993(+) |
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+ | 2471 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 4529915-4532337(-) |
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MP00627 |
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SmilChr05G000042 |
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- | 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 202808-205012(+) |
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SmilChr07G000019 |
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+ | 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 87352-88063(+) |
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- | 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 54158917-54164189(-) |
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- | 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 41817754-41820825(-) |
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MP00627 |
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