转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 77 / 121 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000762 Chr01 NC_080387.1:16679526-16679540promoter 内 2418-2432 bp - 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16676500-16677957(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAATAGATCTCAA
SmilChr01G002419 Chr01 NC_080387.1:41628748-41628762promoter 内 2416-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41630333-41631071(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGTCGCC
SmilChr02G000777 Chr02 NC_080388.1:12729310-12729324promoter 内 2411-2425 bp + 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 12730900-12731858(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAATAGATCTCAA
SmilChr03G000301 Chr03 NC_080389.1:3434441-3434455promoter 内 2408-2422 bp + 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3436034-3437409(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAATAGATCTCAA
SmilChr01G002599 Chr01 NC_080387.1:44159881-44159895promoter 内 2366-2380 bp + 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44154876-44158260(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGATTCT
SmilChr03G001384 Chr03 NC_080389.1:16367429-16367443promoter 内 2359-2373 bp + 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16369071-16369810(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAATAGATCTCAA
SmilChr01G003499 Chr01 NC_080387.1:53592010-53592024promoter 内 2329-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53588664-53590352(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTAGTCCA
SmilChr01G000223 Chr01 NC_080387.1:3957457-3957471promoter 内 2284-2298 bp + 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3953812-3955754(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCATTTA
SmilChr02G000318 Chr02 NC_080388.1:3996040-3996054promoter 内 2233-2247 bp - 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3993468-3994286(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAATAGATCTCAA
SmilChr02G005543 Chr02 NC_080388.1:75442462-75442476promoter 内 2167-2181 bp + 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75436440-75440642(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTACACGT
SmilChr05G000455 Chr05 NC_080391.1:3448391-3448405promoter 内 2153-2167 bp + 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3445812-3446557(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGCTTAT
SmilChr01G002481 Chr01 NC_080387.1:42549402-42549416promoter 内 2148-2162 bp - 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 42546772-42547563(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAATAGATCTCAA
SmilChr02G002370 Chr02 NC_080388.1:41501990-41502004promoter 内 2121-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41503870-41505828(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAACTAGATCTACT
SmilChr04G002687 Chr04 NC_080390.1:42301476-42301490promoter 内 2112-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 42298733-42299601(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTTATAGATCTGAA
SmilChr04G002988 Chr04 NC_080390.1:46297976-46297990promoter 内 2084-2098 bp + 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46299893-46299966(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGACAGATCTGTG
SmilChr05G000461 Chr05 NC_080391.1:3492279-3492293promoter 内 2079-2093 bp - 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3486025-3490371(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACTCTAGATCTTAA
SmilChr02G000666 Chr02 NC_080388.1:10229996-10230010promoter 内 2070-2084 bp + 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10231927-10233018(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGCCGAGATCTGAA
SmilChr01G003993 Chr01 NC_080387.1:58358146-58358160promoter 内 2039-2053 bp + 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58360108-58362362(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAGTTAGATCTCAT
SmilChr04G002855 Chr04 NC_080390.1:44667274-44667288promoter 内 1964-1978 bp - 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44669311-44670917(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGATCTAACTCC
SmilChr03G004722 Chr03 NC_080389.1:64435660-64435674promoter 内 1931-1945 bp - 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 64430510-64433604(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAAGAGATCTGGT
SmilChr02G001022 Chr02 NC_080388.1:18092236-18092250promoter 内 1929-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18087031-18090178(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGATCTACTACT
SmilChr04G002644 Chr04 NC_080390.1:41815927-41815941promoter 内 1867-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41812893-41813807(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGAGATCTAGAGTT
SmilChr01G002927 Chr01 NC_080387.1:48050630-48050644promoter 内 1770-1784 bp + 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48052861-48056753(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTATGTAGATCTAAT
SmilChr01G000297 Chr01 NC_080387.1:5844287-5844301promoter 内 1736-1750 bp - 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 5841108-5842036(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAATAGATCTCAA
