转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005238; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002845-RA_Salv SmilChr02G005238 SBP XP_057792594.1 MP00634 TTGTACGGAC

可能结合的靶基因

7771 个结合位点 6619 个候选靶基因 第 74 / 133 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000076 Chr02 NC_080388.1:977052-977061promoter 内 1826-1835 bp - 2166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 972487-974886(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TCGTACGGAA
SmilChr07G003065 Chr07 NC_080393.1:32155171-32155180promoter 内 1823-1832 bp + 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 32150444-32153002(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr01G005838 Chr01 NC_080387.1:74397485-74397494promoter 内 1814-1823 bp + 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 74390692-74395307(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr03G002935 Chr03 NC_080389.1:46087544-46087553promoter 内 1802-1811 bp - 2190 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 46089743-46089829(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr06G001834 Chr06 NC_080392.1:21533741-21533750promoter 内 1801-1810 bp - 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 21535941-21538858(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr03G003653 Chr03 NC_080389.1:55328387-55328396promoter 内 1800-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55315756-55326195(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr07G003922 Chr07 NC_080393.1:49520357-49520366promoter 内 1788-1797 bp - 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49522570-49526791(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr03G003559 Chr03 NC_080389.1:54239894-54239903promoter 内 1776-1785 bp - 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54242119-54246327(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr07G002681 Chr07 NC_080393.1:26220775-26220784promoter 内 1768-1777 bp + 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 26223008-26226450(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGAA
SmilChr07G000582 Chr07 NC_080393.1:3974618-3974627promoter 内 1722-1731 bp - 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 3976897-3977798(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr01G001573 Chr01 NC_080387.1:29772318-29772327promoter 内 1710-1719 bp - 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 29774609-29781263(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr03G002573 Chr03 NC_080389.1:40938584-40938593promoter 内 1698-1707 bp + 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 40933273-40936290(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr02G001876 Chr02 NC_080388.1:34066927-34066936promoter 内 1678-1687 bp + 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34059139-34064613(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr07G004717 Chr07 NC_080393.1:60015512-60015521promoter 内 1677-1686 bp + 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60009477-60013197(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr02G000033 Chr02 NC_080388.1:409073-409082promoter 内 1620-1629 bp + 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 405610-406701(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr01G003101 Chr01 NC_080387.1:49819042-49819051promoter 内 1559-1568 bp + 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49812765-49816609(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr06G001600 Chr06 NC_080392.1:17780871-17780880promoter 内 1553-1562 bp + 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 17783319-17783981(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGCT
SmilChr04G003080 Chr04 NC_080390.1:47401383-47401392promoter 内 1550-1559 bp + 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 47403834-47408435(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAA
SmilChr08G000204 Chr08 NC_080394.1:1418779-1418788promoter 内 1548-1557 bp + 2444 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1392568-1416335(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr08G001267 Chr08 NC_080394.1:10067245-10067254promoter 内 1532-1541 bp + 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 10063187-10064785(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr04G000580 Chr04 NC_080390.1:6464792-6464801promoter 内 1518-1527 bp - 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 6451186-6462318(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAA
SmilChr04G003516 Chr04 NC_080390.1:51543771-51543780promoter 内 1482-1491 bp + 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 51539609-51541261(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACGA
SmilChr08G004442 Chr08 NC_080394.1:54141861-54141870promoter 内 1451-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54135920-54139320(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAA
SmilChr08G003718 Chr08 NC_080394.1:41829986-41829995promoter 内 1449-1458 bp + 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 41824621-41827443(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACGA
SmilChr04G001830 Chr04 NC_080390.1:29834477-29834486promoter 内 1446-1455 bp + 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 29826375-29831931(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr03G003851 Chr03 NC_080389.1:57631142-57631151promoter 内 1423-1432 bp - 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 57633720-57637407(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 AGCCGTACAT
SmilChr05G002569 Chr05 NC_080391.1:28860262-28860271promoter 内 1414-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28851087-28857684(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTG
SmilChr01G001190 Chr01 NC_080387.1:24049260-24049269promoter 内 1410-1419 bp - 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24051851-24054332(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 AGCCGTACAT
SmilChr04G000614 Chr04 NC_080390.1:6936868-6936877promoter 内 1363-1372 bp - 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 6929908-6934239(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAA
SmilChr07G002974 Chr07 NC_080393.1:30310159-30310168promoter 内 1363-1372 bp - 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 30312797-30316855(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr01G003883 Chr01 NC_080387.1:57155986-57155995promoter 内 1344-1353 bp - 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 57158643-57163874(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACTC
SmilChr07G004243 Chr07 NC_080393.1:54855372-54855381promoter 内 1333-1342 bp + 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54858040-54860461(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAA
SmilChr07G000394 Chr07 NC_080393.1:2714686-2714695promoter 内 1304-1313 bp + 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2717383-2718804(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGAA
SmilChr08G004730 Chr08 NC_080394.1:56675971-56675980promoter 内 1303-1312 bp + 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 56671243-56673282(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr02G003257 Chr02 NC_080388.1:53869545-53869554promoter 内 1295-1304 bp + 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 53865103-53866848(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAG
SmilChr07G000481 Chr07 NC_080393.1:3354705-3354714promoter 内 1287-1296 bp - 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 3357419-3363559(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACGA
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