转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 60 / 128 下载 TSV

上一页 60 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004607 Chr02 NC_080388.1:68566526-68566540promoter 内 867-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 68569660-68579495(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTTCTCCACCGCCG
SmilChr03G004245 Chr03 NC_080389.1:60963232-60963246promoter 内 808-822 bp - 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 60957313-60960053(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGAGGCCACCGCCG
SmilChr05G001993 Chr05 NC_080391.1:20642395-20642409promoter 内 802-816 bp - 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 20645594-20645700(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGATC
SmilChr06G000251 Chr06 NC_080392.1:1665987-1666001promoter 内 710-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 1669278-1671240(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGAGGAGG
SmilChr02G001843 Chr02 NC_080388.1:33647452-33647466promoter 内 558-572 bp + 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 33641703-33644023(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGGAGA
SmilChr02G001571 Chr02 NC_080388.1:29128827-29128841promoter 内 555-569 bp + 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 29132273-29135783(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr06G001144 Chr06 NC_080392.1:11532771-11532785promoter 内 518-532 bp + 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 11536254-11547518(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GATCCGCCACCGCCT
SmilChr01G004920 Chr01 NC_080387.1:67281125-67281139promoter 内 499-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 67284627-67289060(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr02G003468 Chr02 NC_080388.1:55979551-55979565promoter 内 456-470 bp - 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 55983096-55985779(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGATC
SmilChr07G001729 Chr07 NC_080393.1:14722149-14722163promoter 内 452-466 bp + 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 14718117-14718614(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGATGGTGG
SmilChr02G002876 Chr02 NC_080388.1:49005021-49005035promoter 内 181-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 49008841-49014202(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCTCCACCGCTT
SmilChr01G001897 Chr01 NC_080387.1:34089995-34090009promoter 内 107-121 bp - 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 34085428-34086115(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr01G000679 Chr01 NC_080387.1:14998996-14999010promoter 内 3892-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14999105-15003423(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr01G004001 Chr01 NC_080387.1:58410150-58410164promoter 内 3877-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 58410274-58410891(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGCTG
SmilChr04G001188 Chr04 NC_080390.1:18137401-18137415promoter 内 3839-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 18137563-18138114(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr05G000312 Chr05 NC_080391.1:2352493-2352507promoter 内 3802-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2352692-2356102(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr03G003441 Chr03 NC_080389.1:52800287-52800301promoter 内 3642-3656 bp + 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52800646-52801167(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCCC
SmilChr06G001939 Chr06 NC_080392.1:23753721-23753735promoter 内 3508-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23749703-23753242(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCTG
SmilChr02G004505 Chr02 NC_080388.1:67583116-67583130promoter 内 3388-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 67583729-67588518(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCTG
SmilChr01G004131 Chr01 NC_080387.1:59823681-59823695promoter 内 3271-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 59822460-59822965(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCTG
SmilChr03G001866 Chr03 NC_080389.1:25807086-25807100promoter 内 3238-3252 bp + 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25807849-25821464(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGGCACCGCCG
SmilChr03G001920 Chr03 NC_080389.1:26899318-26899332promoter 内 3231-3245 bp + 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26900088-26911122(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGGCACCGCCG
SmilChr02G004302 Chr02 NC_080388.1:65392483-65392497promoter 内 3207-3221 bp + 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 65386812-65391703(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGGAGA
SmilChr07G004602 Chr07 NC_080393.1:58828518-58828532promoter 内 3173-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 58829346-58832996(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAATGCCACCGCCG
SmilChr07G004576 Chr07 NC_080393.1:58541341-58541355promoter 内 3170-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 58542172-58545148(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr08G001085 Chr08 NC_080394.1:8371583-8371597promoter 内 3078-3092 bp - 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 8359871-8370674(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCTT
SmilChr08G003238 Chr08 NC_080394.1:33284688-33284702promoter 内 3027-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33285662-33288256(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr04G002114 Chr04 NC_080390.1:34129682-34129696promoter 内 3004-3018 bp - 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34130679-34133591(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr07G000945 Chr07 NC_080393.1:6737339-6737353promoter 内 2991-3005 bp - 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6733971-6736343(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCGCCACCGCTT
SmilChr04G002921 Chr04 NC_080390.1:45473653-45473667promoter 内 2906-2920 bp - 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45467096-45472572(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTTCTCCACCGCCG
SmilChr01G002381 Chr01 NC_080387.1:41014262-41014276promoter 内 2873-2887 bp + 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41006914-41013148(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGATGGTGG
SmilChr06G001857 Chr06 NC_080392.1:21974994-21975008promoter 内 2856-2870 bp + 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 21976139-21977598(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCCC
SmilChr07G001377 Chr07 NC_080393.1:10685601-10685615promoter 内 2849-2863 bp - 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 10686753-10687763(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr05G001095 Chr05 NC_080391.1:9122809-9122823promoter 内 2846-2860 bp + 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9118392-9121668(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGCGGC
SmilChr03G001528 Chr03 NC_080389.1:19044098-19044112promoter 内 2845-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 19040345-19042956(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCCC
SmilChr01G000003 Chr01 NC_080387.1:81522-81536promoter 内 2794-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 77269-80329(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGAGGAGG
SmilChr01G000126 Chr01 NC_080387.1:2134794-2134808promoter 内 2777-2791 bp - 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2136018-2139017(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGAGGAGG
SmilChr08G003605 Chr08 NC_080394.1:39125277-39125291promoter 内 2768-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39120458-39124058(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCAG
SmilChr01G004616 Chr01 NC_080387.1:64146475-64146489promoter 内 2670-2684 bp - 1317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 64147806-64148291(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGGTGGAGGGGA
SmilChr05G001596 Chr05 NC_080391.1:14667522-14667536promoter 内 2662-2676 bp + 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14668861-14673370(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCTT
SmilChr03G001426 Chr03 NC_080389.1:16902295-16902309promoter 内 2658-2672 bp - 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16900895-16900966(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTACACCGCCA
SmilChr03G003881 Chr03 NC_080389.1:57904135-57904149promoter 内 2595-2609 bp - 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57900534-57902743(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAGCTCCACCGCCT
SmilChr03G001774 Chr03 NC_080389.1:24194312-24194326promoter 内 2569-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24191082-24192894(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCCC
SmilChr02G004075 Chr02 NC_080388.1:63047308-63047322promoter 内 2559-2573 bp + 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63048750-63053190(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCTC
SmilChr02G000014 Chr02 NC_080388.1:115072-115086promoter 内 2537-2551 bp - 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 110968-113622(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GATCCGCCACCGCCT
SmilChr01G003811 Chr01 NC_080387.1:56488797-56488811promoter 内 2520-2534 bp + 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 56485183-56487330(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGCAT
SmilChr02G005149 Chr02 NC_080388.1:72873596-72873610promoter 内 2486-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72875111-72879373(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGCAT
SmilChr06G002469 Chr06 NC_080392.1:35500163-35500177promoter 内 2463-2477 bp - 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35501701-35502813(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGGAGC
SmilChr06G002466 Chr06 NC_080392.1:35492912-35492926promoter 内 2459-2473 bp - 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35494454-35495605(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGGAGC
SmilChr06G001208 Chr06 NC_080392.1:12360604-12360618promoter 内 2457-2471 bp - 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 12362148-12366041(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCGGTGGAGGAGG