转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 75 / 147 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001916 Chr04 NC_080390.1:31244653-31244666promoter 内 1672-1685 bp + 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 31246982-31250422(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTATTGC
SmilChr04G001058 Chr04 NC_080390.1:15154550-15154563promoter 内 1525-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 15151557-15152087(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCGGGGT
SmilChr03G004316 Chr03 NC_080389.1:61530454-61530467promoter 内 1504-1517 bp + 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 61508826-61527970(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CATTAAGTCAACAA
SmilChr01G001595 Chr01 NC_080387.1:30068109-30068122promoter 内 1234-1247 bp - 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 30056181-30065355(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTGTGC
SmilChr01G004738 Chr01 NC_080387.1:65570252-65570265promoter 内 993-1006 bp + 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 65563100-65567257(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAATAAGTCAACTT
SmilChr03G001359 Chr03 NC_080389.1:15961745-15961758promoter 内 968-981 bp + 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 15956471-15958725(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAAAGTCAATGT
SmilChr04G000111 Chr04 NC_080390.1:969515-969528promoter 内 888-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 972628-975632(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGGAAGTCAACTC
SmilChr02G003328 Chr02 NC_080388.1:54538106-54538119promoter 内 769-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 54528113-54534887(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGGTTGACTATGAA
SmilChr04G002376 Chr04 NC_080390.1:38278842-38278855promoter 内 767-780 bp - 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 38263081-38275621(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGGTTGACTAGTGC
SmilChr03G004158 Chr03 NC_080389.1:60359205-60359218promoter 内 718-731 bp - 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 60362488-60378219(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCACTAGTCAACCG
SmilChr02G003794 Chr02 NC_080388.1:59586527-59586540promoter 内 679-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 59589849-59591916(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CATTAAGTCAACAA
SmilChr01G005600 Chr01 NC_080387.1:72597368-72597381promoter 内 671-684 bp - 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 72593891-72594051(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTGAA
SmilChr03G000559 Chr03 NC_080389.1:6065620-6065633promoter 内 203-216 bp + 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 6058931-6061835(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGAAAGTCAACTA
SmilChr04G000154 Chr04 NC_080390.1:1354398-1354411promoter 内 84-97 bp + 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 1349669-1350494(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTATAAGTCAACAA
SmilChr02G005339 Chr02 NC_080388.1:74240339-74240352promoter 内 3969-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 74240371-74242892(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAAAAG
SmilChr01G001730 Chr01 NC_080387.1:31855867-31855880promoter 内 3942-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 31855926-31860250(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAAAGTCAATGT
SmilChr04G002084 Chr04 NC_080390.1:33600767-33600780promoter 内 3866-3879 bp + 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33598622-33600645(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGACTAGTCAACCG
SmilChr01G001649 Chr01 NC_080387.1:30551440-30551453promoter 内 3847-3860 bp + 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30549545-30551299(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTATAAGTCAACAA
SmilChr01G001346 Chr01 NC_080387.1:26722128-26722141promoter 内 3819-3832 bp - 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 26722310-26731562(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAAAAG
SmilChr01G002042 Chr01 NC_080387.1:36094454-36094467promoter 内 3819-3832 bp - 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 36091412-36094285(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTGAA
SmilChr03G000143 Chr03 NC_080389.1:1573567-1573580promoter 内 3793-3806 bp - 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1569688-1573372(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCTTTGACTTGGTT
SmilChr04G003112 Chr04 NC_080390.1:47681053-47681066promoter 内 3704-3717 bp + 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47679646-47680769(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTCTCAGTCAACGC
SmilChr02G003535 Chr02 NC_080388.1:56497609-56497622promoter 内 3698-3711 bp - 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56497912-56500423(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGAAAGTCAAAGA
SmilChr01G000751 Chr01 NC_080387.1:16598675-16598688promoter 内 3679-3692 bp - 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16598997-16602119(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTCGGTCAACGG
SmilChr02G003164 Chr02 NC_080388.1:52678555-52678568promoter 内 3645-3658 bp - 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52675067-52678212(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTCTAG
SmilChr03G000637 Chr03 NC_080389.1:7010708-7010721promoter 内 3629-3642 bp - 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7011080-7014569(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAAAGTCAATGT
SmilChr01G005932 Chr01 NC_080387.1:75088815-75088828promoter 内 3619-3632 bp - 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75089197-75093357(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTCGGTCAACGG
SmilChr02G003021 Chr02 NC_080388.1:50897487-50897500promoter 内 3618-3631 bp + 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50897870-50901111(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTCTAG
SmilChr01G005602 Chr01 NC_080387.1:72597368-72597381promoter 内 3574-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72596794-72596954(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTGAA
SmilChr04G001093 Chr04 NC_080390.1:15639312-15639325promoter 内 3561-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 15639752-15647311(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTAATG
SmilChr03G003121 Chr03 NC_080389.1:48375458-48375471promoter 内 3433-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48376026-48378649(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAAAAG
SmilChr02G001011 Chr02 NC_080388.1:17863737-17863750promoter 内 3431-3444 bp + 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 17864307-17865524(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTTGAA
SmilChr04G000967 Chr04 NC_080390.1:12972133-12972146promoter 内 3427-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12972707-12973861(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAAAAG
SmilChr02G001020 Chr02 NC_080388.1:18004345-18004358promoter 内 3401-3414 bp + 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18002854-18003758(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTAAGTCAACAT
SmilChr03G000436 Chr03 NC_080389.1:4720052-4720065promoter 内 3330-3343 bp + 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4717686-4719394(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATAAAGTCAATGA
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