转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 56 / 162 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003840 Chr08 NC_080394.1:44742220-44742238promoter 内 759-777 bp + 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44745462-44748702(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTGCGGCTATCGT
SmilChr02G002305 Chr02 NC_080388.1:40671506-40671524promoter 内 757-775 bp + 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40666821-40668280(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GATGGAACGGCGGTCAACG
SmilChr02G002795 Chr02 NC_080388.1:48033938-48033956promoter 内 706-724 bp + 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48037233-48039898(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTATTTTTAGGCT
SmilChr03G002083 Chr03 NC_080389.1:32044256-32044274promoter 内 677-695 bp - 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 32047580-32052217(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACTGGTCCGTGGTCAACG
SmilChr04G003000 Chr04 NC_080390.1:46407470-46407488promoter 内 651-669 bp + 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 46401567-46404138(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TAAATTATCTTGGTCAACG
SmilChr02G003111 Chr02 NC_080388.1:52089880-52089898promoter 内 641-659 bp + 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52085105-52086538(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGGAAATCAAAAGTCAACA
SmilChr01G003342 Chr01 NC_080387.1:52201451-52201469promoter 内 596-614 bp + 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52204856-52207135(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTTGAATGGCAA
SmilChr08G002465 Chr08 NC_080394.1:23483614-23483632promoter 内 547-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 23477957-23480178(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACTAACTAACGGTCAACG
SmilChr02G000706 Chr02 NC_080388.1:11356108-11356126promoter 内 468-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11351622-11352593(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTAGAACCTTGAT
SmilChr07G000279 Chr07 NC_080393.1:1817570-1817588promoter 内 457-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1806831-1814044(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGGGGCAAAATAGTCAACT
SmilChr08G003139 Chr08 NC_080394.1:31796824-31796842promoter 内 311-329 bp - 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 31800514-31802124(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCAAATGTGTTGGTCAACG
SmilChr02G004436 Chr02 NC_080388.1:66745819-66745837promoter 内 300-318 bp - 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 66749520-66753009(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGAAGCGCACAAGTCAACC
SmilChr02G000689 Chr02 NC_080388.1:10983257-10983275promoter 内 237-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10975909-10979511(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAAATTGTTTCAGTCAACG
SmilChr08G003255 Chr08 NC_080394.1:33522422-33522440promoter 内 195-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33512954-33518634(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTAACTTGTAGG
SmilChr08G000204 Chr08 NC_080394.1:1420133-1420151promoter 内 185-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1392568-1416335(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTGCTACCATAGTCAACA
SmilChr03G004346 Chr03 NC_080389.1:61732819-61732837promoter 内 160-178 bp - 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 61736660-61739767(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGTGGAATGGGGTCAACG
SmilChr07G001090 Chr07 NC_080393.1:8030298-8030316promoter 内 17-35 bp + 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 8023285-8026332(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TATTTCAGGATGGTCAACG
SmilChr01G001013 Chr01 NC_080387.1:21315497-21315515promoter 内 2594-2612 bp + 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 6 21311153-21314108(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGCCAAGGCAGAGTCAACA
SmilChr01G001015 Chr01 NC_080387.1:21315497-21315515promoter 内 388-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 6 21319110-21321772(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTGCCTTGGCA
SmilChr04G003357 Chr04 NC_080390.1:50173844-50173862promoter 内 3891-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 50167766-50173752(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTAGGCGATTTT
SmilChr06G002721 Chr06 NC_080392.1:39298472-39298490promoter 内 1096-1114 bp + 2887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 39301377-39307397(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTGCCTTGGCA
SmilChr01G005252 Chr01 NC_080387.1:70030778-70030796promoter 内 643-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 70034136-70036176(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GATCTGAACATAGTCAACC
SmilChr06G001195 Chr06 NC_080392.1:12233036-12233054promoter 内 582-600 bp - 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 12224448-12229635(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCGATGCTACCG
SmilChr05G004370 Chr05 NC_080391.1:57215696-57215714promoter 内 3847-3865 bp + 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 57213480-57215560(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGAGGGGGTCCGGTCAACG
SmilChr07G003364 Chr07 NC_080393.1:36223670-36223688promoter 内 3698-3716 bp - 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 36223973-36224394(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGCCAAGGCAGAGTCAACA
SmilChr07G002304 Chr07 NC_080393.1:21329069-21329087promoter 内 3682-3700 bp - 301 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 21326660-21328768(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTAGACCAATTCA
SmilChr03G003738 Chr03 NC_080389.1:56397069-56397087promoter 内 3508-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 56389572-56396594(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTCATCAGAAAAGTCAACT
SmilChr07G004321 Chr07 NC_080393.1:55760957-55760975promoter 内 3443-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 55761515-55762519(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGAAGGAGGTCGGTCAACG
SmilChr02G005240 Chr02 NC_080388.1:73576113-73576131promoter 内 3440-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 73572201-73575570(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGACTAAGCATAGTCAACT
SmilChr03G004157 Chr03 NC_080389.1:60343528-60343546promoter 内 3224-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 60344305-60348450(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGCTTGAAAAAGTCAAAG
SmilChr01G001876 Chr01 NC_080387.1:33771694-33771712promoter 内 3141-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 33772554-33773888(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCTTTGGTCAAAGTCAACA
SmilChr01G001920 Chr01 NC_080387.1:34328441-34328459promoter 内 3108-3126 bp - 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 34329334-34330618(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCTTTGGTCAAAGTCAACA
SmilChr01G005296 Chr01 NC_080387.1:70273475-70273493promoter 内 3078-3096 bp - 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 70274398-70275173(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATGCAGCTCGAGGTCAACG
SmilChr05G000063 Chr05 NC_080391.1:304332-304350promoter 内 2610-2628 bp + 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 305723-310058(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTAGTGGTAATT
SmilChr08G000831 Chr08 NC_080394.1:6149745-6149763promoter 内 2521-2539 bp + 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 6144721-6148283(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGCCAAGGCAGAGTCAACA
SmilChr01G003679 Chr01 NC_080387.1:55206374-55206392promoter 内 2393-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 55200909-55204784(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTGCCTTGGCA
SmilChr02G002185 Chr02 NC_080388.1:39064912-39064930promoter 内 2162-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 39059722-39063091(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTAAAAAATCCAGTCAACG
SmilChr08G002702 Chr08 NC_080394.1:26590970-26590988promoter 内 1977-1995 bp - 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 26585988-26588964(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTGCCTTGGCA
SmilChr05G001183 Chr05 NC_080391.1:9922480-9922498promoter 内 1968-1986 bp - 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 9910204-9920465(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTGCCTTGGCA
SmilChr08G003427 Chr08 NC_080394.1:36534354-36534372promoter 内 1740-1758 bp + 2243 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 36524327-36532111(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGATCGACAGAGTCAACA
SmilChr07G001649 Chr07 NC_080393.1:13948205-13948223promoter 内 1725-1743 bp + 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 13950481-13950985(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTTTCTGATGAC
SmilChr02G004091 Chr02 NC_080388.1:63181273-63181291promoter 内 1680-1698 bp - 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 63178134-63178970(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTGTCGATCTT
SmilChr07G002306 Chr07 NC_080393.1:21329069-21329087promoter 内 1373-1391 bp - 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 21331697-21332916(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGAATTGGTCTAGTCAACG
SmilChr01G001517 Chr01 NC_080387.1:29046332-29046350promoter 内 1339-1357 bp + 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 29048994-29051927(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTGTCGATCTT
SmilChr03G001795 Chr03 NC_080389.1:24518032-24518050promoter 内 1275-1293 bp + 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 24512402-24515324(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGATCGACAGAGTCAACA
SmilChr03G002859 Chr03 NC_080389.1:45192578-45192596promoter 内 1266-1284 bp + 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 45195313-45197354(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTGTCGATCTT
SmilChr03G002272 Chr03 NC_080389.1:35863590-35863608promoter 内 1155-1173 bp - 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 35866436-35868613(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGCCAAGGCAGAGTCAACA
SmilChr01G005901 Chr01 NC_080387.1:74905480-74905498promoter 内 1038-1056 bp + 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 74908443-74909244(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTATGACTTCGTC
SmilChr08G001367 Chr08 NC_080394.1:10896722-10896740promoter 内 972-990 bp - 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 10899751-10900731(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATAACTTAATTAGTCAACG
SmilChr06G001149 Chr06 NC_080392.1:11654419-11654437promoter 内 969-987 bp - 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 11650242-11651405(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTCAGTAGTTG