转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 60 / 136 下载 TSV

上一页 60 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001361 Chr07 NC_080393.1:10543014-10543024promoter 内 3695-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 10541536-10542718(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCC
SmilChr06G001475 Chr06 NC_080392.1:15654530-15654540promoter 内 3677-3687 bp + 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 15654854-15656528(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCCA
SmilChr02G001159 Chr02 NC_080388.1:21152272-21152282promoter 内 3676-3686 bp - 315 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 21152597-21153340(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGGC
SmilChr08G004313 Chr08 NC_080394.1:52838482-52838492promoter 内 3667-3677 bp + 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 52837330-52838158(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGTGCT
SmilChr01G004541 Chr01 NC_080387.1:63561341-63561351promoter 内 3648-3658 bp + 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 63559863-63560998(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCC
SmilChr02G001836 Chr02 NC_080388.1:33439373-33439383promoter 内 3555-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 33437364-33438937(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACTCAGCGGC
SmilChr06G002482 Chr06 NC_080392.1:35672312-35672322promoter 内 3540-3550 bp + 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 35670378-35671861(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGGC
SmilChr01G001116 Chr01 NC_080387.1:22802285-22802295promoter 内 3525-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 22800547-22801819(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGGC
SmilChr04G002774 Chr04 NC_080390.1:43528825-43528835promoter 内 3525-3535 bp - 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 43529301-43530784(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGGC
SmilChr02G002813 Chr02 NC_080388.1:48181998-48182008promoter 内 3521-3531 bp - 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 48182478-48183750(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGGC
SmilChr06G002978 Chr06 NC_080392.1:42606120-42606130promoter 内 3521-3531 bp - 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 42606600-42607872(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGGC
SmilChr01G000357 Chr01 NC_080387.1:7390281-7390291promoter 内 3515-3525 bp + 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 7389110-7389805(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGGC
SmilChr01G003968 Chr01 NC_080387.1:58135320-58135330promoter 内 3498-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 58132869-58134827(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGACGT
SmilChr04G002319 Chr04 NC_080390.1:37488884-37488894promoter 内 3475-3485 bp + 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 37485007-37488368(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGGC
SmilChr03G000402 Chr03 NC_080389.1:4387013-4387023promoter 内 3409-3419 bp + 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 4385403-4386431(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGTA
SmilChr05G001588 Chr05 NC_080391.1:14580426-14580436promoter 内 3357-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 14579370-14579792(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCC
SmilChr01G001339 Chr01 NC_080387.1:26629824-26629834promoter 内 3348-3358 bp - 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 26626495-26629181(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCAGCGGT
SmilChr02G000509 Chr02 NC_080388.1:7009798-7009808promoter 内 3316-3326 bp - 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 7010483-7028520(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGGC
SmilChr04G002505 Chr04 NC_080390.1:40009059-40009069promoter 内 3309-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 40009751-40009831(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACCC
SmilChr08G004182 Chr08 NC_080394.1:51253960-51253970promoter 内 3289-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 51250727-51253258(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGAG
SmilChr03G003011 Chr03 NC_080389.1:47012225-47012235promoter 内 3280-3290 bp + 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 47012946-47018637(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGTCAGCGCA
SmilChr08G004593 Chr08 NC_080394.1:55503569-55503579promoter 内 3223-3233 bp + 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55500520-55502801(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGTA
SmilChr04G001045 Chr04 NC_080390.1:14873491-14873501promoter 内 3214-3224 bp - 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 14874278-14875512(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGTA
SmilChr08G002022 Chr08 NC_080394.1:17999095-17999105promoter 内 3160-3170 bp - 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 17996475-17998264(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCCA
SmilChr07G002452 Chr07 NC_080393.1:23049529-23049539promoter 内 3149-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 23050381-23051039(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCC
SmilChr07G004156 Chr07 NC_080393.1:53405111-53405121promoter 内 3146-3156 bp - 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 53403196-53404266(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCACAGCGCG
SmilChr06G000989 Chr06 NC_080392.1:9728120-9728130promoter 内 3114-3124 bp + 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 9725270-9727243(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCC
SmilChr08G001514 Chr08 NC_080394.1:12292532-12292542promoter 内 3082-3092 bp + 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 12291054-12291623(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCC
SmilChr03G000401 Chr03 NC_080389.1:4387013-4387023promoter 内 3046-3056 bp + 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 4377832-4386068(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGTA
SmilChr06G000961 Chr06 NC_080392.1:9303784-9303794promoter 内 2989-2999 bp + 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 9300779-9302782(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCC
SmilChr02G004043 Chr02 NC_080388.1:62739990-62740000promoter 内 2953-2963 bp + 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62741038-62747673(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCACAGCGCG
SmilChr07G001632 Chr07 NC_080393.1:13694540-13694550promoter 内 2899-2909 bp + 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13691507-13693448(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGACGT
SmilChr04G002956 Chr04 NC_080390.1:45903074-45903084promoter 内 2810-2820 bp + 1181 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45904265-45908564(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCCA
SmilChr01G001716 Chr01 NC_080387.1:31639380-31639390promoter 内 2807-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 31635137-31638196(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCCA
SmilChr05G003679 Chr05 NC_080391.1:49832158-49832168promoter 内 2658-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 49829780-49830825(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCCA
SmilChr05G001166 Chr05 NC_080391.1:9787184-9787194promoter 内 2629-2639 bp - 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 9788556-9791052(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGGC
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SmilChr02G004495 Chr02 NC_080388.1:67447822-67447832promoter 内 2404-2414 bp + 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 67449419-67455324(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCCA
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SmilChr06G000585 Chr06 NC_080392.1:5030118-5030128promoter 内 2315-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 5026361-5028442(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGTCAGCGCA
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SmilChr03G001681 Chr03 NC_080389.1:22159868-22159878promoter 内 1906-1916 bp - 2085 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 22161963-22169280(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGGGT