转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 55 / 141 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003311 Chr03 NC_080389.1:51363092-51363106promoter 内 259-273 bp - 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 51358897-51359364(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTTTGTCGGTGACTC
SmilChr08G003886 Chr08 NC_080394.1:46081660-46081674promoter 内 217-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 46085444-46088532(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCAGCACCGACGTCG
SmilChr08G003956 Chr08 NC_080394.1:47352524-47352538promoter 内 207-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 47356318-47358920(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCAGCACCGACGTCG
SmilChr06G002153 Chr06 NC_080392.1:29272738-29272752promoter 内 167-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29276572-29279647(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCAGCACCGACGTCG
SmilChr02G001577 Chr02 NC_080388.1:29324351-29324365promoter 内 158-172 bp - 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29328194-29331231(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCAGCACCGACGTCG
SmilChr01G000289 Chr01 NC_080387.1:5656629-5656643promoter 内 151-165 bp - 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 5660479-5663588(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCAGCACCGACGTCG
SmilChr04G001187 Chr04 NC_080390.1:18116968-18116982promoter 内 107-121 bp - 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18120862-18123724(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCAGCACCGACGTCG
SmilChr02G001245 Chr02 NC_080388.1:22860378-22860392promoter 内 106-120 bp + 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22853107-22856497(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTGCACCGACAAGC
SmilChr03G001688 Chr03 NC_080389.1:22349677-22349691promoter 内 96-110 bp + 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22342720-22345786(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCAGCACCGACGTCG
SmilChr04G001921 Chr04 NC_080390.1:31303681-31303695promoter 内 84-98 bp + 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 31294926-31299778(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTCCACCGCCACTA
SmilChr03G001700 Chr03 NC_080389.1:22589649-22589663promoter 内 71-85 bp + 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22582678-22585733(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCAGCACCGACGTCG
SmilChr02G004178 Chr02 NC_080388.1:64076158-64076172promoter 内 60-74 bp - 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 64068322-64072231(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGTGGCGGTGGAGT
SmilChr02G000488 Chr02 NC_080388.1:6687860-6687874promoter 内 57-71 bp - 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 6680556-6683930(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTTGCTG
SmilChr08G000172 Chr08 NC_080394.1:1184612-1184626promoter 内 28-42 bp - 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1178688-1180653(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTCGTCGGTGGACA
SmilChr08G000174 Chr08 NC_080394.1:1184612-1184626promoter 内 21-35 bp - 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1188592-1197568(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTCCACCGACGAAT
SmilChr08G003664 Chr08 NC_080394.1:40449557-40449571promoter 内 2184-2198 bp + 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 40443622-40447754(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCCCACCGACGATT
SmilChr01G000025 Chr01 NC_080387.1:461713-461727promoter 内 394-408 bp - 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 452475-458120(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCCTGTCGGTGATGA
SmilChr06G003099 Chr06 NC_080392.1:43831725-43831739promoter 内 3339-3353 bp - 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 43832387-43842049(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCATCACCGACGGCC
SmilChr06G000407 Chr06 NC_080392.1:3330481-3330495promoter 内 2816-2830 bp - 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 3326864-3329310(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTTGTCGGTGTTGG
SmilChr08G000065 Chr08 NC_080394.1:376337-376351promoter 内 2480-2494 bp - 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 371675-374830(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGGCGGTGGAGA
SmilChr01G001346 Chr01 NC_080387.1:26720164-26720178promoter 内 1855-1869 bp + 2132 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 26722310-26731562(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCGTCGGTGATTC
SmilChr08G002683 Chr08 NC_080394.1:26415658-26415672promoter 内 1466-1480 bp + 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 26410731-26413137(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTATCACCGACATCG
SmilChr08G002142 Chr08 NC_080394.1:19282875-19282889promoter 内 1393-1407 bp - 2594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 19285483-19288502(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TATCCACCGACGGTA
SmilChr06G001216 Chr06 NC_080392.1:12507583-12507597promoter 内 577-591 bp - 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 12511007-12517088(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCGCCG
SmilChr08G000487 Chr08 NC_080394.1:3505539-3505553promoter 内 547-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 3508993-3526670(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGTCGGCGTTGA
SmilChr03G004738 Chr03 NC_080389.1:64499873-64499887promoter 内 3892-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64499982-64503334(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGCTGCGG
SmilChr03G003952 Chr03 NC_080389.1:58575421-58575435promoter 内 3843-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58575579-58580771(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTTCACCGACAGCC
SmilChr01G001652 Chr01 NC_080387.1:30587539-30587553promoter 内 3817-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 30584215-30587369(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGGCGGTGGAGA
SmilChr08G004886 Chr08 NC_080394.1:57927375-57927389promoter 内 3792-3806 bp + 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 57924636-57927180(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAATCACCGACAACA
SmilChr05G002799 Chr05 NC_080391.1:32757630-32757644promoter 内 3712-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32756185-32757355(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGACACCGACGATG
SmilChr05G002800 Chr05 NC_080391.1:32767629-32767643promoter 内 3712-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32766332-32767354(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGACACCGACGATG
SmilChr05G002801 Chr05 NC_080391.1:32777627-32777641promoter 内 3712-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32776330-32777352(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGACACCGACGATG
SmilChr08G004525 Chr08 NC_080394.1:54817500-54817514promoter 内 3564-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54815643-54817077(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAAGCACCGACAACA
SmilChr04G001412 Chr04 NC_080390.1:22984533-22984547promoter 内 3539-3553 bp + 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 22984995-22985894(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGGCGGTGGAAG
SmilChr08G000888 Chr08 NC_080394.1:6582742-6582756promoter 内 3453-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6575257-6582208(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCGACGGTGGAGG
SmilChr08G000042 Chr08 NC_080394.1:279551-279565promoter 内 3451-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 275874-279015(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTTGTCGGTGCTTC
SmilChr04G000543 Chr04 NC_080390.1:6056051-6056065promoter 内 3217-3231 bp + 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6050741-6055281(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCCACCGCCACCA
SmilChr03G004673 Chr03 NC_080389.1:64176990-64177004promoter 内 3157-3171 bp - 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64175484-64176160(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGGCGGTGGAGA
SmilChr05G003063 Chr05 NC_080391.1:38487144-38487158promoter 内 3041-3055 bp + 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 38488104-38489132(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTCGTCGGTGGGAG
SmilChr05G001266 Chr05 NC_080391.1:10786760-10786774promoter 内 3021-3035 bp + 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 10787740-10788501(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGGCGGTGGAGA
SmilChr02G005566 Chr02 NC_080388.1:75575090-75575104promoter 内 2939-2953 bp - 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75576152-75579955(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCGCCG
SmilChr07G001549 Chr07 NC_080393.1:12601396-12601410promoter 内 2880-2894 bp - 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12602517-12609319(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCGCCG
SmilChr06G000949 Chr06 NC_080392.1:9138343-9138357promoter 内 2855-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9136268-9137211(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGGGTCGGTGGAGG
SmilChr07G002904 Chr07 NC_080393.1:29460253-29460267promoter 内 2774-2788 bp + 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 29461480-29466946(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCGTCGGTGAGGG
SmilChr08G001788 Chr08 NC_080394.1:15065913-15065927promoter 内 2727-2741 bp + 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 15067187-15070674(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGCGCCAC
SmilChr08G004270 Chr08 NC_080394.1:52192677-52192691promoter 内 2724-2738 bp + 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 52188118-52191414(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCGCACCGACGTCG
SmilChr08G002355 Chr08 NC_080394.1:22287471-22287485promoter 内 2664-2678 bp + 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 22274477-22286148(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTAGCACCGACAGCT
SmilChr07G002492 Chr07 NC_080393.1:23590891-23590905promoter 内 2617-2631 bp - 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 23592275-23600386(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGACCCCG
SmilChr03G003232 Chr03 NC_080389.1:50131764-50131778promoter 内 2595-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50127451-50130372(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCGCACCGACGTCG
SmilChr01G004525 Chr01 NC_080387.1:63450404-63450418promoter 内 2546-2560 bp + 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 63446682-63448963(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCATCACCGACGAGG