转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 5 / 161 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003555 Chr05 NC_080391.1:47460670-47460684promoter 内 3597-3611 bp - 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 47456353-47460280(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TATTGTCGGCGGCAG
SmilChr05G003553 Chr05 NC_080391.1:47433964-47433978promoter 内 2559-2573 bp - 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 47435406-47436224(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGCCGCCGACAATA
SmilChr01G001894 Chr01 NC_080387.1:34056644-34056658promoter 内 3682-3696 bp - 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 34056963-34060942(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGTTGCCGACACCG
SmilChr07G003575 Chr07 NC_080393.1:41734592-41734606promoter 内 3612-3626 bp + 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 41734981-41749535(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGCTGTCGGCGGCAG
SmilChr02G003022 Chr02 NC_080388.1:50903864-50903878promoter 内 3300-3314 bp - 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 50904565-50905437(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGTTGCCGACACCG
SmilChr08G000535 Chr08 NC_080394.1:3899226-3899240promoter 内 1567-1581 bp - 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 3896135-3896806(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGCTGTCGGCAAGGG
SmilChr04G004176 Chr04 NC_080390.1:56368735-56368749promoter 内 1122-1136 bp + 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 56362912-56365870(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCTCGCCGACACCG
SmilChr06G003014 Chr06 NC_080392.1:43005887-43005901promoter 内 726-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 43001484-43002626(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGTTGCCGACACCG
SmilChr02G003205 Chr02 NC_080388.1:53181842-53181856promoter 内 1406-1420 bp - 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 53184437-53187017(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGACGCCGACACCG
SmilChr08G000229 Chr08 NC_080394.1:1545868-1545882promoter 内 1173-1187 bp - 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 1538443-1543054(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGTGTCGGCGTCGG
SmilChr08G004686 Chr08 NC_080394.1:56322822-56322836promoter 内 1147-1161 bp + 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 56325676-56330306(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGTGTCGGCGTCGG
SmilChr02G003203 Chr02 NC_080388.1:53181842-53181856promoter 内 849-863 bp - 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 53172772-53178704(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGTGTCGGCGTCGG
SmilChr01G006043 Chr01 NC_080387.1:75955447-75955461promoter 内 3298-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 75956150-75956609(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGCCGCCGACACCG
SmilChr03G000389 Chr03 NC_080389.1:4300420-4300434promoter 内 2103-2117 bp + 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 4297428-4298536(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGACGCCGACACCG
SmilChr02G000242 Chr02 NC_080388.1:3125889-3125903promoter 内 3355-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 3122092-3125257(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTTCGCCGACAGCT
SmilChr07G002150 Chr07 NC_080393.1:19668741-19668755promoter 内 2678-2692 bp - 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 19670064-19670483(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGTCGCCGACAGCG
SmilChr01G002846 Chr01 NC_080387.1:47037034-47037048promoter 内 2591-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 47030507-47035638(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGTGTCGGCAGAAG
SmilChr07G001620 Chr07 NC_080393.1:13598388-13598402promoter 内 1407-1421 bp - 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 13600982-13603404(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGACGCCGACACCG
SmilChr02G005382 Chr02 NC_080388.1:74492396-74492410promoter 内 819-833 bp - 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 74486327-74489228(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCTGTCGGCGGCGC
SmilChr02G001770 Chr02 NC_080388.1:32458151-32458165promoter 内 365-379 bp - 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 32453541-32454529(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGCTGTCGGCGGGGC
SmilChr01G000922 Chr01 NC_080387.1:19555203-19555217promoter 内 3531-3545 bp - 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 19555673-19556946(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCCTGCCGACACGA
SmilChr06G002749 Chr06 NC_080392.1:39999845-39999859promoter 内 3432-3446 bp + 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 39997884-39999290(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTCCGCCGACACAC
SmilChr03G000550 Chr03 NC_080389.1:5958681-5958695promoter 内 3410-3424 bp - 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 5959272-5962864(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTTGCCGACAACT
SmilChr07G001033 Chr07 NC_080393.1:7546340-7546354promoter 内 2773-2787 bp + 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 7541682-7545126(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACCGCCGACAGCA
SmilChr08G003267 Chr08 NC_080394.1:33687512-33687526promoter 内 2671-2685 bp - 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 33688842-33689931(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTTCGCCGACACAG
SmilChr05G000263 Chr05 NC_080391.1:2009079-2009093promoter 内 2332-2346 bp - 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 2004175-2007424(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTTGTCGGCGGCGA
SmilChr02G002663 Chr02 NC_080388.1:46125550-46125564promoter 内 2212-2226 bp - 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 46127339-46128032(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACCGCCGACACTT
SmilChr04G000317 Chr04 NC_080390.1:2905699-2905713promoter 内 1950-1964 bp + 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 2907750-2910586(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGTGTCGGCGGGAG
SmilChr04G002685 Chr04 NC_080390.1:42292443-42292457promoter 内 1927-1941 bp - 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 42288245-42290383(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGCGGCGT
SmilChr04G002686 Chr04 NC_080390.1:42292443-42292457promoter 内 1876-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 42294568-42297970(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGCCGCCGACAACA
SmilChr02G001117 Chr02 NC_080388.1:20137239-20137253promoter 内 1800-1814 bp - 2187 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 20132853-20135052(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGCTGTCGGCGAAGG
SmilChr05G000265 Chr05 NC_080391.1:2009079-2009093promoter 内 1796-1810 bp - 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 2011284-2013186(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGCCGCCGACAAGG
SmilChr01G001122 Chr01 NC_080387.1:22830532-22830546promoter 内 1607-1621 bp - 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 22832926-22840584(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTTCGCCGACACAG
SmilChr07G002307 Chr07 NC_080393.1:21340668-21340682promoter 内 1515-1529 bp - 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 21333412-21338196(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGCTGTCGGCGGGGC
SmilChr06G001208 Chr06 NC_080392.1:12359315-12359329promoter 内 1168-1182 bp + 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 12362148-12366041(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGTGTCGGCAGCGA
SmilChr02G000284 Chr02 NC_080388.1:3639672-3639686promoter 内 1089-1103 bp - 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 3635326-3636774(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCTGTCGGCGGTGG
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