SmilChr01G005623 Chr01 NC_080387.1:72720224-72720238promoter 内 1720-1734 bp - 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 72716806-72717957(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGACTGGGATCTGAT
SmilChr04G000766 Chr04 NC_080390.1:9378659-9378673promoter 内 1640-1654 bp + 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9373857-9376312(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCATTTAG
SmilChr02G002844 Chr02 NC_080388.1:48575680-48575694promoter 内 1599-1613 bp - 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48578082-48580292(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGGGATCTAGCTCT
SmilChr04G002045 Chr04 NC_080390.1:33192442-33192456promoter 内 1486-1500 bp + 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 33187317-33189941(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAGCATT
SmilChr04G002825 Chr04 NC_080390.1:44325449-44325463promoter 内 1462-1476 bp + 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44327988-44329322(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTAGAGATCTGAT
SmilChr03G003953 Chr03 NC_080389.1:58586465-58586479promoter 内 1401-1415 bp + 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58589065-58591030(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAATTAGATCTACG
SmilChr05G000099 Chr05 NC_080391.1:613188-613202promoter 内 1391-1405 bp + 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 607207-610592(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCGGATCTAGGGTT
SmilChr01G000516 Chr01 NC_080387.1:10614797-10614811promoter 内 1383-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10611243-10612193(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTATAGATCTAGG
SmilChr02G002977 Chr02 NC_080388.1:50325805-50325819promoter 内 1367-1381 bp + 2620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50328439-50330654(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTTAGATCTTAG
SmilChr03G003724 Chr03 NC_080389.1:56258944-56258958promoter 内 1333-1347 bp - 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56261612-56264124(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCGGATCTAGAATT
SmilChr03G002188 Chr03 NC_080389.1:34178131-34178145promoter 内 1234-1248 bp - 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 34180898-34182773(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCTAACT
SmilChr02G002832 Chr02 NC_080388.1:48463612-48463626promoter 内 1229-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48466384-48467903(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAACTCA
SmilChr02G003900 Chr02 NC_080388.1:61097062-61097076promoter 内 1189-1203 bp - 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61099874-61102522(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTCGAATC
SmilChr04G004023 Chr04 NC_080390.1:55481223-55481237promoter 内 1074-1088 bp + 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55475331-55478310(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTAGATCTAAAACA
SmilChr01G000761 Chr01 NC_080387.1:16679526-16679540promoter 内 964-978 bp - 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16675316-16676503(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAATAGATCTCAA
SmilChr01G003711 Chr01 NC_080387.1:55456060-55456074promoter 内 959-973 bp - 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55459102-55462477(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCACTTTG
SmilChr03G003328 Chr03 NC_080389.1:51554053-51554067promoter 内 958-972 bp - 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51557096-51558828(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTATTTTC
SmilChr01G002815 Chr01 NC_080387.1:46713918-46713932promoter 内 933-947 bp + 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46705765-46710864(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCGGAATTT
SmilChr03G000615 Chr03 NC_080389.1:6812347-6812361promoter 内 816-830 bp - 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6808133-6809176(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAATAGATCTCAA
SmilChr02G004641 Chr02 NC_080388.1:68857420-68857434promoter 内 741-755 bp + 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 68860680-68866969(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTTAGATCTCTG
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SmilChr03G003727 Chr03 NC_080389.1:56287968-56287982promoter 内 680-694 bp + 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56291289-56293924(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCTATAGATCTGGA
SmilChr02G002827 Chr02 NC_080388.1:48377976-48377990promoter 内 588-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48367998-48374577(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTCGAATT
SmilChr02G001843 Chr02 NC_080388.1:33647484-33647498promoter 内 526-540 bp + 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 33641703-33644023(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCGAGATCTAGTCGA
SmilChr02G001956 Chr02 NC_080388.1:35297364-35297378promoter 内 492-506 bp + 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35300873-35303013(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAACTAGATCTATT
SmilChr05G000467 Chr05 NC_080391.1:3519698-3519712promoter 内 484-498 bp + 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3523215-3526859(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTGTTGGATCTGAG