转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 59 / 153 下载 TSV

上一页 59 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001478 Chr02 NC_080388.1:27644442-27644452promoter 内 1898-1908 bp - 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 27639069-27642349(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGGGTACGGAT
SmilChr04G001608 Chr04 NC_080390.1:26776720-26776730promoter 内 1867-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 26771724-26774596(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TCGGTACGGAG
SmilChr02G004673 Chr02 NC_080388.1:69097887-69097897promoter 内 1858-1868 bp + 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 69091695-69095754(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCCG
SmilChr02G000129 Chr02 NC_080388.1:1752242-1752252promoter 内 1834-1844 bp + 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 1754409-1755279(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGGGTACGGAT
SmilChr03G002015 Chr03 NC_080389.1:30097957-30097967promoter 内 1714-1724 bp - 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 30094670-30095680(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACAGTACGGAT
SmilChr03G002695 Chr03 NC_080389.1:42940526-42940536promoter 内 1709-1719 bp + 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 42936360-42938244(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCCG
SmilChr02G000743 Chr02 NC_080388.1:12020868-12020878promoter 内 1642-1652 bp + 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 12015330-12018519(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCCG
SmilChr03G001781 Chr03 NC_080389.1:24322614-24322624promoter 内 1642-1652 bp + 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 24324973-24327413(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TCGGTACGGAG
SmilChr01G002089 Chr01 NC_080387.1:36886456-36886466promoter 内 1613-1623 bp - 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 36883067-36884078(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGGGTACGGAT
SmilChr01G002466 Chr01 NC_080387.1:42346214-42346224promoter 内 1565-1575 bp - 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 42348650-42358688(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCCG
SmilChr02G002883 Chr02 NC_080388.1:49104261-49104271promoter 内 1549-1559 bp - 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49099623-49101819(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGGGTACGGAT
SmilChr02G004904 Chr02 NC_080388.1:71027266-71027276promoter 内 1542-1552 bp - 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 71029725-71030812(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCCG
SmilChr05G002867 Chr05 NC_080391.1:34275368-34275378promoter 内 1508-1518 bp + 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 34266991-34272885(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACTGT
SmilChr02G003842 Chr02 NC_080388.1:60156482-60156492promoter 内 1413-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 60149380-60153904(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCCG
SmilChr02G000128 Chr02 NC_080388.1:1752242-1752252promoter 内 1408-1418 bp + 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 1745405-1749659(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCCG
SmilChr04G002281 Chr04 NC_080390.1:37048439-37048449promoter 内 1399-1409 bp + 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 37051041-37051886(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGGGTACGGAT
SmilChr01G001623 Chr01 NC_080387.1:30311392-30311402promoter 内 1367-1377 bp - 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 30314026-30315456(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTCCGTACCGA
SmilChr02G005061 Chr02 NC_080388.1:72296701-72296711promoter 内 1343-1353 bp - 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72299359-72307057(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCCG
SmilChr04G003372 Chr04 NC_080390.1:50282064-50282074promoter 内 1280-1290 bp + 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 50284785-50286515(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TCGGTACGGAG
SmilChr05G001212 Chr05 NC_080391.1:10186318-10186328promoter 内 1268-1278 bp + 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 10189051-10202173(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGGGTACGGAT
SmilChr02G004562 Chr02 NC_080388.1:68135478-68135488promoter 内 1207-1217 bp - 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 68129136-68132694(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGGGTACGGAT
SmilChr04G000553 Chr04 NC_080390.1:6178792-6178802promoter 内 1173-1183 bp + 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 6173659-6175974(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCCG
SmilChr04G002964 Chr04 NC_080390.1:46016025-46016035promoter 内 1166-1176 bp - 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 46012125-46013200(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGGGTACGGAT
SmilChr04G001348 Chr04 NC_080390.1:21859809-21859819promoter 内 1164-1174 bp - 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 21862646-21872150(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCCG
SmilChr04G003371 Chr04 NC_080390.1:50282064-50282074promoter 内 1096-1106 bp + 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 50276014-50279169(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTCCGTACCGA
SmilChr05G001403 Chr05 NC_080391.1:12620743-12620753promoter 内 1066-1076 bp - 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 12617129-12617818(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGGGTACGGAT
SmilChr02G002809 Chr02 NC_080388.1:48149235-48149245promoter 内 984-994 bp - 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 48141161-48146228(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CCTGTACGGTG
SmilChr02G005532 Chr02 NC_080388.1:75372998-75373008promoter 内 930-940 bp + 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 75367749-75369937(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGCCGTACATT
SmilChr03G002877 Chr03 NC_080389.1:45446505-45446515promoter 内 918-928 bp + 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 45449588-45451248(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGGGTACGGAT
SmilChr01G004695 Chr01 NC_080387.1:65018400-65018410promoter 内 913-923 bp + 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 65009907-65015322(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACTAT
SmilChr01G002174 Chr01 NC_080387.1:37820803-37820813promoter 内 904-914 bp - 3087 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 37814595-37817716(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGCG
SmilChr03G000181 Chr03 NC_080389.1:1947355-1947365promoter 内 866-876 bp + 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 1938732-1944230(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCTC
SmilChr03G003996 Chr03 NC_080389.1:59000412-59000422promoter 内 843-853 bp + 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 59003570-59004740(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CCTGTACGGCG
SmilChr03G003200 Chr03 NC_080389.1:49537892-49537902promoter 内 818-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49541075-49543951(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCCG
SmilChr03G002047 Chr03 NC_080389.1:30985531-30985541promoter 内 812-822 bp - 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 30988720-30991890(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTCCGTACCGA
SmilChr02G001413 Chr02 NC_080388.1:26758801-26758811promoter 内 811-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 26761991-26762626(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCCG
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