转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 57 / 161 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000419 Chr02 NC_080388.1:5325276-5325289promoter 内 207-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 5319783-5321495(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGGGTTGACTTACT
SmilChr02G001771 Chr02 NC_080388.1:32481139-32481152promoter 内 153-166 bp + 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 32472307-32477304(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCGAAGTCAACCAC
SmilChr07G000772 Chr07 NC_080393.1:5402138-5402151promoter 内 3984-3997 bp - 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 5399005-5402134(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTAGTTGACTTCCT
SmilChr07G004514 Chr07 NC_080393.1:57794092-57794105promoter 内 3897-3910 bp - 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57794196-57796865(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAAAGTCAACCTT
SmilChr07G004532 Chr07 NC_080393.1:57976061-57976074promoter 内 3886-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57976176-57981546(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAAAGTCAACCTT
SmilChr01G002674 Chr01 NC_080387.1:44954740-44954753promoter 内 3646-3659 bp + 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 44955095-44955667(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGGGTTGACTTACT
SmilChr06G002345 Chr06 NC_080392.1:34143491-34143504promoter 内 3642-3655 bp + 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 34143850-34144551(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGGGTTGACTTACT
SmilChr02G003681 Chr02 NC_080388.1:58177499-58177512promoter 内 3478-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 58178022-58180943(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAGTTGACTTTAA
SmilChr03G002322 Chr03 NC_080389.1:36568994-36569007promoter 内 3464-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 36565637-36568470(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGTGTTGACTTTAT
SmilChr05G000347 Chr05 NC_080391.1:2605388-2605401promoter 内 3428-3441 bp - 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2603840-2604828(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GACGTTGACTTGTA
SmilChr02G001658 Chr02 NC_080388.1:30771716-30771729promoter 内 3350-3363 bp - 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 30772367-30780224(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTAAGTCAACGCT
SmilChr02G001636 Chr02 NC_080388.1:30357589-30357602promoter 内 3338-3351 bp - 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 30358252-30362714(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTAAGTCAACGCT
SmilChr05G001563 Chr05 NC_080391.1:14308666-14308679promoter 内 3275-3288 bp + 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14304820-14307953(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAACAAC
SmilChr04G002910 Chr04 NC_080390.1:45343147-45343160promoter 内 3238-3251 bp - 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45343910-45345435(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAAGGT
SmilChr03G002634 Chr03 NC_080389.1:41862078-41862091promoter 内 3219-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41862860-41866517(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTGTTGACTTTGA
SmilChr05G003147 Chr05 NC_080391.1:40224146-40224159promoter 内 3164-3177 bp - 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40224983-40225652(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTAAGTCAACCCC
SmilChr01G001849 Chr01 NC_080387.1:33423197-33423210promoter 内 3120-3133 bp - 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 33424078-33425991(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAAGGT
SmilChr02G004858 Chr02 NC_080388.1:70721465-70721478promoter 内 3078-3091 bp - 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70719282-70720555(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTTGTTGACTTTAG
SmilChr04G000547 Chr04 NC_080390.1:6084873-6084886promoter 内 3040-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 6085834-6087763(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAGTTGACTTTAA
SmilChr03G002633 Chr03 NC_080389.1:41862078-41862091promoter 内 2922-2935 bp + 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41857372-41861012(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAACAAT
SmilChr03G002300 Chr03 NC_080389.1:36217370-36217383promoter 内 2901-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 36218470-36218878(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGAAGTCAACCAT
SmilChr04G002911 Chr04 NC_080390.1:45343147-45343160promoter 内 2862-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45344286-45344390(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAAGGT
SmilChr07G000372 Chr07 NC_080393.1:2529776-2529789promoter 内 2784-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2530993-2534845(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTTCTG
SmilChr04G002951 Chr04 NC_080390.1:45843010-45843023promoter 内 2598-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45840095-45841620(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCCGTTGACTATCT
SmilChr04G002912 Chr04 NC_080390.1:45343147-45343160promoter 内 2533-2546 bp - 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45344615-45344719(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAAGGT
SmilChr01G000563 Chr01 NC_080387.1:11674287-11674300promoter 内 2303-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11675985-11676980(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAACAAT
SmilChr01G000152 Chr01 NC_080387.1:2587316-2587329promoter 内 2298-2311 bp - 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2589019-2591200(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAAGTG
SmilChr03G001491 Chr03 NC_080389.1:18024561-18024574promoter 内 2269-2282 bp + 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18026293-18027534(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GATGTTGACTTTGA
SmilChr06G001775 Chr06 NC_080392.1:20780995-20781008promoter 内 2233-2246 bp - 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 20782763-20788745(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAACAGG
SmilChr04G002913 Chr04 NC_080390.1:45343147-45343160promoter 内 2227-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45344921-45345025(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAAGGT
SmilChr06G002620 Chr06 NC_080392.1:37718358-37718371promoter 内 2173-2186 bp - 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 37720186-37723973(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATAC
SmilChr04G000771 Chr04 NC_080390.1:9485363-9485376promoter 内 2153-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9478174-9483528(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACGAAGTCAACCGT
SmilChr01G002046 Chr01 NC_080387.1:36220862-36220875promoter 内 2135-2148 bp - 1853 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 36222728-36223768(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTAAGTCAACGTC
SmilChr03G004624 Chr03 NC_080389.1:63915310-63915323promoter 内 2059-2072 bp - 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 63910298-63913381(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTATTTGACTTTTT
SmilChr02G001582 Chr02 NC_080388.1:29546266-29546279promoter 内 2033-2046 bp - 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29534250-29544311(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTATTTGACTTTTT
SmilChr01G000116 Chr01 NC_080387.1:1984236-1984249promoter 内 1991-2004 bp - 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1986246-1987674(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATCG
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SmilChr04G002914 Chr04 NC_080390.1:45343147-45343160promoter 内 1909-1922 bp - 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45345239-45345334(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAAGGT
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SmilChr03G000363 Chr03 NC_080389.1:4074422-4074435promoter 内 1671-1684 bp - 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4076752-4077935(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTAAGTCAACCCC
SmilChr04G002915 Chr04 NC_080390.1:45343147-45343160promoter 内 1612-1625 bp - 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45345536-45345640(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAAGGT
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SmilChr01G002348 Chr01 NC_080387.1:40624797-40624810promoter 内 1389-1402 bp + 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40627409-40632379(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTTCG
SmilChr04G002909 Chr04 NC_080390.1:45343147-45343160promoter 内 1163-1176 bp - 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45339572-45340322(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCTTTGACTTTAT
SmilChr06G002605 Chr06 NC_080392.1:37438781-37438794promoter 内 1096-1109 bp - 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 37431769-37435889(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACGGTTGACTTCGT
SmilChr05G002578 Chr05 NC_080391.1:29002479-29002492promoter 内 929-942 bp - 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29005551-29007083(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGGAAGTCAACTAC
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SmilChr07G004515 Chr07 NC_080393.1:57794092-57794105promoter 内 796-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57797297-57798822(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAAAGTCAACCTT