转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 65 / 130 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003686 Chr02 NC_080388.1:58222155-58222163promoter 内 1672-1680 bp + 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 58224484-58228396(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr01G004645 Chr01 NC_080387.1:64506616-64506624promoter 内 1563-1571 bp - 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 64509054-64510628(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr02G003614 Chr02 NC_080388.1:57381103-57381111promoter 内 1561-1569 bp - 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 57373768-57378671(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G000060 Chr01 NC_080387.1:961750-961758promoter 内 1550-1558 bp - 2443 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 957173-959307(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G004199 Chr01 NC_080387.1:60467874-60467882promoter 内 1529-1537 bp - 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 60470346-60474440(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr02G000013 Chr02 NC_080388.1:104201-104209promoter 内 1529-1537 bp + 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 101051-101737(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr02G004437 Chr02 NC_080388.1:66750658-66750666promoter 内 1513-1521 bp - 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 66753146-66754326(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G004287 Chr01 NC_080387.1:61080625-61080633promoter 内 1452-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 61083174-61085986(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr02G004403 Chr02 NC_080388.1:66359726-66359734promoter 内 1426-1434 bp - 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 66362301-66364636(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr01G003260 Chr01 NC_080387.1:51300444-51300452promoter 内 1347-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 51297136-51297798(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr02G002707 Chr02 NC_080388.1:46928982-46928990promoter 内 1332-1340 bp + 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 46920805-46926321(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr03G000084 Chr03 NC_080389.1:977022-977030promoter 内 1325-1333 bp + 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 973231-974354(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr02G001127 Chr02 NC_080388.1:20400956-20400964promoter 内 1319-1327 bp - 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 20403638-20404276(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr01G003329 Chr01 NC_080387.1:51983960-51983968promoter 内 1316-1324 bp - 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 51979530-51981283(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G000858 Chr01 NC_080387.1:18481945-18481953promoter 内 1302-1310 bp + 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 18484644-18491875(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G006119 Chr01 NC_080387.1:76716175-76716183promoter 内 1264-1272 bp + 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 76718912-76777689(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTACT
SmilChr02G001697 Chr02 NC_080388.1:31279341-31279349promoter 内 1240-1248 bp - 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 31271023-31276588(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTACT
SmilChr02G002789 Chr02 NC_080388.1:47956928-47956936promoter 内 1234-1242 bp + 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 47946256-47954169(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr01G002235 Chr01 NC_080387.1:38876395-38876403promoter 内 1214-1222 bp - 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 38879182-38881841(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr02G003751 Chr02 NC_080388.1:59153860-59153868promoter 内 1208-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 59156653-59157317(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr02G001740 Chr02 NC_080388.1:31984647-31984655promoter 内 1113-1121 bp - 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 31979120-31981767(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr02G003185 Chr02 NC_080388.1:52995875-52995883promoter 内 1084-1092 bp + 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 52998792-53001288(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G005917 Chr01 NC_080387.1:75003206-75003214promoter 内 990-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 75006217-75008694(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTACT
SmilChr01G001525 Chr01 NC_080387.1:29214891-29214899promoter 内 961-969 bp + 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 29209008-29211859(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G004524 Chr02 NC_080388.1:67829341-67829349promoter 内 878-886 bp + 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 67824127-67826226(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr02G004813 Chr02 NC_080388.1:70284527-70284535promoter 内 813-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 70287715-70289288(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr03G000692 Chr03 NC_080389.1:7726979-7726987promoter 内 772-780 bp + 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 7730208-7731614(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G001289 Chr02 NC_080388.1:23717911-23717919promoter 内 712-720 bp + 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 23721200-23724166(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G001109 Chr01 NC_080387.1:22716388-22716396promoter 内 648-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 22710281-22713043(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr01G001494 Chr01 NC_080387.1:28767018-28767026promoter 内 647-655 bp + 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 28770372-28774508(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G002802 Chr02 NC_080388.1:48094686-48094694promoter 内 528-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 48098159-48098990(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr02G002122 Chr02 NC_080388.1:37994010-37994018promoter 内 484-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 37997527-38000094(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G001847 Chr02 NC_080388.1:33697807-33697815promoter 内 479-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 33701329-33702519(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G006191 Chr01 NC_080387.1:77527059-77527067promoter 内 418-426 bp + 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 77517612-77523484(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr02G001054 Chr02 NC_080388.1:18814193-18814201promoter 内 393-401 bp - 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 18817801-18819608(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr01G006190 Chr01 NC_080387.1:77520972-77520980promoter 内 372-380 bp + 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 77513390-77517351(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
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