转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 72 / 147 下载 TSV

上一页 72 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004122 Chr03 NC_080389.1:60074083-60074092promoter 内 1037-1046 bp + 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 60077047-60078758(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr02G005456 Chr02 NC_080388.1:74889037-74889046promoter 内 1014-1023 bp + 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 74883626-74886059(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGGC
SmilChr01G000380 Chr01 NC_080387.1:7815816-7815825promoter 内 998-1007 bp - 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 7818819-7822732(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TATGTCGGAG
SmilChr02G005044 Chr02 NC_080388.1:72149082-72149091promoter 内 915-924 bp + 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 72152168-72164421(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr02G004228 Chr02 NC_080388.1:64492910-64492919promoter 内 897-906 bp + 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 64489743-64489815(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr02G004341 Chr02 NC_080388.1:65675576-65675585promoter 内 816-825 bp - 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 65669848-65672400(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTGCGACAAA
SmilChr03G004744 Chr03 NC_080389.1:64548422-64548431promoter 内 752-761 bp + 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 64551671-64552520(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr02G001053 Chr02 NC_080388.1:18777406-18777415promoter 内 735-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 18780672-18786763(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACATA
SmilChr03G002884 Chr03 NC_080389.1:45511535-45511544promoter 内 714-723 bp + 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 45514822-45515380(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACATA
SmilChr03G001716 Chr03 NC_080389.1:23012010-23012019promoter 内 620-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 23006394-23008638(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TATGTCGGAG
SmilChr01G002034 Chr01 NC_080387.1:35973891-35973900promoter 内 497-506 bp + 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 35977395-35979703(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr01G005159 Chr01 NC_080387.1:69351240-69351249promoter 内 481-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 69354760-69355445(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr02G001554 Chr02 NC_080388.1:28833818-28833827promoter 内 411-420 bp + 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 28829675-28830237(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr03G004126 Chr03 NC_080389.1:60095466-60095475promoter 内 370-379 bp - 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 60099097-60101368(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGGT
SmilChr04G001576 Chr04 NC_080390.1:26187063-26187072promoter 内 361-370 bp + 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 26181239-26183432(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGGC
SmilChr02G002795 Chr02 NC_080388.1:48033575-48033584promoter 内 343-352 bp - 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 48037233-48039898(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGGT
SmilChr04G001936 Chr04 NC_080390.1:31485679-31485688promoter 内 222-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 31479525-31481909(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCCCGACAAG
SmilChr02G000873 Chr02 NC_080388.1:15054642-15054651promoter 内 204-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 15058439-15063644(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTGCGACAAA
SmilChr03G004124 Chr03 NC_080389.1:60095466-60095475promoter 内 198-207 bp - 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 60088942-60091672(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr03G000124 Chr03 NC_080389.1:1366059-1366068promoter 内 143-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 1360438-1362210(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr03G000517 Chr03 NC_080389.1:5568943-5568952promoter 内 143-152 bp + 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 5572801-5575096(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr02G005003 Chr02 NC_080388.1:71833457-71833466promoter 内 140-149 bp - 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 71828703-71829605(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr01G004664 Chr01 NC_080387.1:64748884-64748893promoter 内 83-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 64744474-64744975(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGGC
SmilChr02G000065 Chr02 NC_080388.1:858631-858640promoter 内 50-59 bp + 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 852972-854689(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr04G001919 Chr04 NC_080390.1:31293774-31293783promoter 内 39-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 31289125-31289821(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr03G004667 Chr03 NC_080389.1:64136920-64136929promoter 内 3944-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 64135070-64136872(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr02G005150 Chr02 NC_080388.1:72881521-72881530promoter 内 3938-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 72881584-72885734(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTGCGACAAA
SmilChr02G000367 Chr02 NC_080388.1:4679483-4679492promoter 内 3862-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 4679622-4684080(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr04G001688 Chr04 NC_080390.1:27931011-27931020promoter 内 3808-3817 bp + 184 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 27931204-27932173(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCCCGACAAG
SmilChr03G002718 Chr03 NC_080389.1:43202431-43202440promoter 内 3776-3785 bp - 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 43200851-43202215(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCCCGACAAG
SmilChr02G000850 Chr02 NC_080388.1:14418819-14418828promoter 内 3760-3769 bp + 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 14419060-14422020(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACATA
SmilChr02G000273 Chr02 NC_080388.1:3516055-3516064promoter 内 3754-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 3515075-3515817(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTGCGACAAA
SmilChr03G004742 Chr03 NC_080389.1:64548422-64548431promoter 内 3753-3762 bp + 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 64542658-64548183(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr02G001087 Chr02 NC_080388.1:19496548-19496557promoter 内 3721-3730 bp - 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 19496828-19501964(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGGC
SmilChr04G001768 Chr04 NC_080390.1:29079902-29079911promoter 内 3715-3724 bp - 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 29080188-29081646(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAG
SmilChr02G001625 Chr02 NC_080388.1:30171793-30171802promoter 内 3681-3690 bp - 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 30172113-30174698(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAG
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