转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 49 / 151 下载 TSV

上一页 49 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003531 Chr02 NC_080388.1:56466535-56466547promoter 内 3190-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 56460525-56465736(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCACCTACCTAA
SmilChr03G000084 Chr03 NC_080389.1:975209-975221promoter 内 3134-3146 bp + 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 973231-974354(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTAGTAGGTAGG
SmilChr03G000162 Chr03 NC_080389.1:1784094-1784106promoter 内 3108-3120 bp - 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 1784987-1786606(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTAGTAGGTAGG
SmilChr01G003683 Chr01 NC_080387.1:55225525-55225537promoter 内 3064-3076 bp + 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 55226462-55226658(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCACCTACCTAA
SmilChr01G000185 Chr01 NC_080387.1:3169283-3169295promoter 内 3053-3065 bp - 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 3170231-3177775(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGCGGTAGGTGGT
SmilChr04G002130 Chr04 NC_080390.1:34265469-34265481promoter 内 3020-3032 bp - 969 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 34266450-34267918(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGCGGTAGGTGAT
SmilChr03G000258 Chr03 NC_080389.1:3018357-3018369promoter 内 2953-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 3019405-3042594(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCGCT
SmilChr04G003343 Chr04 NC_080390.1:50092032-50092044promoter 内 2946-2958 bp - 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 50090916-50090989(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAACTGC
SmilChr04G003792 Chr04 NC_080390.1:54092979-54092991promoter 内 2910-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 54089831-54091900(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGGGTAGGTGTG
SmilChr02G005493 Chr02 NC_080388.1:75087651-75087663promoter 内 2717-2729 bp + 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 75088935-75096699(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCACCTACCTAA
SmilChr04G002999 Chr04 NC_080390.1:46390339-46390351promoter 内 2585-2597 bp - 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 46391755-46400449(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATGGTAGGTTAG
SmilChr02G005280 Chr02 NC_080388.1:73844402-73844414promoter 内 2584-2596 bp - 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 73845819-73847714(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGTGGTAGGTGGT
SmilChr03G000091 Chr03 NC_080389.1:1030637-1030649promoter 内 2579-2591 bp + 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 1027224-1029227(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTAGTAGGTAGG
SmilChr02G005258 Chr02 NC_080388.1:73675437-73675449promoter 内 2575-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 73676863-73676958(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCGTT
SmilChr02G005564 Chr02 NC_080388.1:75572699-75572711promoter 内 2505-2517 bp - 1484 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 75564504-75571215(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATATA
SmilChr01G004038 Chr01 NC_080387.1:58801457-58801469promoter 内 2302-2314 bp + 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 58803156-58804120(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACACCTACCTTT
SmilChr02G002912 Chr02 NC_080388.1:49421964-49421976promoter 内 2286-2298 bp + 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 49416026-49420261(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGCGGTAGGTGAT
SmilChr02G001624 Chr02 NC_080388.1:30168231-30168243promoter 内 2281-2293 bp - 1708 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 30169951-30171198(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATGGTAGGTTGG
SmilChr02G004351 Chr02 NC_080388.1:65777778-65777790promoter 内 2212-2224 bp + 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 65764145-65776001(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGCGGTAGGTGGT
SmilChr03G001389 Chr03 NC_080389.1:16469574-16469586promoter 内 2168-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 16471407-16494841(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACACCTACCTTT
SmilChr04G002609 Chr04 NC_080390.1:41498345-41498357promoter 内 2126-2138 bp - 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 41495415-41496482(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACACCTACCTCT
SmilChr05G001921 Chr05 NC_080391.1:19481133-19481145promoter 内 2050-2062 bp - 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 19476355-19479194(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCCCA
SmilChr01G005080 Chr01 NC_080387.1:68668997-68669009promoter 内 1920-1932 bp + 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 68671078-68671149(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCATG
SmilChr04G000571 Chr04 NC_080390.1:6370005-6370017promoter 内 1899-1911 bp - 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 6372107-6373089(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGCGGTAGGTGGT
SmilChr02G005257 Chr02 NC_080388.1:73675437-73675449promoter 内 1884-1896 bp + 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 73671042-73673332(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACGGTAGGTGGT
SmilChr04G000860 Chr04 NC_080390.1:10913488-10913500promoter 内 1819-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 10905330-10911318(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCGTT
SmilChr04G000861 Chr04 NC_080390.1:10913488-10913500promoter 内 1819-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 10911237-10911318(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCGTT
SmilChr04G003249 Chr04 NC_080390.1:49238822-49238834promoter 内 1814-1826 bp - 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 49241009-49241649(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCAGTTAGGTAAC
SmilChr05G000364 Chr05 NC_080391.1:2711775-2711787promoter 内 1733-1745 bp + 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 2707620-2709519(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATATTAGGTAAA
SmilChr03G004270 Chr03 NC_080389.1:61170416-61170428promoter 内 1710-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 61166084-61168137(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAACCTACCTTC
SmilChr03G003053 Chr03 NC_080389.1:47419707-47419719promoter 内 1673-1685 bp + 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 47413081-47417391(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATATTAGGTAAA
SmilChr05G000365 Chr05 NC_080391.1:2711775-2711787promoter 内 1598-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 2714178-2716050(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATATA
SmilChr03G002548 Chr03 NC_080389.1:40658427-40658439promoter 内 1570-1582 bp + 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 40648123-40656008(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAGGTAGGTGTG
SmilChr01G003364 Chr01 NC_080387.1:52390377-52390389promoter 内 1564-1576 bp - 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 52385154-52387952(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATACA
SmilChr05G000619 Chr05 NC_080391.1:4680235-4680247promoter 内 1559-1571 bp + 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 4676178-4677805(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCGGTAGGTAGA
SmilChr03G004320 Chr03 NC_080389.1:61573519-61573531promoter 内 1506-1518 bp - 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 61565931-61571036(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATATA
SmilChr05G000399 Chr05 NC_080391.1:2996777-2996789promoter 内 1498-1510 bp + 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 2999280-3007173(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCGCT
SmilChr03G000675 Chr03 NC_080389.1:7551401-7551413promoter 内 1372-1384 bp + 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 7546223-7548784(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCAGTAGGTAAG
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SmilChr05G000583 Chr05 NC_080391.1:4396555-4396567promoter 内 1057-1069 bp + 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 4399499-4401407(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATATA
SmilChr04G001650 Chr04 NC_080390.1:27468568-27468580promoter 内 790-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 27462225-27465369(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATGATTAGGTAAG
SmilChr02G005492 Chr02 NC_080388.1:75087651-75087663promoter 内 616-628 bp + 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 75083585-75084278(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAGGTAGGTGCA
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SmilChr02G001644 Chr02 NC_080388.1:30510684-30510696promoter 内 442-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 30514243-30517005(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATGGTAGGTTGG
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SmilChr02G001625 Chr02 NC_080388.1:30168231-30168243promoter 内 119-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 30172113-30174698(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATGGTAGGTTGG