转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 6 / 128 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003969 Chr01 NC_080387.1:58140536-58140547promoter 内 1450-1461 bp + 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 58134832-58137996(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTC
SmilChr01G003476 Chr01 NC_080387.1:53310787-53310798promoter 内 1312-1323 bp + 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 53305459-53308109(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTC
SmilChr01G003410 Chr01 NC_080387.1:52760469-52760480promoter 内 1307-1318 bp + 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 52755441-52757786(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTC
SmilChr01G003477 Chr01 NC_080387.1:53310787-53310798promoter 内 1237-1248 bp + 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 53313551-53320360(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAGCA
SmilChr03G000401 Chr03 NC_080389.1:4388841-4388852promoter 内 1217-1228 bp - 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 4377832-4386068(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAGCA
SmilChr01G000872 Chr01 NC_080387.1:18597983-18597994promoter 内 1155-1166 bp + 2835 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 18594111-18595148(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTC
SmilChr02G005194 Chr02 NC_080388.1:73212053-73212064promoter 内 1104-1115 bp - 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 73208114-73209167(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGAAACAGAGCA
SmilChr01G003785 Chr01 NC_080387.1:56229432-56229443promoter 内 812-823 bp - 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 56224761-56226254(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAGCA
SmilChr02G002774 Chr02 NC_080388.1:47807756-47807767promoter 内 735-746 bp + 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 47811022-47814544(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAGCA
SmilChr02G004679 Chr02 NC_080388.1:69136665-69136676promoter 内 460-471 bp - 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 69130958-69133135(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAGCA
SmilChr02G000860 Chr02 NC_080388.1:14780234-14780245promoter 内 332-343 bp + 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 14764178-14776576(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTCC
SmilChr01G003411 Chr01 NC_080387.1:52760469-52760480promoter 内 323-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 52764147-52770005(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAGCA
SmilChr02G000855 Chr02 NC_080388.1:14573834-14573845promoter 内 316-327 bp + 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 14556984-14570160(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTCC
SmilChr02G005115 Chr02 NC_080388.1:72670741-72670752promoter 内 3142-3153 bp + 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 72666026-72669893(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
SmilChr03G000608 Chr03 NC_080389.1:6718759-6718770promoter 内 1186-1197 bp + 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 6714808-6715955(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTCT
SmilChr02G002847 Chr02 NC_080388.1:48640260-48640271promoter 内 1988-1999 bp - 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 3 48637027-48638258(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCC
SmilChr02G004948 Chr02 NC_080388.1:71412822-71412833promoter 内 1634-1645 bp - 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 3 71415189-71416007(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
SmilChr02G004946 Chr02 NC_080388.1:71412822-71412833promoter 内 747-758 bp - 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 3 71408249-71409579(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCC
SmilChr01G000216 Chr01 NC_080387.1:3783615-3783626promoter 内 3537-3548 bp - 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 3784079-3786946(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
SmilChr02G005112 Chr02 NC_080388.1:72645818-72645829promoter 内 2004-2015 bp + 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 72633139-72643832(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
SmilChr02G004226 Chr02 NC_080388.1:64475876-64475887promoter 内 1512-1523 bp + 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 64478365-64486743(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCC
SmilChr01G003050 Chr01 NC_080387.1:49468218-49468229promoter 内 1308-1319 bp + 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 49460707-49465536(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTCT
SmilChr02G000582 Chr02 NC_080388.1:8379909-8379920promoter 内 1209-1220 bp + 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 8382701-8383882(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCC
SmilChr01G004317 Chr01 NC_080387.1:61355279-61355290promoter 内 454-465 bp - 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 61350831-61351743(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCC
SmilChr01G000207 Chr01 NC_080387.1:3615602-3615613promoter 内 3811-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 3611556-3615423(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
SmilChr01G000703 Chr01 NC_080387.1:15823400-15823411promoter 内 3244-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 15821262-15822654(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
SmilChr01G000705 Chr01 NC_080387.1:15833093-15833104promoter 内 3241-3252 bp + 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 15830954-15832344(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
SmilChr01G000710 Chr01 NC_080387.1:15858229-15858240promoter 内 3000-3011 bp - 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 15859230-15860324(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
SmilChr01G000708 Chr01 NC_080387.1:15848527-15848538promoter 内 2998-3009 bp - 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 15849530-15850611(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
SmilChr02G001316 Chr02 NC_080388.1:24474982-24474993promoter 内 2985-2996 bp + 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 24470867-24473977(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
SmilChr02G001317 Chr02 NC_080388.1:24484369-24484380promoter 内 2820-2831 bp + 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 24482259-24483199(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
SmilChr02G004829 Chr02 NC_080388.1:70392936-70392947promoter 内 2175-2186 bp + 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 70386120-70391121(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
SmilChr03G001752 Chr03 NC_080389.1:23752272-23752283promoter 内 1834-1845 bp - 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 23748316-23750116(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAGCC
SmilChr02G005555 Chr02 NC_080388.1:75516504-75516515promoter 内 1710-1721 bp + 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 75510048-75514224(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTCT
SmilChr01G003775 Chr01 NC_080387.1:56160186-56160197promoter 内 943-954 bp - 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 56154167-56157139(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCC
SmilChr01G006141 Chr01 NC_080387.1:76919183-76919194promoter 内 790-801 bp + 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 76913729-76915983(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTTT
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