转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 61 / 139 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005524 Chr02 NC_080388.1:75321807-75321818promoter 内 616-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 75315098-75318433(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACTTCACGTGGC
SmilChr01G005457 Chr01 NC_080387.1:71606510-71606521promoter 内 577-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 71600162-71603097(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCGACGTCAGGT
SmilChr01G000613 Chr01 NC_080387.1:13549160-13549171promoter 内 555-566 bp - 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 13552606-13552949(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCCCGTCAGCA
SmilChr01G004222 Chr01 NC_080387.1:60587025-60587036promoter 内 518-529 bp + 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60582237-60583553(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGTCCT
SmilChr03G004698 Chr03 NC_080389.1:64302705-64302716promoter 内 442-453 bp - 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 64306264-64307003(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGAAGT
SmilChr02G002193 Chr02 NC_080388.1:39157345-39157356promoter 内 355-366 bp + 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 39152112-39153710(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGTACG
SmilChr04G003196 Chr04 NC_080390.1:48790901-48790912promoter 内 339-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 48794563-48799573(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCTGACGGGGC
SmilChr02G004704 Chr02 NC_080388.1:69346066-69346077promoter 内 336-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 69340759-69342412(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCTACGTCAGCC
SmilChr04G002282 Chr04 NC_080390.1:37063280-37063291promoter 内 289-300 bp - 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 37056328-37059579(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTTTCACGTGGC
SmilChr02G003069 Chr02 NC_080388.1:51551322-51551333promoter 内 256-267 bp + 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 51555067-51558637(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTCTGACGTCGG
SmilChr02G000062 Chr02 NC_080388.1:772594-772605promoter 内 126-137 bp - 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 776469-779675(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGACTT
SmilChr03G003262 Chr03 NC_080389.1:50537771-50537782promoter 内 22-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 50541750-50544835(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGAACACGTGGC
SmilChr04G000493 Chr04 NC_080390.1:5380699-5380710promoter 内 378-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 6 5384322-5389410(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCAC
SmilChr01G005001 Chr01 NC_080387.1:68050612-68050623promoter 内 2292-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 68052321-68052394(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GAGCCACGTGGC
SmilChr03G003194 Chr03 NC_080389.1:49417795-49417806promoter 内 3854-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 49417942-49442263(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCAG
SmilChr04G003307 Chr04 NC_080390.1:49808926-49808937promoter 内 3208-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 49803582-49808144(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTGAGACGTGGC
SmilChr01G002185 Chr01 NC_080387.1:37971703-37971714promoter 内 2398-2409 bp + 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 37965979-37970111(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCGT
SmilChr02G005331 Chr02 NC_080388.1:74149812-74149823promoter 内 1878-1889 bp - 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 74151935-74153381(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTCACGTCAGCA
SmilChr02G005233 Chr02 NC_080388.1:73536948-73536959promoter 内 1001-1012 bp + 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 73532384-73533959(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCGT
SmilChr03G003685 Chr03 NC_080389.1:55711171-55711182promoter 内 810-821 bp + 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 55707074-55707991(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCCCCG
SmilChr01G005635 Chr01 NC_080387.1:72787759-72787770promoter 内 3930-3941 bp - 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 72787830-72791416(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCAC
SmilChr04G003208 Chr04 NC_080390.1:48936242-48936253promoter 内 3915-3926 bp - 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 48936328-48941246(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCAG
SmilChr04G003008 Chr04 NC_080390.1:46453303-46453314promoter 内 3852-3863 bp + 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 46448364-46453165(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCAG
SmilChr02G002034 Chr02 NC_080388.1:36626480-36626491promoter 内 3820-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 36626661-36627458(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCAAGACGTGGC
SmilChr02G001987 Chr02 NC_080388.1:35886087-35886098promoter 内 3699-3710 bp - 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 35885164-35885796(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCACCACGTGGC
SmilChr01G004378 Chr01 NC_080387.1:61980477-61980488promoter 内 3652-3663 bp - 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 61977416-61980139(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGGGACGTGGC
SmilChr01G001709 Chr01 NC_080387.1:31558780-31558791promoter 内 3573-3584 bp - 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 31559208-31560709(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCTCAC
SmilChr01G003151 Chr01 NC_080387.1:50313166-50313177promoter 内 3466-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 50313701-50316532(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCGT
SmilChr02G000022 Chr02 NC_080388.1:184882-184893promoter 内 3402-3413 bp + 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 183631-184294(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCTCTC
SmilChr02G000023 Chr02 NC_080388.1:243226-243237promoter 内 3005-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 196026-242241(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGGGACGTGGC
SmilChr01G004189 Chr01 NC_080387.1:60342095-60342106promoter 内 2872-2883 bp + 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 60343224-60344979(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCTCCACGTGGC
SmilChr02G003589 Chr02 NC_080388.1:57100311-57100322promoter 内 2736-2747 bp - 1254 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 57101576-57107456(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGTGG
SmilChr01G004332 Chr01 NC_080387.1:61462962-61462973promoter 内 2679-2690 bp - 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 61460341-61461651(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACGCCACGTGGC
SmilChr04G003876 Chr04 NC_080390.1:54635273-54635284promoter 内 2336-2347 bp - 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 54631101-54633619(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCTCCACGTGGC
SmilChr03G001550 Chr03 NC_080389.1:19536956-19536967promoter 内 2030-2041 bp - 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 19538927-19540509(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCTC
SmilChr02G001041 Chr02 NC_080388.1:18489168-18489179promoter 内 1949-1960 bp + 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 18491220-18493750(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCTCCACGTGGC
SmilChr03G002104 Chr03 NC_080389.1:32763883-32763894promoter 内 566-577 bp + 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 32760324-32760459(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCTC
SmilChr02G001048 Chr02 NC_080388.1:18537588-18537599promoter 内 499-510 bp + 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 18541090-18542998(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GAGAGACGTGGC
SmilChr03G001551 Chr03 NC_080389.1:19536956-19536967promoter 内 429-440 bp - 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 19540528-19540599(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCTC
SmilChr02G001316 Chr02 NC_080388.1:24477630-24477641promoter 内 337-348 bp - 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 24470867-24473977(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACGAGACGTGGC
SmilChr02G003413 Chr02 NC_080388.1:55308670-55308681promoter 内 227-238 bp - 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 55292135-55304907(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCACCACGTGGC
SmilChr03G001691 Chr03 NC_080389.1:22424972-22424983promoter 内 40-51 bp - 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 22428933-22429433(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCCCCG
SmilChr01G001242 Chr01 NC_080387.1:24917034-24917045promoter 内 3984-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 24917051-24919720(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCTCTC
SmilChr03G003876 Chr03 NC_080389.1:57877559-57877570promoter 内 3932-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 57873352-57877501(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCTCCACGTGGC
SmilChr01G003073 Chr01 NC_080387.1:49574091-49574102promoter 内 3929-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 49574163-49579321(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TACTGACGTGTC
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SmilChr02G005572 Chr02 NC_080388.1:75603440-75603451promoter 内 3820-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75603621-75605872(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACACGTCAGAA
SmilChr03G003555 Chr03 NC_080389.1:54201714-54201725promoter 内 3816-3827 bp + 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54197475-54201540(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACACGTCAGTA
SmilChr04G002519 Chr04 NC_080390.1:40225539-40225550promoter 内 3575-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 40223644-40225124(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCCCCG
SmilChr03G004545 Chr03 NC_080389.1:63444351-63444362promoter 内 3399-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 63444953-63447788(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCTAGACGTGGC