转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 66 / 164 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004148 Chr01 NC_080387.1:60018273-60018287promoter 内 769-783 bp - 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 60012863-60015055(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACGAGGTAGGTAAA
SmilChr01G004542 Chr01 NC_080387.1:63567876-63567890promoter 内 749-763 bp - 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 63571128-63574750(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTATACT
SmilChr06G000116 Chr06 NC_080392.1:809753-809767promoter 内 657-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 813097-813936(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAAGTAGGTGAG
SmilChr05G001266 Chr05 NC_080391.1:10784388-10784402promoter 内 649-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 10787740-10788501(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAAGTAGGTGAG
SmilChr07G000139 Chr07 NC_080393.1:837149-837163promoter 内 643-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 831120-833805(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCACGAG
SmilChr04G000699 Chr04 NC_080390.1:8153721-8153735promoter 内 567-581 bp + 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 8149885-8150301(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACCTCCGC
SmilChr03G002514 Chr03 NC_080389.1:40007995-40008009promoter 内 495-509 bp + 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 40011501-40012238(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTATAGTAGGTGAA
SmilChr08G000133 Chr08 NC_080394.1:828784-828798promoter 内 330-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 832455-834592(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACCAGCGT
SmilChr07G003761 Chr07 NC_080393.1:45935111-45935125promoter 内 295-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 45938817-45945151(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCATATG
SmilChr03G000080 Chr03 NC_080389.1:965082-965096promoter 内 262-276 bp + 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 960402-961357(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCTGACT
SmilChr01G006179 Chr01 NC_080387.1:77332757-77332771promoter 内 225-239 bp - 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 77323374-77328995(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTTTGGTAGTTGAA
SmilChr02G004463 Chr02 NC_080388.1:67057257-67057271promoter 内 223-237 bp - 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 67049021-67053493(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAGAGGTAGGTAGA
SmilChr07G000399 Chr07 NC_080393.1:2756907-2756921promoter 内 190-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2753032-2753110(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCCCAAA
SmilChr01G006181 Chr01 NC_080387.1:77332757-77332771promoter 内 115-129 bp - 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 77336643-77337334(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCAACTACCAAACC
SmilChr04G000455 Chr04 NC_080390.1:4818431-4818445promoter 内 91-105 bp - 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4822341-4824826(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTTATC
SmilChr03G001826 Chr03 NC_080389.1:25017650-25017664promoter 内 3656-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 5 25017995-25018642(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr04G004082 Chr04 NC_080390.1:55864827-55864841promoter 内 2797-2811 bp + 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 55866031-55873695(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr07G001031 Chr07 NC_080393.1:7528725-7528739promoter 内 1422-1436 bp - 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 7522045-7526160(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr07G004281 Chr07 NC_080393.1:55351877-55351891promoter 内 1212-1226 bp + 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 55345649-55349102(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCACC
SmilChr07G002722 Chr07 NC_080393.1:26710702-26710716promoter 内 1073-1087 bp + 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 26706457-26707788(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCACC
SmilChr01G004615 Chr01 NC_080387.1:64129731-64129745promoter 内 1018-1032 bp - 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 64132714-64138099(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCACC
SmilChr04G004080 Chr04 NC_080390.1:55861015-55861029promoter 内 513-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 55855346-55857541(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCACC
SmilChr07G001181 Chr07 NC_080393.1:8949654-8949668promoter 内 3962-3976 bp + 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 8947016-8949629(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTCCCTC
SmilChr07G001183 Chr07 NC_080393.1:8965181-8965195promoter 内 3962-3976 bp + 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 8962544-8965156(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTCCCTC
SmilChr02G002520 Chr02 NC_080388.1:43779214-43779228promoter 内 3594-3608 bp + 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 43776311-43778821(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCACC
SmilChr03G000275 Chr03 NC_080389.1:3134612-3134626promoter 内 2864-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 3130449-3133489(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTCTACT
SmilChr04G002733 Chr04 NC_080390.1:42998279-42998293promoter 内 105-119 bp + 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 43002175-43002248(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAAGGGTAGGTGCG
SmilChr03G000065 Chr03 NC_080389.1:729484-729498promoter 内 3954-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 729531-824790(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTCTACT
SmilChr03G000123 Chr03 NC_080389.1:1329697-1329711promoter 内 3947-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 1326611-1329657(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTCTACT
SmilChr02G002352 Chr02 NC_080388.1:41311893-41311907promoter 内 3681-3695 bp - 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 41309914-41311587(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAGAGGTAGGTGTC
SmilChr06G001001 Chr06 NC_080392.1:9908087-9908101promoter 内 3621-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 9905283-9907721(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATATAGTAGGTGGA
SmilChr08G001260 Chr08 NC_080394.1:9983238-9983252promoter 内 3585-3599 bp - 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 9981467-9982836(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTTTGGTAGTTGAA
SmilChr01G005982 Chr01 NC_080387.1:75476348-75476362promoter 内 3559-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 75473032-75475920(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTTATT
SmilChr06G002072 Chr06 NC_080392.1:27333800-27333814promoter 内 3383-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 27334418-27335066(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCACC
SmilChr03G000067 Chr03 NC_080389.1:768506-768520promoter 内 3250-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 766367-767769(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTAGAGTAGGTGAG
SmilChr03G000265 Chr03 NC_080389.1:3069777-3069791promoter 内 2756-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 3065973-3068546(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTCTACT
SmilChr03G000276 Chr03 NC_080389.1:3134612-3134626promoter 内 2677-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 3135936-3139581(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTAGAGTAGGTGAG
SmilChr02G004942 Chr02 NC_080388.1:71364914-71364928promoter 内 2074-2088 bp + 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 71366841-71374911(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr03G002544 Chr03 NC_080389.1:40618616-40618630promoter 内 2022-2036 bp + 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 40620595-40622823(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAATGTTAGGTGAG
SmilChr01G005983 Chr01 NC_080387.1:75476348-75476362promoter 内 2002-2016 bp + 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 75478347-75479513(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATAAAGTAGGTGAG
SmilChr02G004939 Chr02 NC_080388.1:71364914-71364928promoter 内 1638-1652 bp + 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 71360734-71362565(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCACC
SmilChr03G000064 Chr03 NC_080389.1:729484-729498promoter 内 1525-1539 bp - 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 725468-727022(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTAGAGTAGGTGAG
SmilChr03G000059 Chr03 NC_080389.1:629326-629340promoter 内 1278-1292 bp - 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 624084-626617(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTAGAGTAGGTGAG
SmilChr03G001346 Chr03 NC_080389.1:15714033-15714047promoter 内 1143-1157 bp - 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 15709870-15711189(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACAAGGTAGGTGAC
SmilChr06G002017 Chr06 NC_080392.1:25956040-25956054promoter 内 782-796 bp - 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 25949849-25952835(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAGGGGTAGGTAAA
SmilChr04G002801 Chr04 NC_080390.1:43917566-43917580promoter 内 485-499 bp + 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 43912918-43914064(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCCTCCA
SmilChr03G002408 Chr03 NC_080389.1:38268098-38268112promoter 内 278-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 38271821-38274358(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAATGTTAGGTGAG
SmilChr07G002723 Chr07 NC_080393.1:26716166-26716180promoter 内 265-279 bp + 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 26719902-26721853(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr01G003647 Chr01 NC_080387.1:54945824-54945838promoter 内 182-196 bp - 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 54949643-54949781(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCATTGT
SmilChr02G002767 Chr02 NC_080388.1:47724730-47724744promoter 内 156-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 47728575-47730018(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACACCTACCTCTCC