转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 50 / 121 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002245 Chr04 NC_080390.1:36240050-36240064promoter 内 2018-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 36233631-36238081(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr03G001171 Chr03 NC_080389.1:13468274-13468288promoter 内 1874-1888 bp - 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13464853-13466161(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G002591 Chr02 NC_080388.1:45056897-45056911promoter 内 1721-1735 bp - 2266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45059177-45060382(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr05G000411 Chr05 NC_080391.1:3116791-3116805promoter 内 1716-1730 bp + 2271 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3119076-3121405(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTATAGATCTGGT
SmilChr04G003769 Chr04 NC_080390.1:53912598-53912612promoter 内 1621-1635 bp - 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53908108-53910232(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTGCGGATCTGAA
SmilChr02G000711 Chr02 NC_080388.1:11455379-11455393promoter 内 1608-1622 bp + 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 11457772-11472778(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGATATAGATCTCAG
SmilChr03G004181 Chr03 NC_080389.1:60531966-60531980promoter 内 1507-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 60534460-60538815(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACTCGGGATCTGAT
SmilChr05G001349 Chr05 NC_080391.1:11988166-11988180promoter 内 1363-1377 bp + 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 11980425-11985542(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr04G000165 Chr04 NC_080390.1:1482578-1482592promoter 内 1351-1365 bp - 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1485228-1486956(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGCGG
SmilChr02G000965 Chr02 NC_080388.1:16875920-16875934promoter 内 1307-1321 bp - 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16870304-16873240(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGGTTAGATCTGGA
SmilChr01G000983 Chr01 NC_080387.1:20839189-20839203promoter 内 1235-1249 bp - 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20841955-20843842(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr03G003135 Chr03 NC_080389.1:48600901-48600915promoter 内 1142-1156 bp + 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 48583252-48598056(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCCAAACC
SmilChr02G003311 Chr02 NC_080388.1:54357576-54357590promoter 内 1127-1141 bp + 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54360450-54361312(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G002914 Chr02 NC_080388.1:49447019-49447033promoter 内 1116-1130 bp + 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49449904-49450771(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr01G001893 Chr01 NC_080387.1:34047447-34047461promoter 内 1113-1127 bp + 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34050335-34051200(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr01G000209 Chr01 NC_080387.1:3708365-3708379promoter 内 1109-1123 bp - 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3699722-3705487(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTTCTAGATCTCGT
SmilChr04G003064 Chr04 NC_080390.1:47200880-47200894promoter 内 1078-1092 bp + 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47193063-47197971(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAATTTC
SmilChr02G000536 Chr02 NC_080388.1:7389223-7389237promoter 内 987-1001 bp + 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7392237-7393374(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTGAGATCTGAG
SmilChr01G003675 Chr01 NC_080387.1:55182893-55182907promoter 内 965-979 bp + 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55177429-55179871(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGTCTGA
SmilChr04G001452 Chr04 NC_080390.1:23874109-23874123promoter 内 948-962 bp + 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 23868397-23871070(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr01G002598 Chr01 NC_080387.1:44157430-44157444promoter 内 921-935 bp + 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44146211-44154364(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTAGATCTAATTCT
SmilChr01G004456 Chr01 NC_080387.1:62687998-62688012promoter 内 854-868 bp + 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62681442-62684865(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTAGATCTACATCC
SmilChr03G001344 Chr03 NC_080389.1:15707747-15707761promoter 内 848-862 bp - 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15702998-15704608(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTTCTAGATCTCGT
SmilChr02G003204 Chr02 NC_080388.1:53185700-53185714promoter 内 829-843 bp - 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53180172-53182542(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAATTTAGATCTGCA
SmilChr02G000942 Chr02 NC_080388.1:16441150-16441164promoter 内 802-816 bp + 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16444349-16445508(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr01G003733 Chr01 NC_080387.1:55629131-55629145promoter 内 730-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55618087-55625874(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGAGATCTAGAAGC
SmilChr03G004453 Chr03 NC_080389.1:62645933-62645947promoter 内 698-712 bp + 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62649236-62651273(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATTTAGATCTTGT
SmilChr04G003581 Chr04 NC_080390.1:52218394-52218408promoter 内 654-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 52221741-52225468(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAATTAGATCTCAT
SmilChr01G000238 Chr01 NC_080387.1:4465222-4465236promoter 内 629-643 bp + 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4460922-4461864(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr01G001662 Chr01 NC_080387.1:30721083-30721097promoter 内 585-599 bp + 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30713131-30717681(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr03G001571 Chr03 NC_080389.1:19838546-19838560promoter 内 581-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19841966-19849617(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTAAATTT
SmilChr02G004610 Chr02 NC_080388.1:68599441-68599455promoter 内 576-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68602866-68627040(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATTCTAGATCTCGG
SmilChr02G003588 Chr02 NC_080388.1:57083526-57083540promoter 内 531-545 bp + 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 57086996-57088465(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCTAGATCTATT
SmilChr01G003930 Chr01 NC_080387.1:57584661-57584675promoter 内 478-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 57588184-57590043(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTAGATCTACATCC
SmilChr01G001418 Chr01 NC_080387.1:27771053-27771067promoter 内 471-485 bp + 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 27763875-27767537(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGCGG
SmilChr04G001733 Chr04 NC_080390.1:28559702-28559716promoter 内 462-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28563241-28566927(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTAATAGATCTGAG
SmilChr03G002026 Chr03 NC_080389.1:30381368-30381382promoter 内 421-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30376592-30377802(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCAACCA
SmilChr01G001206 Chr01 NC_080387.1:24277594-24277608promoter 内 415-429 bp + 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24281180-24282600(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAAGGCAGATCTGAG
SmilChr04G003363 Chr04 NC_080390.1:50222946-50222960promoter 内 369-383 bp - 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 50212442-50219328(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGTAGATCTAAC
SmilChr02G002812 Chr02 NC_080388.1:48174612-48174626promoter 内 248-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 48178365-48180165(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G001795 Chr02 NC_080388.1:32718219-32718233promoter 内 228-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 32721992-32722846(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr01G004457 Chr01 NC_080387.1:62687998-62688012promoter 内 214-228 bp + 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62691785-62695137(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGTAGATCTAAC
SmilChr04G001185 Chr04 NC_080390.1:18022157-18022171promoter 内 178-192 bp + 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 18025980-18027111(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G000732 Chr02 NC_080388.1:11892927-11892941promoter 内 91-105 bp + 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 11896837-11898215(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTGTCGGATCTGAA
SmilChr04G004160 Chr04 NC_080390.1:56283121-56283135promoter 内 86-100 bp + 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56287036-56288624(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAATTAGATCTCAT
SmilChr02G001520 Chr02 NC_080388.1:28306025-28306039promoter 内 76-90 bp + 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28309950-28310736(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGATGGATCTGAT
SmilChr01G005755 Chr01 NC_080387.1:73649099-73649113promoter 内 73-87 bp - 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 73641169-73645185(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAGGAGATCTGAG
SmilChr03G002464 Chr03 NC_080389.1:39083227-39083241promoter 内 2843-2857 bp + 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 11 39084385-39090529(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTAGGCAGATCTGAT
SmilChr02G000019 Chr02 NC_080388.1:151286-151300promoter 内 2472-2486 bp - 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 7 148845-149771(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGACAGATCTGGT
SmilChr05G001681 Chr05 NC_080391.1:15956479-15956493promoter 内 3395-3409 bp - 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 5 15954049-15955887(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGACAGATCTGGT