转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 80 / 129 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004050 Chr01 NC_080387.1:58958329-58958336promoter 内 1873-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 58955005-58956208(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G001642 Chr01 NC_080387.1:30455678-30455685promoter 内 1865-1872 bp + 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 30457814-30464973(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G006126 Chr01 NC_080387.1:76766663-76766670promoter 内 1841-1848 bp + 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 76768823-76770452(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G001623 Chr02 NC_080388.1:30155924-30155931promoter 内 1830-1837 bp - 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 30158095-30162904(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G003429 Chr02 NC_080388.1:55509379-55509386promoter 内 1824-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 55511556-55513279(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G001302 Chr01 NC_080387.1:25935736-25935743promoter 内 1823-1830 bp - 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 25929596-25933565(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G004235 Chr01 NC_080387.1:60710257-60710264promoter 内 1819-1826 bp - 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 60707062-60708082(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G005227 Chr02 NC_080388.1:73473523-73473530promoter 内 1811-1818 bp - 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 73468206-73471340(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G004896 Chr02 NC_080388.1:70975774-70975781promoter 内 1806-1813 bp + 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 70977969-70979822(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G004992 Chr01 NC_080387.1:67950012-67950019promoter 内 1805-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 67952208-67955835(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G003194 Chr02 NC_080388.1:53090255-53090262promoter 内 1784-1791 bp - 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 53092472-53093646(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G002283 Chr02 NC_080388.1:40299781-40299788promoter 内 1770-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 40302012-40303908(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr03G000072 Chr03 NC_080389.1:898616-898623promoter 内 1758-1765 bp + 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 900859-911088(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G003488 Chr01 NC_080387.1:53429549-53429556promoter 内 1744-1751 bp - 2250 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 53422592-53427299(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G001002 Chr01 NC_080387.1:21111520-21111527promoter 内 1742-1749 bp - 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 21113779-21114130(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G001066 Chr02 NC_080388.1:18991836-18991843promoter 内 1742-1749 bp + 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 18988692-18989584(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G002108 Chr01 NC_080387.1:37146210-37146217promoter 内 1734-1741 bp - 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 37141366-37143950(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G005846 Chr01 NC_080387.1:74427609-74427616promoter 内 1713-1720 bp + 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 74429897-74432449(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G000998 Chr02 NC_080388.1:17537385-17537392promoter 内 1687-1694 bp - 2307 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 17539699-17540437(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G005519 Chr01 NC_080387.1:72015240-72015247promoter 内 1673-1680 bp - 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 72006554-72012919(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G000840 Chr02 NC_080388.1:14235609-14235616promoter 内 1665-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 14237945-14239455(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G003524 Chr01 NC_080387.1:53871500-53871507promoter 内 1654-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 53873847-53875602(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G005345 Chr01 NC_080387.1:70679343-70679350promoter 内 1618-1625 bp + 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 70672390-70676967(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G000231 Chr01 NC_080387.1:4289612-4289619promoter 内 1590-1597 bp - 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 4286721-4287208(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G003453 Chr02 NC_080388.1:55813546-55813553promoter 内 1577-1584 bp + 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 55808122-55811129(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G003637 Chr01 NC_080387.1:54865489-54865496promoter 内 1574-1581 bp - 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 54867916-54871913(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G000198 Chr02 NC_080388.1:2536505-2536512promoter 内 1574-1581 bp - 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 2517107-2534085(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G005964 Chr01 NC_080387.1:75367825-75367832promoter 内 1561-1568 bp + 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 75363350-75365392(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G004560 Chr01 NC_080387.1:63678818-63678825promoter 内 1560-1567 bp + 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 63681259-63684041(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G000200 Chr02 NC_080388.1:2582920-2582927promoter 内 1552-1559 bp + 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 2578649-2580478(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G003679 Chr01 NC_080387.1:55207236-55207243promoter 内 1542-1549 bp + 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 55200909-55204784(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G003490 Chr01 NC_080387.1:53451639-53451646promoter 内 1533-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 53454107-53456184(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G005392 Chr02 NC_080388.1:74537532-74537539promoter 内 1533-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 74532819-74535071(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G001316 Chr01 NC_080387.1:26161457-26161464promoter 内 1531-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 26163927-26170106(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G005521 Chr01 NC_080387.1:72015240-72015247promoter 内 1524-1531 bp - 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 72017717-72021112(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G002648 Chr02 NC_080388.1:45874948-45874955promoter 内 1521-1528 bp - 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 45871242-45872475(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
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