转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 49 / 162 下载 TSV

上一页 49 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001392 Chr04 NC_080390.1:22634831-22634840promoter 内 1902-1911 bp + 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 22626228-22632741(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr04G004058 Chr04 NC_080390.1:55736275-55736284promoter 内 1893-1902 bp - 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 55731732-55734176(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr01G002504 Chr01 NC_080387.1:42904893-42904902promoter 内 1885-1894 bp + 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 42907009-42908794(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr06G001312 Chr06 NC_080392.1:13609335-13609344promoter 内 1852-1861 bp - 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 13604881-13607195(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr06G001037 Chr06 NC_080392.1:10276883-10276892promoter 内 1846-1855 bp - 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 10274665-10274737(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr01G002219 Chr01 NC_080387.1:38527673-38527682promoter 内 1845-1854 bp - 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 38529829-38534249(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr01G002761 Chr01 NC_080387.1:46015135-46015144promoter 内 1845-1854 bp + 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 46007200-46012988(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr02G002589 Chr02 NC_080388.1:45011231-45011240promoter 内 1845-1854 bp + 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 45004944-45009084(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr06G002059 Chr06 NC_080392.1:27108148-27108157promoter 内 1840-1849 bp - 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27104848-27105996(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr02G000274 Chr02 NC_080388.1:3526779-3526788promoter 内 1839-1848 bp - 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3518093-3524626(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr04G000087 Chr04 NC_080390.1:785598-785607promoter 内 1837-1846 bp + 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 778210-783443(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr03G001392 Chr03 NC_080389.1:16502107-16502116promoter 内 1836-1845 bp - 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 16504272-16507413(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr07G002716 Chr07 NC_080393.1:26616720-26616729promoter 内 1835-1844 bp + 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 26618886-26619735(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr02G005028 Chr02 NC_080388.1:72017482-72017491promoter 内 1829-1838 bp + 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 72019654-72023823(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr03G004034 Chr03 NC_080389.1:59331920-59331929promoter 内 1828-1837 bp - 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 59334093-59343941(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr05G001154 Chr05 NC_080391.1:9683741-9683750promoter 内 1828-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9685914-9685998(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr05G002550 Chr05 NC_080391.1:28562782-28562791promoter 内 1825-1834 bp - 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 28556036-28560615(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr02G003261 Chr02 NC_080388.1:53898532-53898541promoter 内 1799-1808 bp + 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53900734-53908580(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr07G004616 Chr07 NC_080393.1:58959256-58959265promoter 内 1793-1802 bp + 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 58961464-58962542(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr06G000110 Chr06 NC_080392.1:780097-780106promoter 内 1782-1791 bp + 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 773414-777887(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr07G001313 Chr07 NC_080393.1:10111435-10111444promoter 内 1774-1783 bp - 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 10106138-10109217(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr05G001496 Chr05 NC_080391.1:13730765-13730774promoter 内 1771-1780 bp - 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 13732995-13734050(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr05G001892 Chr05 NC_080391.1:19228141-19228150promoter 内 1749-1758 bp + 2243 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 19230393-19231467(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr08G000294 Chr08 NC_080394.1:2012884-2012893promoter 内 1736-1745 bp - 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2015149-2019541(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr03G004029 Chr03 NC_080389.1:59305435-59305444promoter 内 1730-1739 bp + 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 59298837-59303173(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr02G004036 Chr02 NC_080388.1:62656850-62656859promoter 内 1728-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 62659123-62662197(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr04G004148 Chr04 NC_080390.1:56204891-56204900promoter 内 1704-1713 bp - 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56207188-56209220(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr02G005367 Chr02 NC_080388.1:74367941-74367950promoter 内 1666-1675 bp + 2326 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74359181-74365615(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr06G001003 Chr06 NC_080392.1:9939810-9939819promoter 内 1664-1673 bp - 2328 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9925384-9937482(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr02G005102 Chr02 NC_080388.1:72565724-72565733promoter 内 1625-1634 bp + 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 72561030-72563357(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr02G003270 Chr02 NC_080388.1:53961485-53961494promoter 内 1623-1632 bp - 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53948160-53959116(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr06G000527 Chr06 NC_080392.1:4338607-4338616promoter 内 1612-1621 bp - 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 4335056-4336227(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr05G000657 Chr05 NC_080391.1:4947033-4947042promoter 内 1607-1616 bp - 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 4949427-4951871(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
SmilChr05G002547 Chr05 NC_080391.1:28520635-28520644promoter 内 1605-1614 bp - 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 28515688-28518248(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr04G003982 Chr04 NC_080390.1:55258159-55258168promoter 内 1604-1613 bp + 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 55260556-55264399(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCA
SmilChr03G002424 Chr03 NC_080389.1:38512518-38512527promoter 内 1603-1612 bp + 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 38506408-38510129(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTGA
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