转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 79 / 139 下载 TSV

上一页 79 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000407 Chr03 NC_080389.1:4434888-4434899promoter 内 339-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 4420914-4431237(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCATAT
SmilChr03G000281 Chr03 NC_080389.1:3212073-3212084promoter 内 293-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3206167-3208376(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGTAGACGTGGA
SmilChr02G003016 Chr02 NC_080388.1:50859175-50859186promoter 内 279-290 bp - 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 50854369-50855464(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTTTGACGTGGA
SmilChr01G002565 Chr01 NC_080387.1:43758660-43758671promoter 内 271-282 bp + 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 43762390-43764524(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGTCTG
SmilChr02G001364 Chr02 NC_080388.1:25624855-25624866promoter 内 261-272 bp + 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 25615077-25621126(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCATTT
SmilChr01G001477 Chr01 NC_080387.1:28554154-28554165promoter 内 247-258 bp + 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 28557908-28560722(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGAACACGTGGC
SmilChr01G002629 Chr01 NC_080387.1:44591452-44591463promoter 内 227-238 bp + 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 44595226-44600028(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGGA
SmilChr03G002182 Chr03 NC_080389.1:33899164-33899175promoter 内 174-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 33894567-33895348(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CAATGACGTGGA
SmilChr02G000635 Chr02 NC_080388.1:9612267-9612278promoter 内 171-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9606645-9608448(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACATGACGTGGA
SmilChr05G000293 Chr05 NC_080391.1:2231198-2231209promoter 内 109-120 bp + 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 2235090-2237980(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCTGACGTCGA
SmilChr01G005970 Chr01 NC_080387.1:75395488-75395499promoter 内 108-119 bp + 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 75382424-75391606(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCACAT
SmilChr02G001291 Chr02 NC_080388.1:23734382-23734393promoter 内 40-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 23726053-23730432(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAAAT
SmilChr02G005396 Chr02 NC_080388.1:74545693-74545704promoter 内 32-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74549662-74551166(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATATGACGTGGG
SmilChr01G002987 Chr01 NC_080387.1:48791032-48791043promoter 内 10-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48795023-48814661(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACATGACGTGGT
SmilChr01G002807 Chr01 NC_080387.1:46615003-46615014promoter 内 2473-2484 bp - 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 46616531-46620668(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGAGA
SmilChr02G004580 Chr02 NC_080388.1:68300007-68300018promoter 内 1271-1282 bp - 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 68296764-68297288(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCGCACGTGGC
SmilChr03G002794 Chr03 NC_080389.1:44431730-44431741promoter 内 1067-1078 bp - 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 44419615-44428807(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TAGAGACGTGGC
SmilChr02G004552 Chr02 NC_080388.1:68048730-68048741promoter 内 3940-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 68045485-68048680(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTGCCACGTGGC
SmilChr03G000667 Chr03 NC_080389.1:7471235-7471246promoter 内 3756-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 7470144-7471001(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCGTGACGTGAG
SmilChr01G002190 Chr01 NC_080387.1:38050489-38050500promoter 内 3563-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 38050927-38053911(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCTTGACGTGTC
SmilChr02G002313 Chr02 NC_080388.1:40750241-40750252promoter 内 3121-3132 bp + 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 40751121-40753160(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCAAGACGTGGC
SmilChr04G003691 Chr04 NC_080390.1:53306867-53306878promoter 内 2970-2981 bp + 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 53298624-53305847(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGAGA
SmilChr04G003005 Chr04 NC_080390.1:46435477-46435488promoter 内 2849-2860 bp + 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 46436629-46440366(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCAAGACGTGGC
SmilChr04G003211 Chr04 NC_080390.1:48954245-48954256promoter 内 2773-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 48949281-48953028(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCAAGACGTGGC
SmilChr01G004393 Chr01 NC_080387.1:62103386-62103397promoter 内 2656-2667 bp + 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 62098704-62102052(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCGTGT
SmilChr04G003725 Chr04 NC_080390.1:53578844-53578855promoter 内 2476-2487 bp - 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 53580369-53590344(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCGATG
SmilChr01G004394 Chr01 NC_080387.1:62103386-62103397promoter 内 2324-2335 bp + 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 62105063-62109085(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACACGACGTGGG
SmilChr04G003724 Chr04 NC_080390.1:53578844-53578855promoter 内 2284-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 53574876-53577138(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CATCGACGTGGG
SmilChr04G003100 Chr04 NC_080390.1:47598392-47598403promoter 内 2273-2284 bp + 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 47590595-47596675(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCTA
SmilChr02G005342 Chr02 NC_080388.1:74249654-74249665promoter 内 2153-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 74251502-74251948(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCACGACGTGGT
SmilChr04G003276 Chr04 NC_080390.1:49463559-49463570promoter 内 2066-2077 bp - 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 49454875-49461635(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACACGACGTGGG
SmilChr01G004296 Chr01 NC_080387.1:61151393-61151404promoter 内 1836-1847 bp - 2154 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 61153558-61157057(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCGCTC
SmilChr02G005340 Chr02 NC_080388.1:74249654-74249665promoter 内 1765-1776 bp + 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 74243664-74247429(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCGTGG
SmilChr01G002114 Chr01 NC_080387.1:37184769-37184780promoter 内 1650-1661 bp + 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 37179963-37182429(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCGTTG
SmilChr04G001348 Chr04 NC_080390.1:21860219-21860230promoter 内 1574-1585 bp - 2416 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 21862646-21872150(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGTGA
SmilChr01G001190 Chr01 NC_080387.1:24049301-24049312promoter 内 1451-1462 bp + 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 24051851-24054332(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCTCCACGTGGC
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