转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 62 / 126 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001488 Chr06 NC_080392.1:15884835-15884849promoter 内 2164-2178 bp + 1823 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 15878155-15883012(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGCTTTT
SmilChr07G001289 Chr07 NC_080393.1:9920190-9920204promoter 内 59-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 9924132-9926203(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAAAGCCACGTGGCT
SmilChr06G003108 Chr06 NC_080392.1:43924965-43924979promoter 内 3783-3797 bp - 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 43925183-43927272(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTAAACC
SmilChr02G002030 Chr02 NC_080388.1:36531576-36531590promoter 内 2540-2554 bp + 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 36528752-36530129(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAAAAAT
SmilChr05G002743 Chr05 NC_080391.1:31604356-31604370promoter 内 2538-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 31596412-31602907(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTGGACAAT
SmilChr07G004362 Chr07 NC_080393.1:56164169-56164183promoter 内 2263-2277 bp - 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 56165907-56168631(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAAAAAT
SmilChr05G002744 Chr05 NC_080391.1:31604356-31604370promoter 内 711-725 bp + 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 31607646-31610276(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATTGTCCACGTGGCC
SmilChr07G001811 Chr07 NC_080393.1:15523293-15523307promoter 内 682-696 bp - 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 15519135-15519988(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATTTTTGACGTGGCA
SmilChr08G001589 Chr08 NC_080394.1:13139614-13139628promoter 内 501-515 bp - 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 13131642-13136128(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGACCTCACGTGGCC
SmilChr08G001601 Chr08 NC_080394.1:13259817-13259831promoter 内 465-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 13251846-13256295(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGACCTCACGTGGCC
SmilChr05G003803 Chr05 NC_080391.1:51350779-51350793promoter 内 386-400 bp - 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 51354394-51354967(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCAGATAA
SmilChr07G002183 Chr07 NC_080393.1:20048036-20048050promoter 内 253-267 bp - 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 20043026-20044302(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAACAACACGTGGCG
SmilChr07G000395 Chr07 NC_080393.1:2731114-2731128promoter 内 3969-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2727314-2731096(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCTCGTGACGTGGCC
SmilChr01G001923 Chr01 NC_080387.1:34378099-34378113promoter 内 3950-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 34378150-34381522(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTATTCCTC
SmilChr07G003401 Chr07 NC_080393.1:36918071-36918085promoter 内 3943-3957 bp - 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 36915024-36918027(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTATCACACGTGTCA
SmilChr02G005547 Chr02 NC_080388.1:75460021-75460035promoter 内 3936-3950 bp - 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75460086-75462745(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTAATTA
SmilChr05G000467 Chr05 NC_080391.1:3523142-3523156promoter 内 3928-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 3523215-3526859(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CCCCGTGACGTGGCA
SmilChr03G000678 Chr03 NC_080389.1:7562236-7562250promoter 内 3835-3849 bp + 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7562402-7566253(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAGGAACACGTGTCC
SmilChr01G003528 Chr01 NC_080387.1:53916267-53916281promoter 内 3822-3836 bp - 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53913710-53916102(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CCTCATCACGTGGCA
SmilChr01G003472 Chr01 NC_080387.1:53257608-53257622promoter 内 3816-3830 bp - 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53255097-53257437(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CCTCATCACGTGGCA
SmilChr01G005934 Chr01 NC_080387.1:75104348-75104362promoter 内 3592-3606 bp - 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75099219-75103953(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACTTGTGACGTGGCT
SmilChr01G004609 Chr01 NC_080387.1:64065065-64065079promoter 内 3566-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 64061550-64064644(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGACACGTGTACGCC
SmilChr01G001342 Chr01 NC_080387.1:26681398-26681412promoter 内 3416-3430 bp + 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 26681983-26688397(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGTCTGACGTGGCG
SmilChr05G000506 Chr05 NC_080391.1:3930689-3930703promoter 内 3347-3361 bp + 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 3929977-3930049(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGACGCT
SmilChr07G000126 Chr07 NC_080393.1:743783-743797promoter 内 3314-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 737305-743110(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTGTTGC
SmilChr07G001078 Chr07 NC_080393.1:7914814-7914828promoter 内 3304-3318 bp - 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7915511-7918256(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGATTCC
SmilChr02G001680 Chr02 NC_080388.1:31026808-31026822promoter 内 3215-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 31023295-31026036(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCGTACACGTGTCA
SmilChr04G003000 Chr04 NC_080390.1:46404954-46404968promoter 内 3171-3185 bp + 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 46401567-46404138(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGTCGCAT
SmilChr07G004700 Chr07 NC_080393.1:59900913-59900927promoter 内 3143-3157 bp - 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 59898530-59900069(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCTGCCGACGTGGCT
SmilChr07G000400 Chr07 NC_080393.1:2761844-2761858promoter 内 3091-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2762754-2766447(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AATTGATACGTGGCA
SmilChr01G001578 Chr01 NC_080387.1:29807891-29807905promoter 内 3055-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 29805559-29806959(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGACACGTGTTTTAC
SmilChr07G003402 Chr07 NC_080393.1:36918071-36918085promoter 内 3028-3042 bp - 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 36919044-36924500(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGACACGTGTGATAA
SmilChr08G001484 Chr08 NC_080394.1:11954201-11954215promoter 内 2769-2783 bp + 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 11955433-11959459(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTTCATCACGTGGCG
SmilChr08G003322 Chr08 NC_080394.1:34473543-34473557promoter 内 2703-2717 bp - 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 34474841-34476110(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCGTCTAT
SmilChr07G000885 Chr07 NC_080393.1:6343732-6343746promoter 内 2678-2692 bp - 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6345055-6348080(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTAATTA
SmilChr08G002034 Chr08 NC_080394.1:18123985-18123999promoter 内 2628-2642 bp + 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 18118717-18122626(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTATTCATT
SmilChr01G004482 Chr01 NC_080387.1:62947970-62947984promoter 内 2483-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 62949488-62953834(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACTACTCACGTGGCG
SmilChr03G004707 Chr03 NC_080389.1:64343208-64343222promoter 内 2458-2472 bp - 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 64344751-64348496(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGACACGTGTTACCC
SmilChr04G003216 Chr04 NC_080390.1:48988378-48988392promoter 内 2412-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 48989967-48992451(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGTCGCAT
SmilChr08G004224 Chr08 NC_080394.1:51649193-51649207promoter 内 2338-2352 bp - 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51647461-51647544(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAATTTGACGTGGCA
SmilChr03G004062 Chr03 NC_080389.1:59587388-59587402promoter 内 2170-2184 bp - 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 59589219-59592862(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTGGGGACT
SmilChr02G005409 Chr02 NC_080388.1:74599286-74599300promoter 内 1985-1999 bp + 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74595786-74597284(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTGATAAGC
SmilChr05G000905 Chr05 NC_080391.1:7165476-7165490promoter 内 1951-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7167526-7169075(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCGGCACACGTGTCG
SmilChr01G003607 Chr01 NC_080387.1:54613524-54613538promoter 内 1877-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54610428-54611414(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGACACGTGTACGCC
SmilChr05G000968 Chr05 NC_080391.1:7810060-7810074promoter 内 1763-1777 bp + 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7812298-7813413(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCGGCACACGTGTCG
SmilChr05G000508 Chr05 NC_080391.1:3930689-3930703promoter 内 1603-1617 bp + 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 3933087-3933249(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCGTCCACGTGGCG
SmilChr01G000189 Chr01 NC_080387.1:3236610-3236624promoter 内 1544-1558 bp + 2443 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 3239067-3240349(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACCACTCACGTGGCA
SmilChr04G000388 Chr04 NC_080390.1:3926229-3926243promoter 内 1445-1459 bp - 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 3928785-3931497(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCAGATAC
SmilChr06G002461 Chr06 NC_080392.1:35425647-35425661promoter 内 1408-1422 bp - 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 35428240-35431177(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCTGCCGC
SmilChr01G005290 Chr01 NC_080387.1:70227906-70227920promoter 内 1280-1294 bp - 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 70230627-70231738(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGCCAA